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- PDB-4w97: Structure of ketosteroid transcriptional regulator KstR2 of Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w97
タイトルStructure of ketosteroid transcriptional regulator KstR2 of Mycobacterium tuberculosis
要素HTH-type transcriptional repressor KstR2
キーワードTRANSCRIPTION / cholesterol / catabolism / KstR2 / transcription regulator / TetR / helix-turn-helix / structural genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UCA / HTH-type transcriptional repressor KstR2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Ketosteroid Transcriptional Regulator of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Crowe, A.M. / Stogios, P.J. / Casabon, I. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Eltis, L.D.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _atom_site.occupancy / _citation.journal_id_CSD ..._atom_site.occupancy / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor KstR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9896
ポリマ－22,8601
非ポリマー1,1305
水5,242291
1
A: HTH-type transcriptional repressor KstR2
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional repressor KstR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97912
ポリマ－45,7202
非ポリマー2,25910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3750 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.485, 90.476, 49.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-12-

ARG

21A-493-

HOH

31A-501-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor KstR2


分子量: 22859.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kstR2, Rv3557c / プラスミド: pET-41b(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WMB9
#2: 化合物 ChemComp-UCA / S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-[(3aS,4S,7aS)-7a-methyl-1,5-bis(oxidanylidene)-2,3,3a,4,6,7-hexahydroinden-4-yl]propanethioate / HIP-CoA


分子量: 987.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H52N7O19P3S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M bis-Tris, pH 5.5 and 25% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 32686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 48.68
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MrBUMP位相決定
PHENIXphenix.autobuildモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IBD

2ibd


解像度: 1.6→24.85 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1644 5.05 %random selection
Rwork0.1601 ---
obs0.162 32548 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 68 291 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1422374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.556668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.129257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.024304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.64710.29441290.23772581X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.70020.24071410.21242565X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.7610.22511430.19672541X-RAY DIFFRACTION100
1.761-1.83150.20721280.19042558X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.91480.25751360.18212602X-RAY DIFFRACTION100
1.9148-2.01570.21781230.17262557X-RAY DIFFRACTION100
2.0157-2.14190.18691380.15612595X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.30720.2071520.15692547X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.53920.20781480.15392563X-RAY DIFFRACTION100
2.5392-2.90610.21581550.16362564X-RAY DIFFRACTION100
2.9061-3.65950.16981180.15012602X-RAY DIFFRACTION100
3.6595-24.85260.18251330.14842629X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.79480.94746.16716.06290.58368.24640.2669-0.2932-0.63240.36840.00110.07410.1665-0.0064-0.31460.32540.02810.0580.3058-0.04510.338-7.318556.741136.0426
20.8244-0.6344-0.45347.02653.05892.26870.0929-0.09880.14960.11590.169-0.7196-0.07470.0572-0.24570.1184-0.0011-0.0180.1980.00890.1681-1.688247.992531.9928
30.6150.42640.27995.15751.13910.4344-0.0077-0.00150.0333-0.1512-0.0147-0.1696-0.02530.01780.02090.1319-0.0095-0.0050.19010.00990.1226-5.092339.21421.1678
45.8728-2.1698-2.6446.8443.99133.36510.083-0.3771-0.07330.6084-0.28730.23130.1048-0.25190.21110.208-0.04230.02270.2260.01480.1393-15.454729.457628.5632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:32)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 33:94)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 95:172)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 173:198)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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