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- PDB-4v4g: Crystal structure of five 70s ribosomes from Escherichia Coli in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4g
タイトルCrystal structure of five 70s ribosomes from Escherichia Coli in complex with protein Y.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • general stress protein Ctc
  • protein Y
キーワードRIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / PROTEIN-RNA COMPLEX / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Vila-Sanjurjo, A. / Schuwirth, B.S. / Hau, C.W. / Cate, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the control of translation initiation during stress.
著者: Vila-Sanjurjo, A. / Schuwirth, B.S. / Hau, C.W. / Cate, J.H.
履歴
登録2004年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VOQ, 1VOR, 1VOS, 1VOU, 1VOV, 1VOW, 1VOX, 1VOY, 1VOZ, 1VP0
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 400COMPOUND THIS FILE, 1VOQ, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL ...COMPOUND THIS FILE, 1VOQ, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS FIVE 70S RIBOSOMES AND ARE DEPOSITED UNDER: 70S RIBOSOME ONE: 1VOQ (30S SUBUNIT), 1VOR (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME TWO: 1VOS (30S SUBUNIT), 1VOU (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME THREE: 1VOV (30S SUBUNIT), 1VOW (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME FOUR: 1VOX (30S SUBUNIT), 1VOY (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME FIVE: 1VOZ (30S SUBUNIT), 1VP0 (50S SUBUNIT)
Remark 999SEQUENCE The 30S subunit is modelled based on 1PNS which are derived mainly from 1J5E, the T. ...SEQUENCE The 30S subunit is modelled based on 1PNS which are derived mainly from 1J5E, the T. thermophilus 30S subunit, with modifications to the rRNA to make it match E. coli insertions and deletions. The sequence of this subunit represent that of pdb entry, 1J5E. As a result, no dbref was provided. Some residues are not at link distance. Distance of O3*-P bond is 3.20 for residue (A A 919 ) and residue (A U 920 ). Distance of O3*-P bond is 3.21 for residue (A U 1393 ) and residue (A A 1394 ). Distance of O3*-P bond is 5.27 for residue (A G 1443 ) and residue (A U 1445 ). Distance of O3*-P bond is 6.64 for residue (A G 1458 ) and residue (A A 1460 ). Distance of C-N bond is 5.58 for residue (L SER 22 ) and residue (L LYS 23 ). Distance of C-N bond is 4.55 for residue (M GLY 89 ) and residue (M LEU 90 ). The short contacts listed at remark 500 may not be complete since this file only represents one tenth of the entire crystal structure.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
Aa: protein Y
BB: 23S RIBOSOMAL RNA
BA: 5S RIBOSOMAL RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BI: 50S ribosomal protein L9
BJ: 50S ribosomal protein L11
BK: 50S ribosomal protein L13
BL: 50S ribosomal protein L14
BM: 50S ribosomal protein L15
BN: 50S ribosomal protein L16
BO: 50S ribosomal protein L17
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BQ: 50S ribosomal protein L19
BR: 50S ribosomal protein L20
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B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
B6: 50S ribosomal protein L36
B7: 50S ribosomal protein L1P
CA: 16S ribosomal RNA
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
Ca: protein Y
DB: 23S RIBOSOMAL RNA
DA: 5S RIBOSOMAL RNA
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DI: 50S ribosomal protein L9
DJ: 50S ribosomal protein L11
DK: 50S ribosomal protein L13
DL: 50S ribosomal protein L14
DM: 50S ribosomal protein L15
DN: 50S ribosomal protein L16
DO: 50S ribosomal protein L17
DP: 50S ribosomal protein L18
DQ: 50S ribosomal protein L19
DR: 50S ribosomal protein L20
DS: 50S ribosomal protein L21
DT: 50S ribosomal protein L22
DU: 50S ribosomal protein L23
DV: 50S ribosomal protein L24
