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- PDB-4v92: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v92
タイトルKluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
要素
  • 18S RRNA
  • ES1
  • ES10
  • ES12
  • ES17
  • ES19
  • ES21
  • ES24
  • ES25
  • ES26
  • ES27
  • ES28
  • ES30
  • ES31
  • ES4
  • ES6
  • ES7
  • ES8
  • RACK1
  • RNA OF CRICKET-PARALYSIS-VIRUS-IRES
  • US10
  • US11
  • US12
  • US13
  • US14
  • US15
  • US17
  • US19
  • US2
  • US3
  • US4
  • US5
  • US7
  • US8
  • US9
キーワードRIBOSOME / EUKARYOTIC / TRANSLATION / INITIATION / IRES
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
CRICKET PARALYSIS VIRUS (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Bai, X. / Scheres, S.H.W. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Initiation of translation by cricket paralysis virus IRES requires its translocation in the ribosome.
著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan /
要旨: The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By ...The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By using recent advances in single-particle electron cryomicroscopy, we have solved the structure of CrPV-IRES bound to the ribosome of the yeast Kluyveromyces lactis in both the canonical and rotated states at overall resolutions of 3.7 and 3.8 Å, respectively. In both states, the pseudoknot PKI of the CrPV-IRES mimics a tRNA/mRNA interaction in the decoding center of the A site of the 40S ribosomal subunit. The structure and accompanying factor-binding data show that CrPV-IRES binding mimics a pretranslocation rather than initiation state of the ribosome. Translocation of the IRES by elongation factor 2 (eEF2) is required to bring the first codon of the mRNA into the A site and to allow the start of translation.
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4CUX, 4CUY
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_database_status
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2603
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2604
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2603
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A2: 18S RRNA
AZ: RNA OF CRICKET-PARALYSIS-VIRUS-IRES
BA: US2
BB: ES1
BC: US5
BD: US3
BE: ES4
BF: US7
BG: ES6
BH: ES7
BI: ES8
BJ: US4
BK: ES10
BL: US17
BM: ES12
BN: US15
BO: US11
BP: US19
BQ: US9
BR: ES17
BS: US13
BT: ES19
BU: US10
BV: ES21
BW: US8
BX: US12
BY: ES24
BZ: ES25
Ba: ES26
Bb: ES27
Bc: ES28
Bd: US14
Be: ES30
Bf: ES31
Bg: RACK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,164,74335
ポリマ－1,164,74335
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 A2AZ

#1: RNA鎖 18S RRNA


分子量: 569191.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 18S RRNA / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#2: RNA鎖 RNA OF CRICKET-PARALYSIS-VIRUS-IRES


分子量: 60767.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CRICKET-PARALYSIS-VIRUS-IRES / 由来: (天然) CRICKET PARALYSIS VIRUS (ウイルス)

+
タンパク質 , 33種, 33分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBd...

#3: タンパク質 US2


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#4: タンパク質 ES1


分子量: 23982.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#5: タンパク質 US5


分子量: 23084.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#6: タンパク質 US3


分子量: 24631.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#7: タンパク質 ES4


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#8: タンパク質 US7


分子量: 22822.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#9: タンパク質 ES6


分子量: 25778.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#10: タンパク質 ES7


分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#11: タンパク質 ES8


分子量: 21018.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#12: タンパク質 US4


分子量: 20608.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#13: タンパク質 ES10


分子量: 11054.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#14: タンパク質 US17


分子量: 16272.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#15: タンパク質 ES12


分子量: 12926.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#16: タンパク質 US15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#17: タンパク質 US11


分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#18: タンパク質 US19


分子量: 13060.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#19: タンパク質 US9


分子量: 15329.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#20: タンパク質 ES17


分子量: 13882.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#21: タンパク質 US13


分子量: 16340.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#22: タンパク質 ES19


分子量: 15713.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#23: タンパク質 US10


分子量: 11819.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#24: タンパク質 ES21


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#25: タンパク質 US8


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#26: タンパク質 US12


分子量: 15654.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#27: タンパク質 ES24


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#28: タンパク質 ES25


分子量: 7366.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#29: タンパク質 ES26


分子量: 11022.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#30: タンパク質 ES27


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#31: タンパク質 ES28


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#32: タンパク質 US14


分子量: 6206.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#33: タンパク質 ES30


分子量: 6284.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#34: タンパク質 ES31


分子量: 6572.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#35: タンパク質 RACK1


分子量: 34437.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: PROPANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年7月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1900
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: RELION / 解像度: 3.7 Å / 粒子像の数: 18132 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-FACTOR, FSC / 詳細: METHOD--FLEXIBLE
原子モデル構築PDB-ID: 3B31

3b31

精密化最高解像度: 3.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 41597 0 0 41597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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