PDB-4w4j: Crystal structure of EspG3 from the ESX-3 type VII secretion syst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w4j

タイトル

Crystal structure of EspG3 from the ESX-3 type VII secretion system of M. smegmatis

要素

EspG3

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / signal recognition / virulence factor / protein secretion / adaptor

機能・相同性

EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a PE-PPE-EspG complex from Mycobacterium tuberculosis reveals molecular specificity of ESX protein secretion.
著者: Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w4j.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w4j.ent.gz	181.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w4j_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w4j_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	4w4j_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4w4j_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w4iC 4w4kC 4w4lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hrk-d 2obr-d 3sej-5 6q56-2 4pcb-2 3hv1-3 3sjp-d 2obs-d 2kod-d 6s9j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EspG3

B: EspG3

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EspG3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EspG3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.210, 95.210, 171.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	EspG3 分子量: 33990.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0622, MSMEI_0606 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: A0QQ45
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 10% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.980,0.957

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98	1
2	0.957	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 22760 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.9 % / B_iso Wilson estimate: 74.8 Å² / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 19.8

反射シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 22.5 % / R_merge(I) obs: 3.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1727)	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.803→47.605 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2354	2271	10 %	RANDOM
R_work	0.1904	-	-	-
obs	0.195	22720	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→47.605 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	0	15	0	4005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	5732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.483	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.803-2.8639	0.4405	139	0.3694	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8639-2.9306	0.3435	138	0.3121	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9306-3.0038	0.3196	137	0.2551	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0038-3.085	0.2813	141	0.226	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.085-3.1758	0.2458	143	0.2036	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1758-3.2783	0.275	135	0.2177	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2783-3.3954	0.2838	146	0.2185	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3954-3.5313	0.2538	136	0.2006	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5313-3.692	0.2405	142	0.2048	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.692-3.8865	0.2654	140	0.1884	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8865-4.1299	0.2111	141	0.1837	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1299-4.4486	0.2188	145	0.1619	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4486-4.8958	0.1919	144	0.1487	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8958-5.6033	0.2143	140	0.1757	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6033-7.0559	0.2616	151	0.2106	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0559-47.6118	0.2048	153	0.1746	1402	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9976	-0.4034	0.4784	1.4656	-0.1082	2.6936	-0.12	-0.0854	-0.2879	-0.3601	-0.4814	-0.3915	0.2805	1.1239	-0.582	0.3427	0.0257	0.0244	0.8186	0.101	0.451	42.2186	50.3536	175.1453
2	0.6234	-0.7961	0.2354	1.7284	-0.5839	1.1609	0.1578	-0.4121	0.2042	-0.0053	-0.0522	0.0357	0.0142	-0.0734	-0.0064	0.3024	0.0196	-0.0397	0.7167	-0.0441	0.3927	24.9033	51.0961	182.1593
3	0.3492	0.232	-0.9251	0.5843	-1.2999	3.783	0.0668	-0.6688	-1.0054	-0.2508	-0.4157	0.018	1.1868	0.1789	-0.2724	0.4702	-0.1182	-0.0983	0.7484	-0.1244	0.8472	13.5712	26.5645	187.5284
4	2.85	0.6904	-0.7956	2.5973	1.2799	1.2231	0.0519	-0.8639	-0.1476	0.3589	-0.0212	0.3223	-0.0477	-0.0689	0.3951	0.1861	0.0138	-0.0358	0.8339	0.0462	0.4117	25.2701	42.7171	193.6959
5	0.1872	-0.1901	-0.1998	0.3154	0.0065	0.242	-0.2222	-0.1403	0.2895	0.5795	0.6575	0.3028	-0.1411	-1.0228	-0.0007	1.0436	0.1446	0.3672	1.174	-0.0592	1.3267	-12.2701	62.9639	216.6604
6	0.6804	-0.1036	0.771	0.0166	-0.1277	0.8797	0.543	-1.2647	-0.146	0.0752	0.6658	0.154	-0.4695	-1.4135	0.1087	1.661	-0.0787	0.6561	1.4098	-0.1847	2.0368	-18.4973	70.9263	222.357
7	0.8943	0.2171	-0.8202	1.4965	-0.8348	1.8365	0.0863	0.1422	0.5463	0.1364	0.1852	0.2024	-0.4807	0.4787	-0.0148	0.5498	-0.0326	0.158	0.9571	-0.1181	0.8203	0.2535	61.3249	208.7353
8	1.9895	0.4317	0.4096	2.2177	1.8463	2.1278	-0.0044	-0.7179	-0.3522	0.4938	-0.3305	0.0754	0.3118	0.5101	-1.0982	0.3707	-0.2873	-0.1412	1.6224	0.3143	0.4934	18.0436	38.6214	219.6194
9	1.7804	-0.1301	0.0291	0.8546	-0.5136	1.5699	0.4988	-0.4185	-0.2922	-0.1889	-0.1569	-0.1557	0.2193	0.4296	1.1822	0.2858	-0.1247	0.0662	1.1065	0.0422	0.5163	6.5946	46.7675	204.1712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 100 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 101 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 191 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 192 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 36 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 37 through 54 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 55 through 145 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 146 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 192 through 264 )

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