DW: general stress protein Ctc
DX: 50S ribosomal protein L27
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D1: 50S ribosomal protein L31
D2: 50S ribosomal protein L32
D3: 50S ribosomal protein L33
D4: 50S ribosomal protein L34
D5: 50S ribosomal protein L35
D6: 50S ribosomal protein L36
D7: 50S ribosomal protein L1P
EA: 16S ribosomal RNA
EB: 30S ribosomal protein S2
EC: 30S ribosomal protein S3
ED: 30S ribosomal protein S4
EE: 30S ribosomal protein S5
EF: 30S ribosomal protein S6
EG: 30S ribosomal protein S7
EH: 30S ribosomal protein S8
EI: 30S ribosomal protein S9
EJ: 30S ribosomal protein S10
EK: 30S ribosomal protein S11
EL: 30S ribosomal protein S12
EM: 30S ribosomal protein S13
EN: 30S ribosomal protein S14
EO: 30S ribosomal protein S15
EP: 30S ribosomal protein S16
EQ: 30S ribosomal protein S17
ER: 30S ribosomal protein S18
ES: 30S ribosomal protein S19
ET: 30S ribosomal protein S20
Ea: protein Y
FB: 23S RIBOSOMAL RNA
FA: 5S RIBOSOMAL RNA
FD: 50S ribosomal protein L2
FE: 50S ribosomal protein L3
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FH: 50S ribosomal protein L6
FI: 50S ribosomal protein L9
FJ: 50S ribosomal protein L11
FK: 50S ribosomal protein L13
FL: 50S ribosomal protein L14
FM: 50S ribosomal protein L15
FN: 50S ribosomal protein L16
FO: 50S ribosomal protein L17
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FR: 50S ribosomal protein L20
FS: 50S ribosomal protein L21
FT: 50S ribosomal protein L22
FU: 50S ribosomal protein L23
FV: 50S ribosomal protein L24
FW: general stress protein Ctc
FX: 50S ribosomal protein L27
FY: 50S ribosomal protein L29
FZ: 50S ribosomal protein L30
F1: 50S ribosomal protein L31
F2: 50S ribosomal protein L32
F3: 50S ribosomal protein L33
F4: 50S ribosomal protein L34
F5: 50S ribosomal protein L35
F6: 50S ribosomal protein L36
F7: 50S ribosomal protein L1P
GA: 16S ribosomal RNA
GB: 30S ribosomal protein S2
GC: 30S ribosomal protein S3
GD: 30S ribosomal protein S4
GE: 30S ribosomal protein S5
GF: 30S ribosomal protein S6
GG: 30S ribosomal protein S7
GH: 30S ribosomal protein S8
GI: 30S ribosomal protein S9
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GK: 30S ribosomal protein S11
GL: 30S ribosomal protein S12
GM: 30S ribosomal protein S13
GN: 30S ribosomal protein S14
GO: 30S ribosomal protein S15
GP: 30S ribosomal protein S16
GQ: 30S ribosomal protein S17
GR: 30S ribosomal protein S18
GS: 30S ribosomal protein S19
GT: 30S ribosomal protein S20
Ga: protein Y
HB: 23S RIBOSOMAL RNA
HA: 5S RIBOSOMAL RNA
HD: 50S ribosomal protein L2
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HF: 50S ribosomal protein L4
HG: 50S ribosomal protein L5
HH: 50S ribosomal protein L6
HI: 50S ribosomal protein L9
HJ: 50S ribosomal protein L11
HK: 50S ribosomal protein L13
HL: 50S ribosomal protein L14
HM: 50S ribosomal protein L15
HN: 50S ribosomal protein L16
HO: 50S ribosomal protein L17
HP: 50S ribosomal protein L18
HQ: 50S ribosomal protein L19
HR: 50S ribosomal protein L20
HS: 50S ribosomal protein L21
HT: 50S ribosomal protein L22
HU: 50S ribosomal protein L23
HV: 50S ribosomal protein L24
HW: general stress protein Ctc
HX: 50S ribosomal protein L27
HY: 50S ribosomal protein L29
HZ: 50S ribosomal protein L30
H1: 50S ribosomal protein L31
H2: 50S ribosomal protein L32
H3: 50S ribosomal protein L33
H4: 50S ribosomal protein L34
H5: 50S ribosomal protein L35
H6: 50S ribosomal protein L36
H7: 50S ribosomal protein L1P
IA: 16S ribosomal RNA
IB: 30S ribosomal protein S2
IC: 30S ribosomal protein S3
ID: 30S ribosomal protein S4
IE: 30S ribosomal protein S5
IF: 30S ribosomal protein S6
IG: 30S ribosomal protein S7
IH: 30S ribosomal protein S8
II: 30S ribosomal protein S9
IJ: 30S ribosomal protein S10
IK: 30S ribosomal protein S11
IL: 30S ribosomal protein S12
IM: 30S ribosomal protein S13
IN: 30S ribosomal protein S14
