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- PDB-4w6v: Crystal structure of a peptide transporter from Yersinia enteroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w6v
タイトルCrystal structure of a peptide transporter from Yersinia enterocolitica at 3 A resolution
要素Di-/tripeptide transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / solute transporter / permease
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain ...: / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide transporter YePEPT / Peptide transporter YePEPT
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01819 Å
データ登録者Jeckelmann, J.-M. / Boggavarapu, R. / Harder, D. / Ucurum, Z. / Fotiadis, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2015
タイトル: Role of electrostatic interactions for ligand recognition and specificity of peptide transporters.
著者: Boggavarapu, R. / Jeckelmann, J.M. / Harder, D. / Ucurum, Z. / Fotiadis, D.
履歴
登録2014年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-/tripeptide transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5101
ポリマ－56,5101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.656, 101.041, 104.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Di-/tripeptide transporter / Peptide Transporter


分子量: 56509.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Two missing loops
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア)
遺伝子: YEP4_02370 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9G739, UniProt: A0A2R9TD79*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 % / 解説: orthorhombic
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 300, NaCl, Li2SO4, LiH2PO4 / PH範囲: 4.0 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01819→46.2977 Å / Num. obs: 19398 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 104.04 Å2 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.856.33.1550.22380437761.3523.1550.698
2.85-3.026.71.7980.42445536580.7491.7981.1100
3.02-3.236.90.9250.82379934480.3770.9252.2100
3.23-3.496.60.4181.82099332020.1760.4184.6100
3.49-3.826.70.1814.21967629510.0760.1819.9100
3.82-4.286.70.0829.21826727070.0340.08220100
4.28-4.946.40.04714.91536423920.020.04731.3100
4.94-6.056.60.04615.71349920490.0190.04631.899.9
6.05-8.556.20.02822.61000016170.0120.02843.499.7
8.55-46.2965.70.02214.153629380.0110.02267.499

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.73 Å46.3 Å
Translation7.73 Å46.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEVERSION January 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IKV

4ikv


解像度: 3.01819→46.2977 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 33.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1833 5.07 %Random selection
Rwork0.2571 34355 --
obs0.259 19387 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 277.8 Å2 / Biso mean: 105.7227 Å2 / Biso min: 46.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01819→46.2977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 0 0 3686
残基数----483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8895141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0551298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0182-3.09980.39111350.36072564269997
3.0998-3.1910.35391380.331726382776100
3.191-3.29390.37781410.328826762817100
3.2939-3.41160.38121420.316326402782100
3.4116-3.54820.32881390.294626702809100
3.5482-3.70960.32611420.290126462788100
3.7096-3.90510.31681420.27726492791100
3.9051-4.14960.28131440.271926592803100
4.1496-4.46980.27741440.237526282772100
4.4698-4.91910.23951400.213526432783100
4.9191-5.62990.34581440.252326572801100
5.6299-7.08890.30931410.272826572798100
7.0889-46.30320.24841410.22712628276999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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