PDB-4w9a: Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli base...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w9a

タイトル

Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli based on mRNA variant 2

要素

Gamma-crystallin B

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Eye lens protein

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Kudlinzki, D. / Buhr, F. / Linhard, V.L. / Jha, S. / Komar, A.A. / Schwalbe, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two synonymous gene variants encode proteins with identical sequence, but different folding conformations.
著者: Buhr, F. / Jha, S. / Thommen, M. / Rodnina, M. / Kutz, F. / Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Komar, A.A. / Schwalbe, H.

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w9a.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w9a.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w9bC 4gcrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wcy-2 2v2u-2 6w5b-d 3pf4-d 2kfb-d 4jgf-1 4zcu-3 1cv5-d 4n5x-d 223l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Gamma-crystallin B

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.644, 123.644, 56.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-296- HOH
2	1	A-316- HOH

#1: タンパク質	Gamma-crystallin B / Gamma-B-crystallin / Gamma-crystallin II 分子量: 21952.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CRYGB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02526
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1% Trypton, 20% PEG 3350, 50mM HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→38.89 Å / Num. obs: 33993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.93 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 19.93
反射シェル	解像度: 1.38→1.46 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS	XDSapp	データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GCR

4gcr

解像度: 1.38→26.295 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1844	1699	5 %
R_work	0.1634	-	-
obs	0.1644	33989	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→26.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1450	0	0	207	1657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	2067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.44	589
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	193
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	277

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3799-1.4205	0.3472	140	0.3158	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4205-1.4664	0.2674	140	0.2505	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4664-1.5188	0.2201	141	0.2223	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5188-1.5796	0.2482	141	0.2052	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5796-1.6515	0.2335	140	0.1817	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6515-1.7385	0.1762	141	0.1691	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7385-1.8474	0.1923	142	0.1623	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8474-1.99	0.1854	141	0.1564	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.1902	0.1749	142	0.1487	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1902-2.5069	0.1957	142	0.1609	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5069-3.1576	0.1889	143	0.1624	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1576-26.2996	0.1418	146	0.1349	2780	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8622	0.3027	0.0024	3.6776	0.2051	0.9156	0.0999	-0.1015	0.1036	0.3643	-0.0544	-0.0813	-0.2724	0.0476	-0.0191	0.2367	-0.0219	0.0115	0.0981	-0.012	0.1323	-20.0425	2.361	-9.725
2	1.7118	0.7992	-0.7516	4.3607	-0.443	3.2969	0.0667	0.0436	0.1052	-0.1207	0.0375	0.0428	-0.2098	-0.012	-0.0676	0.1524	0.012	0.0059	0.0583	-0.01	0.102	-23.4916	-1.5891	-17.5552
3	4.7779	-5.4114	-2.2046	7.115	3.5504	2.9743	-0.166	-0.1416	0.0444	0.6348	0.1017	-0.137	0.1355	0.2192	0.0046	0.1432	-0.0135	-0.0165	0.1064	0.0245	0.1191	-17.695	-15.8315	-10.2988
4	5.6096	0.6988	0.7965	4.5974	0.2171	4.8661	0.1039	-0.0728	-0.0737	-0.0738	-0.1181	0.1045	0.2998	-0.337	-0.0327	0.0997	-0.0018	0.0054	0.0777	-0.0169	0.0755	-29.0204	-28.2155	-21.8954
5	6.1011	3.1048	0.0956	4.2344	-0.4008	2.4499	0.0402	-0.045	-0.1462	-0.1323	-0.0922	-0.0396	0.161	-0.0209	-0.0272	0.0752	0.0276	0.0098	0.0674	-0.029	0.0808	-22.0256	-26.9725	-25.2086
6	1.518	0.166	0.0683	1.6587	0.0434	1.665	0.0132	0.1345	0.0173	-0.1277	-0.0802	0.0106	-0.0996	-0.0598	0.0638	0.0784	0.0283	-0.0036	0.0753	-0.0057	0.0733	-23.4574	-19.2276	-26.1275
7	3.4087	3.2078	-1.0315	4.2319	-3.1315	4.6161	-0.0026	-0.0133	0.1635	-0.02	-0.014	0.1727	-0.1113	-0.1357	-0.0343	0.0622	0.0148	0.0048	0.0792	-0.0178	0.0602	-27.1553	-17.7957	-15.7126
8	3.4522	-0.4601	0.1546	1.8761	-0.382	3.3965	-0.1146	-0.0112	0.0297	-0.0401	0.0263	0.0729	-0.1147	-0.21	0.0249	0.076	0.0211	-0.0052	0.0516	-0.0292	0.0941	-27.3589	-17.2863	-21.5872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 143 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 144 through 152 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 153 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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