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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w1u
タイトルCrystal structure of Rv3557c/KstR2, a transcriptional repressor involved in cholesterol metabolism in Mycobacterium tuberculosis
要素HTH-type transcriptional repressor KstR2
キーワードTRANSCRIPTION / TetR-family repressor / cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional repressor KstR2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.875 Å
データ登録者Dawes, S.S. / Kendall, S.K. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Rv3557c/KstR2, a transcriptional repressor involved in cholesterol metabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Dawes, S.S. / Kendall, S.K. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor KstR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2501
ポリマ-23,2501
非ポリマー00
2,846158
1
A: HTH-type transcriptional repressor KstR2

A: HTH-type transcriptional repressor KstR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5012
ポリマ-46,5012
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area3330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.356, 90.292, 49.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor KstR2


分子量: 23250.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kstR2, Rv3557c / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P9WMB9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 0.2 M citric acid, 14% MPEG 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 203 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→48.113 Å / Num. all: 19815 / Num. obs: 19815 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.67 Å2 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 13.013 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 124168
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.966.10.3924.41488224410.1710.3924.580
1.96-2.086.30.2443.11725027510.1050.2447.494.8
2.08-2.236.30.1515.11634826070.0650.15111.595.6
2.23-2.46.30.17.51529324330.0430.116.996.2
2.4-2.636.30.06910.81424622610.030.06922.296.8
2.63-2.946.30.047151286820410.020.0473097.5
2.94-3.46.30.03320.91163718420.0140.03340.298.2
3.4-4.166.30.02624984715590.0110.0265798.7
4.16-5.896.30.02324.1765912150.010.0236599.4
5.89-26.66.20.02521.941386650.0110.0256296.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å26.6 Å
Translation1.9 Å26.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
ARPモデル構築
WARPモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IBD
解像度: 1.875→26.6 Å / FOM work R set: 0.8552 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 1008 5.09 %
Rwork0.1716 18803 -
obs0.1731 19811 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.65 Å2 / Biso mean: 31.57 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.875→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 158 1699
Biso mean---41.04 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9262222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.895608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.875-1.97350.27751300.22832575270593
1.9735-2.09710.24181410.18412624276595
2.0971-2.2590.19211440.16852685282996
2.259-2.48620.22971380.17222697283596
2.4862-2.84550.2091530.18132685283897
2.8455-3.58370.19081390.16792768290798
3.5837-26.6030.17881630.16012769293298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4723-2.70867.47687.1839-3.88642.0166-0.1138-0.45910.19020.4309-0.04320.3491-0.327-0.33660.13430.40360.03420.12270.3468-0.06390.324149.4007-2.312254.7595
21.02720.93120.0887.06041.39830.85280.1058-0.16550.09870.4156-0.0438-0.2472-0.01080.0265-0.0640.1234-0.0196-0.02180.2123-0.00620.125155.6861-16.932646.8057
34.4184-0.383-0.91166.31551.82517.11860.2057-0.25490.21170.1867-0.16350.2028-0.19740.0714-0.08290.0524-0.008-0.02940.1654-0.00310.117543.3747-28.285642.9899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 34 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 150 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 200 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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