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- PDB-3b31: Crystal structure of domain III of the Cricket Paralysis Virus IR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b31
タイトルCrystal structure of domain III of the Cricket Paralysis Virus IRES RNA
要素
  • RNA (29-MER)
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')
キーワードRNA / IRES / RNA structure / translation initiation / tRNA anticodon / hybrid state / tRNA mimicry
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kieft, J.S. / Costantino, D.A. / Pfingsten, J.S. / Rambo, R.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: tRNA-mRNA mimicry drives translation initiation from a viral IRES.
著者: Costantino, D.A. / Pfingsten, J.S. / Rambo, R.P. / Kieft, J.S.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)
B: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7216
ポリマ－13,7432
非ポリマー9784
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.724, 58.724, 98.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9326.556 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6174-6202 / 変異: U6178A, A6198U, A6199G / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA made by in vitro transcription. This naturally occurs in Cricket Paralysis Virus
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')


分子量: 4416.675 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6203-6216 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CrPV IGR IRES RNA
#3: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M lithium sulfate, 40 mM magnesium acetate, 50 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1lithium sulfate11
2magnesium acetate11
3HEPES-NaOH11
4lithium sulfate12
5magnesium acetate12
6HEPES-NaOH12

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンALS 12.3.121.1055, 1.1053
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.10551
31.10531
反射解像度: 2.4→23.2 Å / Num. all: 7247 / Num. obs: 7225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 31.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 696 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.1精密化
ELVESデータ削減
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→23.2 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 774 -
Rwork0.2393 --
all-7247 -
obs-7225 99.7 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.917 Å20 Å20 Å2
2---2.917 Å20 Å2
3---5.834 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 913 25 146 1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0053
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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