PDB-4w72: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115C/T118H Dis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w72

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115C/T118H Disulfide Dimer With Copper Mediated Crystal Contacts, P 21 21 21, Form 1

要素

fluorescent protein E115C/T118H

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w72.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w72.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w72_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w72_full_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示
XML形式データ	4w72_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	4w72_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w7x-2 4w73-d 1xk2-d 3tgm-d 1xk3-d 1ozr-d 1oze-d 4pyo-d 6aa7-d 1onq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein E115C/T118H

B: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.540, 74.400, 89.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fluorescent protein E115C/T118H 分子量: 26067.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% PEG3000, 0.1M Acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.996→57.12 Å / Num. obs: 33399 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / R_sym value: 0.05998 / Net I/σ(I): 16.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2→57.12 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	3337	10 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.194	33364	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→57.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3614	0	1	202	3817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3697
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	4999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.23	1371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.996-2.0245	0.2904	135	0.3023	1213	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0245-2.0547	0.2765	134	0.2478	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0547-2.0869	0.3388	138	0.2707	1235	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0869-2.1211	0.29	137	0.2285	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1211-2.1576	0.254	136	0.2138	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1576-2.1969	0.2506	139	0.2074	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1969-2.2391	0.2622	137	0.2173	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2391-2.2848	0.2816	136	0.2379	1216	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2848-2.3345	0.2758	138	0.199	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3345-2.3888	0.1981	136	0.1954	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3888-2.4486	0.2407	139	0.2015	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4486-2.5148	0.2653	139	0.2033	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.5888	0.2712	138	0.2096	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5888-2.6723	0.2706	138	0.2101	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6723-2.7678	0.2729	137	0.2165	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7678-2.8787	0.3014	139	0.2282	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8787-3.0097	0.2731	139	0.2294	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0097-3.1683	0.2546	141	0.2115	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1683-3.3668	0.2321	139	0.204	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3668-3.6267	0.2261	141	0.1882	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6267-3.9916	0.2215	141	0.171	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9916-4.569	0.18	143	0.1469	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
4.569-5.7556	0.2138	144	0.149	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7556-57.1449	0.2171	153	0.1884	1372	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.6337 Å / Origin y: -15.4416 Å / Origin z: 10.8069 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3368 Å²	0.0185 Å²	-0.0021 Å²	-	0.4069 Å²	-0.0044 Å²	-	-	0.3337 Å²
L	1.147 °²	0.5317 °²	0.0302 °²	-	1.438 °²	0.0858 °²	-	-	0.4682 °²
S	0.0788 Å °	-0.0928 Å °	-0.0793 Å °	0.1263 Å °	-0.0246 Å °	-0.0882 Å °	0.0033 Å °	0.011 Å °	-0.0608 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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