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- PDB-4v94: Molecular architecture of the eukaryotic chaperonin TRiC/CCT deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v94
タイトルMolecular architecture of the eukaryotic chaperonin TRiC/CCT derived by a combination of chemical crosslinking and mass-spectrometry, XL-MS
要素(T-complex protein 1 subunit ...) x 8
キーワードCHAPERONE / chaperonin / nano cage / protein folding / molecular chaperone / ATPase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / MANUALLY PLACED / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Leitner, A. / Joachimiak, L.A. / Bracher, A. / Walzthoeni, T. / Chen, B. / Monkemeyer, L. / Pechmann, S. / Holmes, S. / Cong, Y. / Ma, B. ...Leitner, A. / Joachimiak, L.A. / Bracher, A. / Walzthoeni, T. / Chen, B. / Monkemeyer, L. / Pechmann, S. / Holmes, S. / Cong, Y. / Ma, B. / Ludtke, S. / Chiu, W. / Hartl, F.U. / Aebersold, R. / Frydman, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of yeast CCT reveals intrinsic asymmetry of eukaryotic cytosolic chaperonins.
著者: Dekker, C. / Roe, S.M. / McCormack, E.A. / Beuron, F. / Pearl, L.H. / Willison, K.R.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4D8Q, 4D8R
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 0THE ENTRIES 4D8Q AND 4D8R REFLECT AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R3P9DSF AND ...THE ENTRIES 4D8Q AND 4D8R REFLECT AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R3P9DSF AND R3P9ESF ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: C.DEKKER,S.M.ROE,E.A.MCCORMACK,F.BEURON,L.H.PEARL,K.R.WILLISON

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: T-complex protein 1 subunit zeta
H: T-complex protein 1 subunit theta
G: T-complex protein 1 subunit eta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
B: T-complex protein 1 subunit beta
D: T-complex protein 1 subunit delta
A: T-complex protein 1 subunit alpha
C: T-complex protein 1 subunit gamma
N: T-complex protein 1 subunit zeta
P: T-complex protein 1 subunit theta
O: T-complex protein 1 subunit eta
M: T-complex protein 1 subunit epsilon
J: T-complex protein 1 subunit beta
L: T-complex protein 1 subunit delta
I: T-complex protein 1 subunit alpha
K: T-complex protein 1 subunit gamma
f: T-complex protein 1 subunit zeta
h: T-complex protein 1 subunit theta
g: T-complex protein 1 subunit eta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
b: T-complex protein 1 subunit beta
d: T-complex protein 1 subunit delta
a: T-complex protein 1 subunit alpha
c: T-complex protein 1 subunit gamma
n: T-complex protein 1 subunit zeta
p: T-complex protein 1 subunit theta
o: T-complex protein 1 subunit eta
m: T-complex protein 1 subunit epsilon
j: T-complex protein 1 subunit beta
l: T-complex protein 1 subunit delta
i: T-complex protein 1 subunit alpha
k: T-complex protein 1 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,952,737128
ポリマ－1,936,17732
非ポリマー16,56096
水00
1
F: T-complex protein 1 subunit zeta
H: T-complex protein 1 subunit theta
G: T-complex protein 1 subunit eta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
B: T-complex protein 1 subunit beta
D: T-complex protein 1 subunit delta
A: T-complex protein 1 subunit alpha
C: T-complex protein 1 subunit gamma
N: T-complex protein 1 subunit zeta
P: T-complex protein 1 subunit theta
O: T-complex protein 1 subunit eta
M: T-complex protein 1 subunit epsilon
J: T-complex protein 1 subunit beta
L: T-complex protein 1 subunit delta
I: T-complex protein 1 subunit alpha
K: T-complex protein 1 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,36964
ポリマ－968,08816
非ポリマー8,28048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area125870 Å2
ΔGint-828 kcal/mol
Surface area278850 Å2
手法PISA
2
f: T-complex protein 1 subunit zeta
h: T-complex protein 1 subunit theta
g: T-complex protein 1 subunit eta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
b: T-complex protein 1 subunit beta
d: T-complex protein 1 subunit delta
a: T-complex protein 1 subunit alpha
c: T-complex protein 1 subunit gamma
n: T-complex protein 1 subunit zeta
p: T-complex protein 1 subunit theta
o: T-complex protein 1 subunit eta
m: T-complex protein 1 subunit epsilon
j: T-complex protein 1 subunit beta
l: T-complex protein 1 subunit delta
i: T-complex protein 1 subunit alpha
k: T-complex protein 1 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,36964
ポリマ－968,08816
非ポリマー8,28048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.100, 162.540, 268.100
Angle α, β, γ (deg.)85.23, 81.15, 61.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11F
21H
31G
41E
51B
61D
71A
81C
91N
101P
111O
121M
131J
141L
151I
161K
171f
181h
191g
201e
211b
221d
231a
241c
251n
261p
271o
281m
291j
301l
311i
321k

