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万見
- PDB-4w88: Crystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w88
タイトルCrystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase from ruminal metagenomic library, in complex with a xyloglucan oligosaccharide and TRIS
要素Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / cell wall degrading enzyme / GH5 family
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W.S. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/13309-0; 201/07135-1 ブラジル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family.
著者: Dos Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W. / Murakami, M.T.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7088
ポリマ－76,8482
非ポリマー1,8606
水10,827601
1
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2074
ポリマ－38,4241
非ポリマー7833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5014
ポリマ－38,4241
非ポリマー1,0773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.658, 97.658, 95.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase


分子量: 38423.809 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 92-430 / 変異: P166T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cow's rumen / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2K7Z0, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 636.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-2DXylpa1-6[DGlcpb1-4]DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 930.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_b6-e1_c6-d1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 605分子

#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, PEG400, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 139797 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 29.264 Å2 / Net I/σ(I): 10.43
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure of XEG5A

解像度: 1.58→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.415 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16158 7028 5 %RANDOM
Rwork0.12483 ---
obs0.12668 132766 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.12 Å2-0 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5385 0 124 601 6110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.025669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1291.9567740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.986311871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0535677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6225.282284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92515846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0041522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7192.1562716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7092.1552715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1223.2463389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1293.2473390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.542.5732953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.542.5732954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9533.734352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.83919.9427261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84219.9447262
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.352310817
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.7845164
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.424511116
LS精密化 シェル解像度: 1.578→1.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 500 -
Rwork0.34 9518 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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