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- PDB-4w9d: pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w9d
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methyloxazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 3)
要素
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / protein complex / ubiquitin ligase / hypoxia inducible factor / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3JK / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gadd, M.S. / Hewitt, S. / Galdeano, C. / van Molle, I. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBSRC BB/G023123/1 英国
Marie Sklodowska-Curie ActionsEC PIEF-GA-2012-328030
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible ...タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible Factor (HIF) Alpha Subunit with in Vitro Nanomolar Affinities.
著者: Galdeano, C. / Gadd, M.S. / Soares, P. / Scaffidi, S. / Van Molle, I. / Birced, I. / Hewitt, S. / Dias, D.M. / Ciulli, A.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,54716
ポリマ－166,94912
非ポリマー1,5984
水5,062281
1
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1374
ポリマ－41,7373
非ポリマー3991
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
2
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1374
ポリマ－41,7373
非ポリマー3991
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
3
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1374
ポリマ－41,7373
非ポリマー3991
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
4
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1374
ポリマ－41,7373
非ポリマー3991
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.901, 93.901, 365.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21I-411-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12B
22E
32H
42K
13C
23F
33I
43L
14C
24F
34I
15C
25F
35I
45L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 999
2114D1 - 999
3114G1 - 999
4114J1 - 999
1124B1 - 999
2124E1 - 999
3124H1 - 999
4124K1 - 999
1134C1 - 169
2134F1 - 169
3134I1 - 169
4134L1 - 169
1144C170 - 186
2144F170 - 186
3144I170 - 186
1154C186 - 999
2154F186 - 999
3154I186 - 999
4154L186 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細The biological unit is a trimer. There are four biological units in the asymmetric unit (chains A, B & C, chains D, E & F, chains G, H & I and chains J, K &L).

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要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-3JK / (4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-[4-(4-methyl-1,3-oxazol-5-yl)benzyl]-L-prolinamide


分子量: 399.483 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.993→93.901 Å / Num. all: 84490 / Num. obs: 84490 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 4.045 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 1023519
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3211.60.8180.9140759121240.260.8182.9100
2.32-2.46120.5861.3137302114750.1820.5864100
2.46-2.6312.20.411.8131533108050.1260.415.6100
2.63-2.8412.90.2712.6130938101320.0810.2718.4100
2.84-3.1112.50.1664.111630593100.050.16612.8100
3.11-3.4812.20.1135.710374385200.0350.11318100
3.48-4.0212.20.0866.89199575370.0270.08623.8100
4.02-4.9211.70.0717.77565464620.0220.07128.1100
4.92-6.96120.0677.36130950950.0210.06725.9100
6.96-49.17211.20.0517.23398130300.0170.05127.799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCB