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114F1 - 560
2114H1 - 560
3114G1 - 560
4114E1 - 560
5114B1 - 560
6114D1 - 560
7114A1 - 560
8114C1 - 560
9114N1 - 560
10114P1 - 560
11114O1 - 560
12114M1 - 560
13114J1 - 560
14114L1 - 560
15114I1 - 560
16114K1 - 560
17114f1 - 560
18114h1 - 560
19114g1 - 560
20114e1 - 560
21114b1 - 560
22114d1 - 560
23114a1 - 560
24114c1 - 560
25114n1 - 560
26114p1 - 560
27114o1 - 560
28114m1 - 560
29114j1 - 560
30114l1 - 560
31114i1 - 560
32114k1 - 560

-
要素

-
T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 32分子 FNfnHPhpGOgoEMemBJbjDLdlAIaiCKck

#1: タンパク質
T-complex protein 1 subunit zeta / TCP-1-zeta / CCT-zeta


分子量: 59997.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT6, TCP20, TCP6, YD9395.21, YDR188W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39079
#2: タンパク質
T-complex protein 1 subunit theta / TCP-1-theta / CCT-theta


分子量: 61735.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT8, J1374, YJL008C / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P47079
#3: タンパク質
T-complex protein 1 subunit eta / TCP-1-eta / CCT-eta


分子量: 59802.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT7, J0804, YJL111W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P42943
#4: タンパク質
T-complex protein 1 subunit epsilon / TCP-1-epsilon / CCT-epsilon


分子量: 61995.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT5, J1752, TCP5, YJR064W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40413
#5: タンパク質
T-complex protein 1 subunit beta / TCP-1-beta / CCT-beta


分子量: 57276.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BIN3, CCT2, TCP2, YIL142W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39076
#6: タンパク質
T-complex protein 1 subunit delta / TCP-1-delta / CCT-delta


分子量: 57740.449 Da / 分子数: 4 / Mutation: G345D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ANC2, CCT4, TCP4, YDL143W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39078
#7: タンパク質
T-complex protein 1 subunit alpha / TCP-1-alpha / CCT-alpha


分子量: 60557.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT1, TCP1, YD8142.13, YD8142B.04, YDR212W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P12612
#8: タンパク質
T-complex protein 1 subunit gamma / TCP-1-gamma / CCT-gamma


分子量: 64939.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BIN2, CCT3, J1336, TCP3, YJL014W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39077

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#9: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物...
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

-
詳細

配列の詳細THIS IS A HIS-CBP-STREP-TAG INSERTED BETWEEN PRO 374 AND LYS 375.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRIES 3P9D AND 3P9E.

