PDB-4v33: Crystal structure of the putative polysaccharide deacetylase BA03...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v33

タイトル

Crystal structure of the putative polysaccharide deacetylase BA0330 from bacillus anthracis

要素

POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

FIBRONECTIN TYPE III DOMAIN (フィブロネクチンIII型ドメイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Giastas, P. / Andreou, A. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Two Putative Polysaccharide Deacetylases are Required for Osmotic Stability and Cell Shape Maintenance in Bacillus Anthracis.
著者: Arnaouteli, S. / Giastas, P. / Andreou, A. / Tzanodaskalaki, M. / Aldridge, C. / Tzartos, S.J. / Vollmer, W. / Eliopoulos, E. / Bouriotis, V.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v33.cif.gz	286.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v33.ent.gz	234.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hd5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ldj-2 1n5l-d 4hd5-d 6go1-1 6if3-d 5tmp-3 6in3-d 1n5k-d 3qis-d 5f5o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN

B: POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.964, 68.763, 132.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2035- HOH
2	1	A-2076- HOH

#1: タンパク質	POLYSACCHARIDE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN / POLYSACCHARIDE DEACETYLASE BA0330 分子量: 40868.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYDROXY PROLINE IN POSITION 302 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81ZD9, UniProt: A0A6L8P8I1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 942 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HYDROXY PROLINE AT POSITION 302

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→48.02 Å / Num. obs: 155207 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HD5

4hd5

解像度: 1.48→48.021 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.11 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-44 WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	14922	5 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1574	155203	94.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→48.021 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5070	0	34	942	6046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	7132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.65	2009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	791
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4798-1.4966	0.2921	459	0.2799	8819	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4966-1.5142	0.286	481	0.2619	9159	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5142-1.5326	0.2693	503	0.2522	9465	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5326-1.552	0.2532	482	0.2333	9154	X-RAY DIFFRACTION	93
1.552-1.5725	0.2289	500	0.2258	9477	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5725-1.594	0.2335	484	0.2096	9320	X-RAY DIFFRACTION	93
1.594-1.6168	0.2222	503	0.1961	9467	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6168-1.6409	0.1967	497	0.1855	9452	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6409-1.6666	0.1905	484	0.1843	9387	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6666-1.6939	0.1982	494	0.1868	9562	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6939-1.7231	0.2171	495	0.1896	9400	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7231-1.7544	0.2069	494	0.1756	9534	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7544-1.7882	0.1807	499	0.1721	9553	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7882-1.8247	0.1899	493	0.1655	9429	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8247-1.8644	0.1627	499	0.155	9505	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8644-1.9077	0.18	509	0.1512	9604	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9077-1.9554	0.1702	503	0.1475	9530	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9554-2.0083	0.1689	503	0.1485	9633	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0083-2.0674	0.1772	495	0.1523	9516	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0674-2.1341	0.1783	509	0.158	9622	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1341-2.2104	0.1647	508	0.1484	9637	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2104-2.2989	0.1713	507	0.1474	9667	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2989-2.4035	0.1664	503	0.138	9545	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4035-2.5302	0.1768	502	0.1499	9580	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5302-2.6888	0.1615	518	0.1517	9685	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6888-2.8963	0.1601	491	0.1522	9500	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8963-3.1878	0.1735	512	0.1532	9612	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1878-3.6489	0.1671	497	0.1468	9570	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6489-4.5966	0.1471	498	0.1278	9577	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5966-48.0468	0.1516	500	0.1409	9612	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9154	0.3458	-1.4735	0.6418	-1.1285	3.0383	-0.1935	-0.3016	-0.1718	0.0191	-0.0267	-0.0951	0.2688	0.3665	0.2004	0.1976	0.0275	0.0214	0.3013	0.0373	0.1511	3.6759	33.3366	62.2485
2	1.791	0.0471	0.5965	1.2988	0.2835	2.0483	-0.0178	0.0421	0.0989	-0.1199	0.0595	0.0638	-0.1575	0.0136	-0.0361	0.1055	-0.0476	0.0148	0.1233	-0.0022	0.1166	7.1429	50.755	32.2788
3	1.5114	0.5234	0.0044	0.9631	-0.3373	1.1946	0.0593	-0.1976	0.0705	0.0872	-0.0701	0.0239	-0.0903	0.0958	0.0127	0.1202	-0.0316	0.0211	0.1617	-0.0199	0.0841	18.1072	54.973	36.1181
4	1.2018	-0.4052	-0.3242	1.6896	-0.3885	0.475	0.2525	0.2834	-0.2473	-0.5463	-0.0293	0.438	0.2648	-0.1484	-0.0749	0.2781	-0.0283	-0.1219	0.1211	-0.0373	0.2723	-29.926	31.5403	-5.0991
5	1.083	0.4502	0.0898	0.5817	-0.0818	0.5533	0.0069	-0.0364	0.0217	-0.0004	-0.0158	0.0346	-0.0046	0.0119	0.0085	0.1136	-0.0038	0.0001	0.0674	-0.0043	0.107	-9.7821	36.2525	11.6091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 45 THROUGH 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 150 THROUGH 198 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 199 THROUGH 360 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 45 THROUGH 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 180 THROUGH 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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