1vcb


解像度: 2.2→93.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.1954 / FOM work R set: 0.8173 / SU B: 12.279 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2412 / SU Rfree: 0.1952 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 4270 5.1 %RANDOM
Rwork0.1967 80098 --
obs0.1988 80098 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157 Å2 / Biso mean: 51.607 Å2 / Biso min: 24.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→93.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10517 0 116 281 10914
Biso mean--40.69 47.54 -
残基数----1332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.99814809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8043.00323937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17251317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13323.22472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.088151771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6141587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8072.0665325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8072.0665324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3074.6266620
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1573MEDIUM POSITIONAL0.280.5
12D1573MEDIUM POSITIONAL0.240.5
13G1573MEDIUM POSITIONAL0.310.5
14J1573MEDIUM POSITIONAL0.320.5
11A1573MEDIUM THERMAL4.012
12D1573MEDIUM THERMAL7.012
13G1573MEDIUM THERMAL4.742
14J1573MEDIUM THERMAL5.252
21B1301MEDIUM POSITIONAL0.410.5
22E1301MEDIUM POSITIONAL0.420.5
23H1301MEDIUM POSITIONAL0.40.5
24K1301MEDIUM POSITIONAL0.410.5
21B1301MEDIUM THERMAL4.722
22E1301MEDIUM THERMAL4.892
23H1301MEDIUM THERMAL4.642
24K1301MEDIUM THERMAL4.952
31C1690MEDIUM POSITIONAL0.310.5
32F1690MEDIUM POSITIONAL0.370.5
33I1690MEDIUM POSITIONAL0.370.5
34L1690MEDIUM POSITIONAL0.390.5
31C1690MEDIUM THERMAL3.822
32F1690MEDIUM THERMAL4.662
33I1690MEDIUM THERMAL3.812
34L1690MEDIUM THERMAL4.762
41C241MEDIUM POSITIONAL0.30.5
42F241MEDIUM POSITIONAL0.240.5
43I241MEDIUM POSITIONAL0.380.5
41C241MEDIUM THERMAL7.62
42F241MEDIUM THERMAL3.852
43I241MEDIUM THERMAL5.92
51C228MEDIUM POSITIONAL0.30.5
52F228MEDIUM POSITIONAL0.260.5
53I228MEDIUM POSITIONAL0.320.5
54L228MEDIUM POSITIONAL0.320.5
51C228MEDIUM THERMAL6.272
52F228MEDIUM THERMAL8.582
53I228MEDIUM THERMAL6.582
54L228MEDIUM THERMAL8.642
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 310 -
Rwork0.257 5811 -
all-6121 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2832-0.96010.86693.2002-1.53812.98660.03640.26870.094-0.4061-0.1833-0.14180.10810.27490.14680.12390.00210.01410.13490.02860.032745.021765.281847.6893
23.5227-0.0410.08581.7431-1.01422.2864-0.0984-0.17130.02980.108-0.0051-0.1769-0.05550.05330.10350.04890.0046-0.00450.17480.030.058448.784661.480365.3211
33.8885-0.8636-1.66891.37020.40751.58750.024-0.10210.05770.0905-0.0194-0.07680.02230.0543-0.00460.0609-0.041-0.02230.19490.07720.035527.763654.672682.5065
42.6113-0.73432.21241.6024-1.11514.9623-0.09420.72460.2061-0.2307-0.02850.0062-0.47691.13960.12270.1928-0.16160.01130.46620.01970.041748.58718.243747.4472
54.23590.52921.1560.5837-0.86083.4601-0.12140.4293-0.04290.12390.0414-0.0816-0.1710.45560.07990.1028-0.04160.00310.3216-0.02450.039353.291814.186865.2965
63.98-0.6458-1.0051.49530.43941.7067-0.03-0.0532-0.07670.09920.0455-0.11880.0164-0.0071-0.01550.0604-0.0253-0.01680.16110.04620.028732.34297.705382.2495
73.5821-0.97660.72711.2654-0.90443.3815-0.03650.3310.2167-0.1215-0.00250.0378-0.18930.220.0390.1524-0.05560.02780.29720.05510.08493.151413.083547.5256
84.3850.5770.06641.2382-0.80881.6721-0.1087-0.49320.26560.11950.0231-0.0201-0.16460.16670.08560.1433-0.01310.03070.4448-0.01650.06866.801511.272865.2635
92.8808-0.9438-1.86241.67780.18033.3041-0.0629-0.3129-0.00330.016-0.071-0.0185-0.01730.62940.13380.0117-0.0236-0.00970.34670.02090.0148-14.6097.150582.7067
102.9083-0.8395-0.56822.4121-0.64423.00570.02050.18460.0231-0.1278-0.08130.0796-0.0430.18380.06080.1107-0.0386-0.02120.130.02660.0115-0.842861.217947.7253
112.5522-0.1168-0.07211.3081-0.89712.7477-0.104-0.23620.10660.16910.0341-0.0093-0.1350.22640.06980.0917-0.0210.0030.25060.02370.03222.222459.139365.5858
122.851-0.6045-1.54361.51040.05782.7591-0.0955-0.23410.0819-0.0004-0.0059-0.00540.08570.29190.10140.0434-0.0229-0.02320.2110.05720.0378-19.017454.519982.9572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5E17 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F63 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H17 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9I62 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11K16 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L62 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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