IO: 30S ribosomal protein S15
IP: 30S ribosomal protein S16
IQ: 30S ribosomal protein S17
IR: 30S ribosomal protein S18
IS: 30S ribosomal protein S19
IT: 30S ribosomal protein S20
Ia: protein Y
JB: 23S RIBOSOMAL RNA
JA: 5S RIBOSOMAL RNA
JD: 50S ribosomal protein L2
JE: 50S ribosomal protein L3
JF: 50S ribosomal protein L4
JG: 50S ribosomal protein L5
JH: 50S ribosomal protein L6
JI: 50S ribosomal protein L9
JJ: 50S ribosomal protein L11
JK: 50S ribosomal protein L13
JL: 50S ribosomal protein L14
JM: 50S ribosomal protein L15
JN: 50S ribosomal protein L16
JO: 50S ribosomal protein L17
JP: 50S ribosomal protein L18
JQ: 50S ribosomal protein L19
JR: 50S ribosomal protein L20
JS: 50S ribosomal protein L21
JT: 50S ribosomal protein L22
JU: 50S ribosomal protein L23
JV: 50S ribosomal protein L24
JW: general stress protein Ctc
JX: 50S ribosomal protein L27
JY: 50S ribosomal protein L29
JZ: 50S ribosomal protein L30
J1: 50S ribosomal protein L31
J2: 50S ribosomal protein L32
J3: 50S ribosomal protein L33
J4: 50S ribosomal protein L34
J5: 50S ribosomal protein L35
J6: 50S ribosomal protein L36
J7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,637,747265
ポリマ－10,637,747265
非ポリマー00
水00
1
AA: 16S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
Aa: protein Y
BB: 23S RIBOSOMAL RNA
BA: 5S RIBOSOMAL RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
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BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
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BW: general stress protein Ctc
BX: 50S ribosomal protein L27
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BZ: 50S ribosomal protein L30
B1: 50S ribosomal protein L31
B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
B6: 50S ribosomal protein L36
B7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,127,54953
ポリマ－2,127,54953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S ribosomal RNA
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
Ca: protein Y
DB: 23S RIBOSOMAL RNA
DA: 5S RIBOSOMAL RNA
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DI: 50S ribosomal protein L9
DJ: 50S ribosomal protein L11
DK: 50S ribosomal protein L13
DL: 50S ribosomal protein L14
DM: 50S ribosomal protein L15
DN: 50S ribosomal protein L16
DO: 50S ribosomal protein L17
DP: 50S ribosomal protein L18
DQ: 50S ribosomal protein L19
DR: 50S ribosomal protein L20
DS: 50S ribosomal protein L21
DT: 50S ribosomal protein L22
DU: 50S ribosomal protein L23
DV: 50S ribosomal protein L24
DW: general stress protein Ctc
DX: 50S ribosomal protein L27
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D1: 50S ribosomal protein L31
D2: 50S ribosomal protein L32
D3: 50S ribosomal protein L33
D4: 50S ribosomal protein L34
D5: 50S ribosomal protein L35
D6: 50S ribosomal protein L36
D7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,127,54953
ポリマ－2,127,54953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
EA: 16S ribosomal RNA
EB: 30S ribosomal protein S2
EC: 30S ribosomal protein S3
ED: 30S ribosomal protein S4
EE: 30S ribosomal protein S5
EF: 30S ribosomal protein S6
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EH: 30S ribosomal protein S8
EI: 30S ribosomal protein S9
EJ: 30S ribosomal protein S10
EK: 30S ribosomal protein S11
EL: 30S ribosomal protein S12
EM: 30S ribosomal protein S13
EN: 30S ribosomal protein S14
EO: 30S ribosomal protein S15
EP: 30S ribosomal protein S16
EQ: 30S ribosomal protein S17
ER: 30S ribosomal protein S18
ES: 30S ribosomal protein S19
ET: 30S ribosomal protein S20
Ea: protein Y
FB: 23S RIBOSOMAL RNA
FA: 5S RIBOSOMAL RNA
FD: 50S ribosomal protein L2
FE: 50S ribosomal protein L3
FF: 50S ribosomal protein L4
FG: 50S ribosomal protein L5
FH: 50S ribosomal protein L6
FI: 50S ribosomal protein L9
FJ: 50S ribosomal protein L11
FK: 50S ribosomal protein L13
