PDB-4w6q: Glycosyltransferase C from Streptococcus agalactiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6q

タイトル

Glycosyltransferase C from Streptococcus agalactiae

要素

glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Streptococcus agalactiae

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / protein glycosylation / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae COH1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhu, F. / Zhang, H. / Wu, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: A conserved domain is crucial for acceptor substrate binding in a family of glucosyltransferases.
著者: Zhu, F. / Zhang, H. / Wu, H.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6q.cif.gz	545.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6q.ent.gz	452.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6q_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6q_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4w6q_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	4w6q_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qkw-d 3n0v-d 3rhz-1 5gsm-d 4rh3-3 4rh3-2 6q0y-1 5gsl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: glucosyltransferase

B: glucosyltransferase

C: glucosyltransferase

D: glucosyltransferase

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.204, 99.270, 188.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	glucosyltransferase 分子量: 38177.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae COH1 (バクテリア) 遺伝子: SAN_1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3D9X5, UniProt: A0A0M3KKZ0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium Sulfate, Tris, Glycerol / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 40273 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 16.241

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.7→29.911 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 30.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	957	2.38 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1866	40252	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10690	0	106	362	11158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.39	14993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.06	4095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.8423	0.3472	133	0.2263	5480	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8423-3.0202	0.4107	134	0.2368	5514	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0202-3.2531	0.3273	135	0.2289	5535	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2531-3.58	0.3212	137	0.2054	5587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.0969	0.3217	137	0.1756	5626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0969-5.1574	0.2192	138	0.1463	5680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1574-29.913	0.2393	143	0.1728	5873	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5975	-0.1913	0.4039	0.8104	-0.2395	0.4477	-0.0091	0.0963	-0.0536	-0.0983	0.0615	-0.0672	-0.1799	0.0248	0.0001	0.1757	-0.0398	0.0344	0.2923	-0.0299	0.2679	14.8938	47.4422	51.5311
2	0.3904	-0.0515	0.3228	1.5129	0.5169	0.7903	0.0849	0.0475	-0.0359	-0.0091	0.0222	-0.2284	0.1065	-0.0767	0.0001	0.2468	0.0391	-0.0309	0.3378	-0.026	0.3514	25.5132	28.3311	64.9591
3	2.1074	1.9901	1.9759	1.9924	2.016	2.0516	2.5013	4.7186	-2.5978	-3.5892	-0.0538	1.5307	7.167	1.577	-2.431	1.3636	0.1796	0.2991	1.1409	-0.0057	0.5253	21.9201	67.4886	60.1769
4	0.3107	-0.1581	-0.3072	0.9538	0.1006	0.5135	-0.0011	0.0791	-0.0448	-0.0453	0.0332	0.0775	-0.0075	-0.0691	-0	0.2256	-0.0197	-0.0044	0.2849	0.0216	0.2724	-14.7364	53.1412	54.7239
5	0.8547	-0.5189	-0.2714	1.3315	0.4275	0.6422	0.0967	-0.0283	0.0505	0.1679	-0.113	0.1334	-0.1163	-0.1545	-0.0027	0.1296	0.0298	0.0606	0.2403	-0.0206	0.2212	-22.5291	68.9442	68.8374
6	1.1669	-0.0203	0.1755	0.7848	0.4291	0.141	-0.0111	-0.1665	-0.0423	0.2987	-0.0175	0.0246	0.0666	-0.0752	-0.0001	0.4706	0.0288	0.0622	0.2703	0.0466	0.195	-8.3818	42.1647	92.6524
7	0.6938	-0.2511	-0.4671	1.3345	-0.3186	0.2066	-0.0641	-0.1461	-0.1413	0.2475	-0.056	0.0129	0.1638	0.0794	0.0001	0.3806	-0.0345	0.0511	0.2486	0.0547	0.2728	-10.6512	21.8558	76.7569
8	0.9339	-0.3302	-0.3878	0.3899	-0.1328	0.3996	-0.1421	-0.2236	0.0187	0.3921	0.1997	-0.0304	0.132	0.1337	0.0001	0.4749	0.0787	-0.1128	0.4174	-0.076	0.3498	15.2729	56.0045	91.0885
9	0.3868	-0.143	0.1954	1.5624	-0.1262	0.386	-0.0091	-0.0319	0.1248	0.1948	-0.0633	-0.2515	-0.0469	-0.0411	-0.0001	0.4015	-0.0815	-0.0444	0.3383	-0.0143	0.4122	14.8883	76.5049	74.9296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:165 )	A	-1 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 166:329 )	A	166 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 401:401 )	A	401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID -1:180 )	B	-1 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 181:330 )	B	181 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID -1:140 )	C	-1 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 141:330 )	C	141 - 330
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID -1:141 )	D	-1 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 142:330 )	D	142 - 330

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