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- PDB-4w8p: Crystal structure of RIAM TBS1 in complex with talin R7R8 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8p
タイトルCrystal structure of RIAM TBS1 in complex with talin R7R8 domains
要素
  • Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
  • Talin-1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Talin / rod domains / R7R8 / R8 / RIAM / TBS1
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / T cell receptor complex / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / positive regulation of cell adhesion / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / integrin binding / actin filament binding / lamellipodium / cytoskeleton / cell adhesion / focal adhesion / cell surface / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Talin, central domain / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / A middle domain of Talin 1 / RA like domain / Alpha-catenin/vinculin-like / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily ...Talin, central domain / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / A middle domain of Talin 1 / RA like domain / Alpha-catenin/vinculin-like / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / Ras-associating (RA) domain profile. / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Ras-associating (RA) domain / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Talin-1 / Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chang, Y.C.E. / Zhang, H. / Wu, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the Recruitment of Talin by RIAM in Integrin Signaling.
著者: Chang, Y.C. / Zhang, H. / Franco-Barraza, J. / Brennan, M.L. / Patel, T. / Cukierman, E. / Wu, J.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / chem_comp_atom ...atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin-1
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1284
ポリマ－34,0042
非ポリマー1242
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
2
A: Talin-1
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子

A: Talin-1
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2578
ポリマ－68,0094
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.722, 105.884, 49.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Talin-1


分子量: 31603.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein / APBB1-interacting protein 1 / Proline-rich EVH1 ligand 1 / PREL-1 / Proline-rich protein 48


分子量: 2400.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8R5A3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM NaCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 20% (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 285419 / Num. obs: 49933 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 47.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X0C

2x0c


解像度: 1.5→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.21 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24192 2535 5.1 %RANDOM
Rwork0.22262 ---
obs0.22363 47327 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 8 305 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9341.9743335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0165338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28725.882102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51615417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.4081514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 161 5 %
Rwork0.28 3113 -
obs--94.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08230.2375-0.01750.7862-0.17250.1940.0094-0.00560.01670.05150.03860.0645-0.0061-0.0462-0.0480.01660.0212-0.00590.0415-0.00640.05066.0665-7.2118-15.0829
26.5191-1.86064.23412.2857-1.2852.94610.12410.1546-0.2469-0.1602-0.01080.1460.10540.0957-0.11330.02970.01920.00590.05050.00840.03293.8259-31.9773-19.9889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1357 - 1657
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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