FL: 50S ribosomal protein L14
FM: 50S ribosomal protein L15
FN: 50S ribosomal protein L16
FO: 50S ribosomal protein L17
FP: 50S ribosomal protein L18
FQ: 50S ribosomal protein L19
FR: 50S ribosomal protein L20
FS: 50S ribosomal protein L21
FT: 50S ribosomal protein L22
FU: 50S ribosomal protein L23
FV: 50S ribosomal protein L24
FW: general stress protein Ctc
FX: 50S ribosomal protein L27
FY: 50S ribosomal protein L29
FZ: 50S ribosomal protein L30
F1: 50S ribosomal protein L31
F2: 50S ribosomal protein L32
F3: 50S ribosomal protein L33
F4: 50S ribosomal protein L34
F5: 50S ribosomal protein L35
F6: 50S ribosomal protein L36
F7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,127,54953
ポリマ－2,127,54953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
GA: 16S ribosomal RNA
GB: 30S ribosomal protein S2
GC: 30S ribosomal protein S3
GD: 30S ribosomal protein S4
GE: 30S ribosomal protein S5
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GG: 30S ribosomal protein S7
GH: 30S ribosomal protein S8
GI: 30S ribosomal protein S9
GJ: 30S ribosomal protein S10
GK: 30S ribosomal protein S11
GL: 30S ribosomal protein S12
GM: 30S ribosomal protein S13
GN: 30S ribosomal protein S14
GO: 30S ribosomal protein S15
GP: 30S ribosomal protein S16
GQ: 30S ribosomal protein S17
GR: 30S ribosomal protein S18
GS: 30S ribosomal protein S19
GT: 30S ribosomal protein S20
Ga: protein Y
HB: 23S RIBOSOMAL RNA
HA: 5S RIBOSOMAL RNA
HD: 50S ribosomal protein L2
HE: 50S ribosomal protein L3
HF: 50S ribosomal protein L4
HG: 50S ribosomal protein L5
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HV: 50S ribosomal protein L24
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HY: 50S ribosomal protein L29
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H1: 50S ribosomal protein L31
H2: 50S ribosomal protein L32
H3: 50S ribosomal protein L33
H4: 50S ribosomal protein L34
H5: 50S ribosomal protein L35
H6: 50S ribosomal protein L36
H7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,127,54953
ポリマ－2,127,54953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
IA: 16S ribosomal RNA
IB: 30S ribosomal protein S2
IC: 30S ribosomal protein S3
ID: 30S ribosomal protein S4
IE: 30S ribosomal protein S5
IF: 30S ribosomal protein S6
IG: 30S ribosomal protein S7
IH: 30S ribosomal protein S8
II: 30S ribosomal protein S9
IJ: 30S ribosomal protein S10
IK: 30S ribosomal protein S11
IL: 30S ribosomal protein S12
IM: 30S ribosomal protein S13
IN: 30S ribosomal protein S14
IO: 30S ribosomal protein S15
IP: 30S ribosomal protein S16
IQ: 30S ribosomal protein S17
IR: 30S ribosomal protein S18
IS: 30S ribosomal protein S19
IT: 30S ribosomal protein S20
Ia: protein Y
JB: 23S RIBOSOMAL RNA
JA: 5S RIBOSOMAL RNA
JD: 50S ribosomal protein L2
JE: 50S ribosomal protein L3
JF: 50S ribosomal protein L4
JG: 50S ribosomal protein L5
JH: 50S ribosomal protein L6
JI: 50S ribosomal protein L9
JJ: 50S ribosomal protein L11
JK: 50S ribosomal protein L13
JL: 50S ribosomal protein L14
JM: 50S ribosomal protein L15
JN: 50S ribosomal protein L16
JO: 50S ribosomal protein L17
JP: 50S ribosomal protein L18
JQ: 50S ribosomal protein L19
JR: 50S ribosomal protein L20
JS: 50S ribosomal protein L21
JT: 50S ribosomal protein L22
JU: 50S ribosomal protein L23
JV: 50S ribosomal protein L24
JW: general stress protein Ctc
JX: 50S ribosomal protein L27
JY: 50S ribosomal protein L29
JZ: 50S ribosomal protein L30
J1: 50S ribosomal protein L31
J2: 50S ribosomal protein L32
J3: 50S ribosomal protein L33
J4: 50S ribosomal protein L34
J5: 50S ribosomal protein L35
J6: 50S ribosomal protein L36
J7: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,127,54953
ポリマ－2,127,54953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)687.900, 687.900, 1933.3
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 15分子 AACAEAGAIABBDBFBHBJBBADAFAHAJA

