PDB-4was: STRUCTURE OF THE ETR1P/NADP/CROTONYL-COA COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4was

タイトル

STRUCTURE OF THE ETR1P/NADP/CROTONYL-COA COMPLEX

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRIAL FATTY ACID SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida tropicalis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Quade, N. / Voegeli, B. / Rosenthal, R. / Capitani, G. / Erb, T.J.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: The use of ene adducts to study and engineer enoyl-thioester reductases.
著者: Rosenthal, R.G. / Vogeli, B. / Quade, N. / Capitani, G. / Kiefer, P. / Vorholt, J.A. / Ebert, M.O. / Erb, T.J.

履歴

登録	2014年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2015年5月27日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4was.cif.gz	466.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4was.ent.gz	383.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4was.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4was_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4was_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4was_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	4was_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4was ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4was	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w99C 1n9gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h0k-d 5lb9-d 4w99-d 5lbx-d 1gu7-d 5w94-1 1guf-d 5w94-2 1vgv-1 3gc8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

ヘテロ分子

123 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.920, 106.140, 94.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-523- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial / Trans-2-enoyl-CoA reductase 1 分子量: 39555.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: ETR1 / プラスミド: pt7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZM3, EC: 1.3.1.10, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A 分子量: 835.608 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₇P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M ADA/NaOH pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 156706 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.9 Å / 冗長度: 3.03 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / R_sym value: 1.112 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N9G

1n9g

解像度: 1.7→37.815 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2242	1097	70 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1879	-	-	-
obs	0.1882	156656	99.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8364	0	218	483	9065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	11998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.187	3163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7774	0.4932	136	0.4309	19382	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7774-1.8711	0.3713	137	0.3707	19359	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8711-1.9883	0.3495	137	0.2703	19390	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9883-2.1418	0.2583	137	0.2237	19450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1418-2.3573	0.2435	137	0.1966	19454	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3573-2.6983	0.2419	137	0.1932	19518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6983-3.3993	0.2264	138	0.1911	19517	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3993-37.8245	0.1823	138	0.1507	19489	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3117	-0.3543	-0.221	0.9592	0.4226	0.9114	-0.0496	-0.0816	0.0265	0.0596	-0.0027	-0.058	-0.0021	-0.0318	-0	0.2804	0.0429	-0.002	0.4057	0.0107	0.3345	-49.4379	8.3068	24.4833
2	0.0385	0.129	-0.0783	0.2393	0.17	1.7987	-0.0146	0.0574	0.0272	0.0161	0.0318	-0.0042	0.4751	0.0906	0	0.4298	0.0803	-0.0049	0.3944	0.0009	0.3449	-51.584	8.511	-21.7864
3	1.217	-0.1877	0.4597	0.3097	-0.2992	0.8193	-0.0867	-0.2634	0.1559	0.2376	-0.013	-0.0465	-0.2993	-0.0417	-0	0.431	-0.012	-0.0389	0.2989	-0.0605	0.3542	-0.4533	0.7918	23.0598
4	0.0132	-0.0126	0.0012	0.0038	0.0075	0.0004	-0.028	-0.0982	-0.1291	0.0527	-0.1225	-0.3227	0.0072	0.0951	-0.0002	0.3486	0.0567	0.0454	0.5622	0.0427	0.5166	-41.23	8.0383	19.7992
5	-0.0002	0.0097	-0.0002	0.0158	0.0074	0.0065	0.2354	0.1886	0.193	-0.0432	-0.1481	-0.0704	0.2788	0.2236	-0.0004	0.4122	0.124	0.0381	0.6146	0.0325	0.4777	-44.6816	13.367	-17.8644
6	0.003	0.0197	-0.0007	0.0085	-0.0152	-0.0062	-0.0258	-0.2017	-0.0418	0.0165	0.0053	0.1426	0.0485	-0.0534	-0.0004	0.4651	0.0011	0.0028	0.3457	-0.0262	0.48	-3.2279	-7.5001	19.0665
7	0.0115	-0.0108	-0.006	0.0198	0.0175	0.0122	-0.2319	0.1122	0.3875	-0.2147	-0.1047	0.0202	-0.1813	0.1079	-0.0004	1.0163	-0.0358	0.0829	0.9428	0.1464	0.8014	-44.1381	16.5606	13.868
8	0.0155	-0.0038	0.0157	0.0262	0.0199	0.0163	0.1479	0.1739	0.2319	-0.2585	0.3103	-0.6962	-0.3157	0.4585	-0.0003	1.0004	0.0276	0.0179	1.0784	-0.0946	0.8341	-40.3203	7.1269	-16.9419
9	2.0541	2.0935	2.0131	2.1637	1.9569	2.2664	-0.6014	0.3017	0.2143	-0.691	-0.1202	0.7978	-0.4443	-0.172	0.7603	0.7761	-0.0754	-0.1045	1.0487	-0.0047	0.9324	4.2624	-4.0589	17.0309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resid 1
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain D and resid 2
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain D and resid 3
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain E and resid 1
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain E and resid 2
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain E and resid 3

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新型コロナ情報

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