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- PDB-4w7z: Tetrameric BAP29 vDED without disulfide bonds -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w7z
タイトルTetrameric BAP29 vDED without disulfide bonds
要素B-cell receptor-associated protein 29
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Coiled coil / nanomaterial
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / osteoblast differentiation / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / membrane
類似検索 - 分子機能
B-cell receptor-associated protein 29/31 / BAP29/BAP31, transmembrane domain / Bap31/Bap29 cytoplasmic coiled-coil domain / Bap31/Bap29 transmembrane region / Bap31/Bap29 cytoplasmic coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / B-cell receptor-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Quistgaard, E.M.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2014
タイトル: A disulfide polymerized protein crystal.
著者: Quistgaard, E.M.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell receptor-associated protein 29
B: B-cell receptor-associated protein 29
C: B-cell receptor-associated protein 29
D: B-cell receptor-associated protein 29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,77021
ポリマ－30,1744
非ポリマー1,59617
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.900, 115.900, 167.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-424-

HOH

21D-411-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
B-cell receptor-associated protein 29 / Bap29


分子量: 7543.510 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 168-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAP29, BAP29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHQ4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: The crystal grew in 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Na acetate pH 4.6 and 5 mM TCEP using protein purified in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl and 0.5 mM TCEP and concentrated to ~14 mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.27 Å / Num. obs: 28934 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 19.05
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 9.7 % / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model at lower resolution build based on selenomethionine SAD phases

解像度: 2.2→29.265 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1192 4.12 %RANDOM
Rwork0.1834 ---
obs0.1842 28929 98.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 84 194 2295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9762815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.861862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.28820.20311310.19413007X-RAY DIFFRACTION98
2.2882-2.39220.24551380.1773007X-RAY DIFFRACTION99
2.3922-2.51830.17671270.17423036X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.6760.20141210.17583055X-RAY DIFFRACTION99
2.676-2.88240.21461430.18223039X-RAY DIFFRACTION99
2.8824-3.17220.23771440.20213063X-RAY DIFFRACTION99
3.1722-3.63050.18961220.15473106X-RAY DIFFRACTION99
3.6305-4.57120.14321300.16063144X-RAY DIFFRACTION100
4.5712-29.26770.22951360.21973280X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3891-2.7283-0.53233.43280.06092.55390.1842-0.0081-0.6235-0.3575-0.22480.29540.2012-0.03050.05480.16040.00360.01690.2150.00020.1479-28.5317-32.9523-13.8982
26.2075-3.252-1.03264.1431-0.11332.40340.0536-0.20090.58740.0634-0.1026-0.4287-0.3680.18430.00170.19970.0208-0.06520.1931-0.00230.1833-27.1939-22.1152-11.3313
35.2334-1.3841-0.89082.99990.10542.46580.0931-0.3712-0.71650.0059-0.11510.19390.1761-0.111-0.07320.2174-0.02050.01910.19150.02920.1448-29.6266-33.4343-7.8907
47.3664-2.4544-1.45923.11690.11033.05860.0347-0.51230.58050.096-0.037-0.1923-0.20930.1307-0.03540.2699-0.0027-0.06160.2314-0.02320.1299-26.6039-24.6251-5.7458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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