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: MANUALLY PLACED / 解像度: 3.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / WRfactor Rfree: 0.2734 / WRfactor Rwork: 0.231 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7512 / SU B: 144.734 / SU ML: 0.879 / SU R Cruickshank DPI: 0.891 / SU Rfree: 0.9424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.942 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3046 10463 5 %RANDOM
Rwork0.2568 ---
obs0.2592 209265 91.56 %-
all-216914 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 348.55 Å2 / Biso mean: 141.5706 Å2 / Biso min: 70.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59528 0 512 0 60040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022121464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.98166072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.223516792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.32625.7134152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.2671518068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4815424
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.221120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02189316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1191.583516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2292132332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.311337948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5784.533740
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 30020 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Fmedium positional0.150.5
2Hmedium positional0.150.5
3Gmedium positional0.150.5
4Emedium positional0.150.5
5Bmedium positional0.150.5
6Dmedium positional0.150.5
7Amedium positional0.150.5
8Cmedium positional0.150.5
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10Pmedium positional0.150.5
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18hmedium positional0.150.5
19gmedium positional0.150.5
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21bmedium positional0.150.5
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23amedium positional0.150.5
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26pmedium positional0.150.5
27omedium positional0.150.5
28mmedium positional0.150.5
29jmedium positional0.150.5
30lmedium positional0.150.5
31imedium positional0.150.5
32kmedium positional0.150.5
1Fmedium thermal0.122
2Hmedium thermal0.112
3Gmedium thermal0.12
4Emedium thermal0.112
5Bmedium thermal0.122
6Dmedium thermal0.112
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32kmedium thermal0.112
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 779 -
Rwork0.373 14807 -
all-15586 -
obs--93.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0008-0.17570.3930.83990.39211.661-0.2147-0.02950.06620.3971-0.19690.56220.1522-0.43590.41160.2762-0.13980.08110.7628-0.17210.79773.420766.8715174.5295
21.51220.32820.71081.43951.26832.49840.0653-0.03940.1283-0.3668-0.30610.4961-0.8739-0.6420.24090.4460.2254-0.21790.6979-0.04790.842275.513389.9307143.9736
31.04360.37870.00732.50281.11591.47440.07260.08380.0701-1.0566-0.17830.1998-1.1149-0.77640.10560.97570.4812-0.32350.5970.08780.632782.201783.9436108.7549
41.86080.8134-0.59792.5617-0.12981.43560.0860.22250.0603-1.092-0.30970.1612-0.6149-0.78480.22370.88310.3866-0.32510.65510.07620.366689.869656.334887.4814
51.6953-0.0826-0.49531.28590.60151.20480.03570.0121-0.2454-0.421-0.41850.16820.0851-0.48380.38280.403-0.1518-0.10480.4679-0.00610.252896.952721.697291.3834
62.47190.2866-0.78850.83510.50071.7574-0.4455-0.0573-0.28520.0893-0.02970.26511.1276-0.26990.47520.8494-0.26040.16820.27620.05250.425897.155-0.6486119.6923
72.5142-1.1509-0.96151.62570.7591.6865-0.474-0.0511-0.33760.5240.02320.38221.031-0.16610.45080.8501-0.24860.11330.31770.11880.404391.1794.0221156.1226
82.1551-1.15550.41161.99390.31891.4027-0.33030.0678-0.17070.7882-0.03030.37730.7344-0.18760.36060.6754-0.2890.19480.55660.09850.372881.228231.5677178.7078
91.73320.0641-0.44041.51660.24311.3697-0.3132-0.7411-0.15010.61180.3645-0.6430.33691.0582-0.05130.59110.2858-0.59941.7636-0.25680.9361140.045255.0979191.3389
101.5765-0.0085-0.69911.080.24481.7487-0.3656-0.6952-0.0590.83320.3506-0.58520.8811.16290.01491.03670.6823-0.60381.69690.01910.9227147.782321.1922175.2059
111.92670.4269-0.77812.02540.02771.8357-0.4895-0.66180.04780.42910.6482-0.84630.9231.3133-0.15870.59810.757-0.37911.46520.00350.9723155.64211.0915141.1889
