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- PDB-4w5k: Structure of a mitochondrial aspartate aminotransferase from Tryp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5k
タイトルStructure of a mitochondrial aspartate aminotransferase from Trypanosoma brucei, K237A mutant
要素Aspartate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Aspartate aminotransferase / mitochondrial / Trypanosoma brucei / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


L-alanine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nuclear lumen / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / ciliary plasm / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structures of aspartate aminotransferases from Trypanosoma brucei, Leishmania major and Giardia lamblia.
著者: Abendroth, J. / Choi, R. / Wall, A. / Clifton, M.C. / Lukacs, C.M. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W. / Myler, P. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase, mitochondrial
B: Aspartate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5258
ポリマ－87,6382
非ポリマー8876
水14,304794
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.390, 96.660, 81.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is a dimer, the same as asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase, mitochondrial


分子量: 43819.129 Da / 分子数: 2 / 変異: K237A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.02.2740 / プラスミド: TrbrA.01471.a.B13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q385Q9, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ G8: 20% PEG 3350, 150mM Na2 DL-malic acid; TrbrA.01471.a.B13.PS01760 at 28.8 mg/ml, tray 243596g8, puck qjb3-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月3日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 97248 / Num. obs: 97248 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 16.09 / Num. measured all: 372563
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.743.90.9110.5172.9127701732771080.59997
1.74-1.790.9390.4033.6926985712269210.46897.2
1.79-1.840.9570.3064.6226290694867500.35597.2
1.84-1.90.9690.2555.525592676665720.29697.1
1.9-1.960.9820.1936.8724769651263610.22497.7
1.96-2.030.9890.1419.0123919630861550.16497.6
2.03-2.110.9920.11411.0723197611959890.13297.9
2.11-2.190.9940.09213.222304588757650.10797.9
2.19-2.290.9950.07615.5321309563655290.08998.1
2.29-2.40.9960.06817.220388540053060.07998.3
2.4-2.530.9960.05820.1819270511050410.06898.6
2.53-2.690.9970.0522.6618225487148010.05998.6
2.69-2.870.9980.04325.6716953456945060.0598.6
2.87-3.10.9980.03829.415724424941990.04498.8
3.1-3.40.9980.03332.6214419392338740.03998.8
3.4-3.80.9990.02935.1312923354735050.03498.8
3.8-4.390.9990.02737.1111519315631140.03198.7
4.39-5.380.9990.02537.829681265026170.02998.8
5.38-7.60.9990.02637.747600208420520.03198.5
7.60.9990.02437.873795116810830.02992.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1769)精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EU1, native structure

4eu1


解像度: 1.7→38.088 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 4844 4.99 %
Rwork0.1526 92310 -
obs0.1542 97154 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.93 Å2 / Biso mean: 29.5852 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→38.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 50 794 6616
Biso mean--27.22 36.26 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1558261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.342201
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.221470.21173036318397
1.7193-1.73950.23351580.20783051320997
1.7395-1.76080.26461690.19983008317797
1.7608-1.7830.24071480.20183082323097
1.783-1.80650.22951460.19023047319397
1.8065-1.83130.2211540.18273062321697
1.8313-1.85740.18971590.16843010316997
1.8574-1.88510.20781500.17523066321698
1.8851-1.91460.22021730.17343010318397
1.9146-1.9460.21191780.17343081325997
1.946-1.97950.20451460.16993059320598
1.9795-2.01550.20461530.16293069322298
2.0155-2.05430.17761560.1563067322398
2.0543-2.09620.20691550.15823043319898
2.0962-2.14180.19071750.1543090326598
2.1418-2.19160.16491790.14773061324098
2.1916-2.24640.18341540.1453064321898
2.2464-2.30720.1921710.15073091326298
2.3072-2.3750.16921600.14833060322098
2.375-2.45170.17621480.14463105325399
2.4517-2.53930.17381830.1513099328299
2.5393-2.64090.22351670.15353082324999
2.6409-2.76110.21541450.1573135328099
2.7611-2.90660.16911520.15793110326299
2.9066-3.08870.20031700.16353123329399
3.0887-3.3270.16951770.15493111328899
3.327-3.66160.2111680.15253110327899
3.6616-4.19080.14251490.13383139328899
4.1908-5.27780.14771870.12443122330999
5.2778-38.09790.16431670.14593117328497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51040.0757-0.41571.3859-0.30142.6522-0.39180.0893-0.1141-0.02660.21560.16681.1094-1.09930.01070.4703-0.1880.03880.3628-0.03370.266229.236712.073450.3633
20.9121-0.6019-0.54350.87520.29552.4049-0.0094-0.1927-0.05020.03410.0206-0.22770.14920.5659-0.01920.15170.036-0.02690.2382-0.0110.217446.968427.738969.6622
30.69780.2433-0.08071.00360.17761.81590.07150.02540.1950.0049-0.01470.0305-0.5349-0.1592-0.08350.24560.04470.03230.1250.02680.187435.007242.197658.6294
40.909-0.2239-0.48980.66040.18672.05420.21780.15640.1762-0.12640.02290.1094-0.6594-0.3541-0.14640.26050.060.01080.2060.03370.192532.41238.811347.3911
51.1643-0.0177-0.560.62940.08712.51680.10120.04920.1567-0.08070.0325-0.1084-0.26450.2349-0.08760.162-0.01110.03140.1134-0.01360.180344.767935.927552.0136
61.7673-0.1537-0.56151.17-0.05781.950.0551-0.12330.07950.11230.0056-0.009-0.00490.365-0.08140.20710.0187-0.0070.182-0.00340.143441.511431.27172.2584
71.729-0.21121.15410.8809-0.13864.4190.03870.1501-0.2014-0.14140.0398-0.08580.96250.3703-0.13960.37640.04690.04430.1782-0.03630.237143.974114.022645.1919
80.7737-0.00180.34940.3970.36892.2258-0.05410.2781-0.09070.08330.03280.22730.9811-1.01560.00560.2999-0.2162-0.00230.5162-0.01990.23129.036819.150435.4979
90.6694-0.4079-1.02950.53820.06272.7454-0.0916-0.1616-0.0057-0.03660.1141-0.11250.27350.6055-0.040.17820.00890.01120.21770.0060.224836.342419.247384.3977
101.9334-0.54431.06750.7098-0.11720.696-0.05240.1909-0.342-0.17340.13520.49110.31-0.9396-0.11230.2219-0.1227-0.06430.43190.02230.293510.484718.016274.1219
110.7992-0.0474-0.93161.03550.07072.81480.08210.15240.1185-0.02170.03920.1365-0.1618-0.5594-0.0520.09190.0433-0.02340.20510.03560.195116.38331.063181.2427
121.10721.15050.72933.06782.68894.5578-0.0059-0.1021-0.06860.1239-0.04650.02340.488-0.12850.00350.19040.0174-0.00170.13020.02560.184325.960114.783396.5719
131.9482-0.4918-0.26760.8050.39462.37670.1093-0.27330.2350.11560.0676-0.2739-0.09620.6593-0.13470.1501-0.0281-0.01390.3205-0.05390.220834.30430.1284104.4945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 44 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 90 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 120 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 148 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 149 through 255 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 256 through 291 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 292 through 323 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 324 through 388 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 9 through 60 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 83 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 291 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 292 through 322 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 323 through 388 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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