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- PDB-4w2r: Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w2r
タイトルStructure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one
要素
  • Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
  • Polycomb protein EED
  • Polycomb protein SUZ12
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / LYSINE METHYLTRANSFERASE / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone H3K27 trimethyltransferase activity / random inactivation of X chromosome / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / RSC-type complex / histone H3K9me2/3 reader activity ...[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone H3K27 trimethyltransferase activity / random inactivation of X chromosome / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / RSC-type complex / histone H3K9me2/3 reader activity / chromatin silencing complex / pronucleus / spinal cord development / lncRNA binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / promoter-specific chromatin binding / enzyme activator activity / protein-DNA complex / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / rhythmic process / heterochromatin formation / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / cell population proliferation / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain ...Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJD / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Polycomb protein EED / Polycomb protein SUZ12
類似検索 - 構成要素
生物種Anolis carolinensis (グリーンアノール)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Brooun, A. / Liu, W. / Deng, Y. / Stewart, A.E.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Optimization of Orally Bioavailable Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2) Inhibitors Using Ligand and Property-Based Design Strategies: Identification of Development Candidate (R)-5,8- ...タイトル: Optimization of Orally Bioavailable Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2) Inhibitors Using Ligand and Property-Based Design Strategies: Identification of Development Candidate (R)-5,8-Dichloro-7-(methoxy(oxetan-3-yl)methyl)-2-((4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one (PF-06821497).
著者: Kung, P.P. / Bingham, P. / Brooun, A. / Collins, M. / Deng, Y.L. / Dinh, D. / Fan, C. / Gajiwala, K.S. / Grantner, R. / Gukasyan, H.J. / Hu, W. / Huang, B. / Kania, R. / Kephart, S.E. / ...著者: Kung, P.P. / Bingham, P. / Brooun, A. / Collins, M. / Deng, Y.L. / Dinh, D. / Fan, C. / Gajiwala, K.S. / Grantner, R. / Gukasyan, H.J. / Hu, W. / Huang, B. / Kania, R. / Kephart, S.E. / Krivacic, C. / Kumpf, R.A. / Khamphavong, P. / Kraus, M. / Liu, W. / Maegley, K.A. / Nguyen, L. / Ren, S. / Richter, D. / Rollins, R.A. / Sach, N. / Sharma, S. / Sherrill, J. / Spangler, J. / Stewart, A.E. / Sutton, S. / Uryu, S. / Verhelle, D. / Wang, H. / Wang, S. / Wythes, M. / Xin, S. / Yamazaki, S. / Zhu, H. / Zhu, J. / Zehnder, L. / Edwards, M.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
B: Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
E: Polycomb protein EED
F: Polycomb protein EED
S: Polycomb protein SUZ12
T: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,82422
ポリマ－273,9746
非ポリマー1,85016
水00
1
A: Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
F: Polycomb protein EED
T: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,91211
ポリマ－136,9873
非ポリマー9258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area42440 Å2
手法PISA
2
B: Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
E: Polycomb protein EED
S: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,91211
ポリマ－136,9873
非ポリマー9258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area42600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.720, 115.484, 151.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit


分子量: 72941.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-332, 420-478, 502-737 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anolis carolinensis (グリーンアノール)
遺伝子: EZH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1KPH4
#2: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 41776.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75530
#3: タンパク質 Polycomb protein SUZ12 / Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor ...Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor of zeste 12 protein homolog


分子量: 22268.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15022
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CJD / 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one


分子量: 467.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24Cl2N2O5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: Precipitant: 26.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.70)

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→148.01 Å / Num. obs: 58162 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.81→3.14 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 16475 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.246 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
Aimlessデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IJ7

5ij7


解像度: 2.81→148.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1424624 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2938 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 57937 99.8 %-
all-57937 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.0754 Å2 / ksol: 0.3516 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.15 Å2 / Biso mean: 72.4 Å2 / Biso min: 35.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.41 Å20 Å21.24 Å2
2---17.39 Å20 Å2
3---3.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→148.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15494 0 76 0 15570
Biso mean--56.95 --
残基数----1901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 486 5.1 %
Rwork0.323 9071 -
all-9557 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5lig-edited.paramlig.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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