#1: RNA鎖
16S ribosomal RNA


分子量: 495435.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#22: RNA鎖
23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 915854.875 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#23: RNA鎖
5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38374.984 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 95分子 ABCBEBGBIBACCCECGCICADCDEDGDIDAECEEEGEIEAFCFEFGFIFAGCGEGGGIG...

#2: タンパク質
30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質
30S ribosomal protein S5


分子量: 16331.079 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質
30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質
30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#8: タンパク質
30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#9: タンパク質
30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#10: タンパク質
30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#11: タンパク質
30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#12: タンパク質
30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#13: タンパク質
30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#14: タンパク質
30S ribosomal protein S14


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#15: タンパク質
30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#16: タンパク質
30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#17: タンパク質
30S ribosomal protein S17


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#18: タンパク質
30S ribosomal protein S18


分子量: 8483.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#19: タンパク質
30S ribosomal protein S19


分子量: 9203.743 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#20: タンパク質
30S ribosomal protein S20


分子量: 10907.060 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 2種, 10分子 AaCaEaGaIaBWDWFWHWJW

#21: タンパク質
protein Y


分子量: 10250.834 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#43: タンパク質
general stress protein Ctc


分子量: 18929.711 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 145分子 BDDDFDHDJDBEDEFEHEJEBFDFFFHFJFBGDGFGHGJGBHDHFHHHJHBIDIFIHIJI...

#24: タンパク質
50S ribosomal protein L2


分子量: 29519.994 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#25: タンパク質
50S ribosomal protein L3


分子量: 21962.529 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#26: タンパク質
50S ribosomal protein L4


分子量: 21502.346 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#27: タンパク質
50S ribosomal protein L5


分子量: 20120.586 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#28: タンパク質
50S ribosomal protein L6


分子量: 18680.418 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#29: タンパク質
50S ribosomal protein L9


分子量: 5734.673 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#30: タンパク質
50S ribosomal protein L11


分子量: 14818.137 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#31: タンパク質
50S ribosomal protein L13


分子量: 15936.398 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#32: タンパク質
50S ribosomal protein L14


分子量: 14012.183 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#33: タンパク質
50S ribosomal protein L15


分子量: 15177.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#34: タンパク質
50S ribosomal protein L16


分子量: 14033.465 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#35: タンパク質
50S ribosomal protein L17


分子量: 12637.677 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#36: タンパク質
50S ribosomal protein L18


分子量: 11860.560 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#37: タンパク質
50S ribosomal protein L19


分子量: 14322.516 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#38: タンパク質
50S ribosomal protein L20


分子量: 13860.079 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#39: タンパク質
50S ribosomal protein L21


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#40: タンパク質
50S ribosomal protein L22


分子量: 14790.375 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#41: タンパク質
50S ribosomal protein L23


分子量: 10336.936 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#42: タンパク質
50S ribosomal protein L24


分子量: 12138.118 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#44: タンパク質
50S ribosomal protein L27


分子量: 9121.521 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#45: タンパク質
50S ribosomal protein L29


分子量: 7515.659 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#46: タンパク質
50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#47: タンパク質
50S ribosomal protein L31


分子量: 8597.846 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#48: タンパク質
50S ribosomal protein L32


分子量: 6579.690 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#49: タンパク質
50S ribosomal protein L33


分子量: 6144.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#50: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L34


分子量: 5497.474 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#51: タンパク質
50S ribosomal protein L35


分子量: 7130.701 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#52: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L36


分子量: 4134.048 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#53: タンパク質
50S ribosomal protein L1P


分子量: 24690.396 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.12 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 18-22% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0-5% ethanol, 20-25mM MgCl2, 200-320mM NH4Cl, 1mM spermine, 0-0.5mM spermidine, pH 6.0-6.5, pH 6.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2ethanol11
3MgCl211
4NH4Cl11
5spermine11
6spermidine11
7H2O11
8MgCl212
9NH4Cl12
10MPD12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111
シンクロトロンALS 8.2.121.2
シンクロトロンALS 8.2.231.3
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年3月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年3月1日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.21
31.31
反射解像度: 11.5→500 Å / Num. obs: 62383 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 11.5→11.8 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 77.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1PNS, 1PNU

1pns
PDB 未公開エントリ

1pnu
PDB 未公開エントリ


解像度: 11.5→500 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 235 RIGID BODIES REFINEMENT, GROUPED THIS ENTRY. COORDINATES USED FOR SOLVING AND REFINING THIS SUBUNIT COMES FROM PDB ENTRY, 1PNS, WHERE THE SEQUENCE REPRESENTS THAT OF T. THERMOPHILUS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.401 6283 -RANDOM
Rwork0.395 ---
obs0.395 62383 93.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 11.5→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19749 32799 0 0 52548

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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