121.62680.2356-0.04762.64040.95391.1535-0.2435-0.38940.2146-0.1990.5392-0.85560.31251.1816-0.29570.27520.3351-0.01011.5653-0.12790.893159.171926.2988109.097
131.55120.51410.51081.5530.17561.03310.0085-0.26470.3512-0.58090.2158-0.576-0.43370.752-0.22430.515-0.4880.48851.0123-0.42280.8482154.222858.546694.9293
142.08540.42980.29370.9780.3982.18440.0132-0.14110.4406-0.79060.4477-0.707-1.27550.5378-0.4611.2731-0.69860.61510.7465-0.37311.3075145.172590.6536108.6412
151.9397-0.1540.96471.41570.36142.76730.164-0.24570.2506-0.39910.2812-0.6605-0.98010.5733-0.44520.779-0.6370.19330.7218-0.39461.1539136.3095102.3897142.8236
162.5204-0.97560.1311.8338-0.04841.81290.1885-0.45670.26410.35340.2603-0.5785-0.50930.8498-0.44870.5202-0.4666-0.22981.3024-0.57920.959134.382687.9984176.839
171.18270.2928-0.27571.0766-0.57841.3197-0.1548-0.2232-0.60660.09670.0547-0.06340.61270.18120.10011.5390.12290.20990.60360.01781.147213.4781-64.8964-13.8726
181.79220.348-0.79630.2254-0.37911.3244-0.2851-0.2107-0.69780.05740.0369-0.06610.86360.43880.24831.72040.45710.23260.55520.18461.182526.6999-58.037921.449
192.02140.7326-0.28180.9406-0.22711.12640.0538-0.4463-0.21230.1152-0.1320.00820.71040.22940.07821.30870.43510.08940.4630.36410.789912.8395-40.691950.2238
201.45490.92280.5451.3050.33981.1395-0.0232-0.4317-0.22480.1742-0.08010.10660.486-0.12770.10321.11050.12370.16810.43930.25510.584-16.8539-22.808358.7054
211.25910.72950.24022.14840.44250.8065-0.04660.0166-0.17960.198-0.14730.21010.3668-0.40260.19390.7898-0.1790.18830.5964-0.01450.3911-46.0714-11.485841.8838
221.33270.1454-0.12912.96690.15140.97030.01790.1636-0.1179-0.0972-0.27590.5650.423-0.67630.2580.7528-0.30610.15390.9119-0.17240.5942-58.6991-15.65548.362
230.8075-0.512-0.1032.58760.29331.3075-0.09590.1048-0.2539-0.2068-0.10990.36520.2748-0.39330.20580.8206-0.36010.05870.8726-0.21510.6958-45.5373-32.4561-22.1216
240.8976-0.3713-0.03581.7368-0.91361.9642-0.12520.1501-0.3821-0.0470.0413-0.00230.479-0.08420.08391.2926-0.36120.14320.5544-0.28240.8458-16.0981-52.8584-31.3298
250.6004-0.2687-0.11262.1179-0.36721.4221-0.01290.2311-0.0301-0.21060.1645-0.14330.0150.1976-0.15160.8996-0.12060.32670.7626-0.10380.495824.238-4.9085-47.5177
260.62140.32430.05072.6290.77360.7945-0.03890.3330.004-0.84390.09650.0914-0.606-0.1731-0.05761.3536-0.02360.23470.7220.18370.4593-9.82512.61-46.0119
270.99690.6508-0.00861.5270.70451.34770.1890.21960.2717-0.3166-0.24450.0648-0.386-0.39940.05551.18330.22080.02440.49250.22890.5135-26.951231.4248-20.0567
282.14060.5709-0.40180.73660.04661.08560.1456-0.01530.3272-0.2273-0.07910.0843-0.4769-0.2258-0.06660.86350.17120.10540.26060.17160.5839-21.188141.420213.7125
291.68730.576-0.57760.7165-0.09871.7570.3171-0.21360.1756-0.1516-0.0579-0.0688-0.34060.3295-0.25920.6117-0.02370.23070.2759-0.04590.48933.362635.470638.7462
301.66290.9095-1.25061.2031-0.81722.47330.2006-0.44240.08310.05770.0126-0.177-0.3020.8453-0.21320.548-0.0770.08160.7523-0.15170.573534.74217.701339.1264
311.20880.036-0.81651.7734-1.19113.2947-0.0222-0.0951-0.1038-0.0335-0.014-0.1929-0.00220.73240.03620.48830.07240.02480.8275-0.1270.637753.1789-2.377813.7958
320.7857-0.79070.46543.1294-1.59761.8630.08890.1856-0.1025-0.10820.0174-0.2223-0.03470.4138-0.10630.65990.02520.19920.8846-0.1440.709849.1202-11.5447-21.8022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1F2 - 539
2X-RAY DIFFRACTION2H6 - 549
3X-RAY DIFFRACTION3G2 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4E25 - 559
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 520
6X-RAY DIFFRACTION6D6 - 528
7X-RAY DIFFRACTION7A3 - 550
8X-RAY DIFFRACTION8C6 - 532
9X-RAY DIFFRACTION9N2 - 539
10X-RAY DIFFRACTION10P6 - 549
11X-RAY DIFFRACTION11O2 - 527
12X-RAY DIFFRACTION12M25 - 559
13X-RAY DIFFRACTION13J3 - 520
14X-RAY DIFFRACTION14L6 - 528
15X-RAY DIFFRACTION15I3 - 550
16X-RAY DIFFRACTION16K6 - 532
17X-RAY DIFFRACTION17f2 - 539
18X-RAY DIFFRACTION18h6 - 549
19X-RAY DIFFRACTION19g2 - 527
20X-RAY DIFFRACTION20e25 - 559
21X-RAY DIFFRACTION21b3 - 520
22X-RAY DIFFRACTION22d6 - 528
23X-RAY DIFFRACTION23a3 - 550
24X-RAY DIFFRACTION24c6 - 532
25X-RAY DIFFRACTION25n2 - 539
26X-RAY DIFFRACTION26p6 - 549
27X-RAY DIFFRACTION27o2 - 527
28X-RAY DIFFRACTION28m25 - 559
29X-RAY DIFFRACTION29j3 - 520
30X-RAY DIFFRACTION30l6 - 528
31X-RAY DIFFRACTION31i3 - 550
32X-RAY DIFFRACTION32k6 - 532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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