PDB-4v6h: Crystal structure of succinate-semialdehyde dehydrogenase from Bu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v6h

タイトル

Crystal structure of succinate-semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei

要素

Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NIAID / .Infectious Disease / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Non-crystallographic symmetry / NCS

機能・相同性

機能・相同性情報

succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+] / succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of succinate-semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2009年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 3IFH, 3IFG
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v6h.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v6h.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v6h_validation.pdf.gz	687.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v6h_full_validation.pdf.gz	852.2 KB	表示
XML形式データ	4v6h_validation.xml.gz	488.2 KB	表示
CIF形式データ	4v6h_validation.cif.gz	681.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ek1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qf6-2 4qf6-3 4qet-d 5gt6-d 1bpw-d 5dib-d 2onm-3 2w8r-2 1zum-1 4kwg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00020.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

E: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

F: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

G: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

H: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

I: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

J: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

K: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

L: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

M: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

N: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

O: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

P: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

Q: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

R: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

S: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

T: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

U: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

V: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

W: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

X: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

Y: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

Z: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

1: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

2: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

3: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

4: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

5: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

6: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

1.64 MDa, 32 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

F: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

G: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

H: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

J: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

K: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

L: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

N: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

O: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

P: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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5

Q: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

R: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

S: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

T: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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6

U: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

V: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

W: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

X: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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7

Y: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

Z: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

1: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

2: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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8

3: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

4: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

5: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

6: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)

登録者が定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.656, 164.873, 278.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 484 / Label seq-ID: 3 - 484

#1: タンパク質	... Succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) 分子量: 51284.555 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: gabD, BURPS1710b_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3JS51, succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 mg/mL protein, crystal tracking ID 108914b8, PACT screen B8, 0.1 M MES pH 6.1, 20% PEG 6000, 0.2 M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å
検出器	日付: 2008年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 453409 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 44884 / Χ²: 1.046 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3EK1

3ek1

解像度: 2.7→49.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / WR_factor R_free: 0.272 / WR_factor R_work: 0.226 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.743 / SU B: 15.61 / SU ML: 0.319 / SU R_free: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	22748	5 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.238	453148	98.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.39 Å² / B_iso mean: 40.767 Å² / B_iso min: 21.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	56733	0	0	862	57595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	115694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.096	1.959	157464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.387	5	15392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.482	23.664	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.802	15	17497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.75	15	694
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	18066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	87993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.275	1.5	76384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.535	2	121312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.822	3	39310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.445	4.5	36152

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3444 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
5	E	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
6	F	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
7	G	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
8	H	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
9	I	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
10	J	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
11	K	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
12	L	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
13	M	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
14	N	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
15	O	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
16	P	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
17	Q	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
18	R	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
19	S	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
20	T	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
21	U	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
22	V	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
23	W	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
24	X	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
25	Y	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
26	Z	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
27	1	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
28	2	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
29	3	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
30	4	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
31	5	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
32	6	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
1	A	LOOSE THERMAL	4.71	10
2	B	LOOSE THERMAL	5.88	10
3	C	LOOSE THERMAL	5.76	10
4	D	LOOSE THERMAL	4.21	10
5	E	LOOSE THERMAL	7.77	10
6	F	LOOSE THERMAL	7.74	10
7	G	LOOSE THERMAL	5.57	10
8	H	LOOSE THERMAL	5.13	10
9	I	LOOSE THERMAL	6.37	10
10	J	LOOSE THERMAL	4.46	10
11	K	LOOSE THERMAL	4.99	10
12	L	LOOSE THERMAL	6.17	10
13	M	LOOSE THERMAL	1.84	10
14	N	LOOSE THERMAL	4.02	10
15	O	LOOSE THERMAL	3.86	10
16	P	LOOSE THERMAL	7.49	10
17	Q	LOOSE THERMAL	6.72	10
18	R	LOOSE THERMAL	3.81	10
19	S	LOOSE THERMAL	4.8	10
20	T	LOOSE THERMAL	7.73	10
21	U	LOOSE THERMAL	10.32	10
22	V	LOOSE THERMAL	5.7	10
23	W	LOOSE THERMAL	4.12	10
24	X	LOOSE THERMAL	10.59	10
25	Y	LOOSE THERMAL	4.96	10
26	Z	LOOSE THERMAL	8.97	10
27	1	LOOSE THERMAL	8.17	10
28	2	LOOSE THERMAL	3.66	10
29	3	LOOSE THERMAL	2.67	10
30	4	LOOSE THERMAL	2.69	10
31	5	LOOSE THERMAL	3.25	10
32	6	LOOSE THERMAL	6.01	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.767 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	1567	-
R_work	0.319	30438	-
all	-	32005	-
obs	-	-	94.15 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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