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- PDB-4wal: Crystal structure of selenomethionine Msl5 protein in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wal
タイトルCrystal structure of selenomethionine Msl5 protein in complex with RNA at 2.2 A
要素
  • Branchpoint-bridging protein
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*A)-3')
キーワードPROTEIN BINDING/RNA / Msl5 / BBP / RNA binding / yeast pre-mRNA splicing / PROTEIN BINDING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA branch point binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / commitment complex / spliceosomal complex assembly / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily ...Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Branchpoint-bridging protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jacewicz, A. / Smith, P. / Chico, L. / Schwer, B. / Shuman, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM52470 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM50288 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2015
タイトル: Structural basis for recognition of intron branchpoint RNA by yeast Msl5 and selective effects of interfacial mutations on splicing of yeast pre-mRNAs.
著者: Jacewicz, A. / Chico, L. / Smith, P. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branchpoint-bridging protein
B: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3945
ポリマ－18,1702
非ポリマー2243
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
2
A: Branchpoint-bridging protein
B: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,15240
ポリマ－145,36316
非ポリマー1,78924
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area35600 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area52190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.952, 81.952, 51.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Branchpoint-bridging protein / Mud synthetic-lethal 5 protein / Splicing factor 1 / Zinc finger protein BBP


分子量: 14711.201 Da / 分子数: 1 / 変異: I222M, I227M, V238M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MSL5, BBP, SF1, YLR116W, L2949 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q12186
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3459.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 90分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.1-2.2M ammonium sulfate, 0.01M Mg Acetate, 0.05M MES
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→36.65 Å / Num. obs: 9666 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 40.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→36.65 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 452 4.82 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 9378 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 151 12 87 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.051637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.927491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.51840.24411590.17892878X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-3.17260.2451350.19222948X-RAY DIFFRACTION100
3.1726-36.65510.1921580.16143100X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1302-0.35760.12761.5531-1.07892.15120.04080.0641-0.0834-0.08720.01780.0078-0.0576-0.228-0.00010.1963-0.00320.0050.1430.01660.181716.459327.548117.2392
22.5709-0.310.15581.2544-0.32854.09850.0450.0124-0.03880.00710.05770.12160.0708-0.36340.01080.12310.00460.00050.15060.01230.186812.841323.774318.647
30.7531.0027-0.61541.884-0.12750.7569-0.30040.06340.1318-0.26290.1116-0.5474-0.68740.33730.00750.4729-0.03030.00920.26290.03210.331624.022143.55499.1707
40.3363-0.1277-0.32380.852-0.87021.9669-0.1858-0.32750.3232-0.702-0.01690.2783-0.3998-0.1585-0.00070.2876-0.0234-0.03160.21240.03720.22314.898137.934912.2566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 145 THROUGH 183 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 243 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 244 THROUGH 271 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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