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- PDB-4v29: The crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v29
タイトルThe crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex with two calcium ions
要素AT3G17980
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / LIPID BINDING PROTEIN / C2 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to salt stress / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / abscisic acid-activated signaling pathway / response to salt stress / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / phospholipid binding / defense response / lipid binding ...positive regulation of response to salt stress / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / abscisic acid-activated signaling pathway / response to salt stress / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / phospholipid binding / defense response / lipid binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein C2-DOMAIN ABA-RELATED / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 4
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Diaz, M. / Albert, A.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: C2-Domain Abscisic Acid-Related Proteins Mediate the Interaction of Pyr/Pyl/Rcar Abscisic Acid Receptors with the Plasma Membrane and Regulate Abscisic Acid Sensitivity in Arabidopsis.
著者: Rodriguez, L. / Gonzalez-Guzman, M. / Diaz, M. / Rodrigues, A. / Izquierdo-Garcia, A.C. / Peirats-Llobet, M. / Fernandez, M.A. / Antoni, R. / Fernandez, D. / Marquez, J.A. / Mulet, J.M. / ...著者: Rodriguez, L. / Gonzalez-Guzman, M. / Diaz, M. / Rodrigues, A. / Izquierdo-Garcia, A.C. / Peirats-Llobet, M. / Fernandez, M.A. / Antoni, R. / Fernandez, D. / Marquez, J.A. / Mulet, J.M. / Albert, A. / Rodriguez, P.L.
履歴
登録2014年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT3G17980
B: AT3G17980
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0126
ポリマ－39,8522
非ポリマー1604
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-6.5 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.848, 88.137, 108.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9992, 0.03148, -0.02437), (0.03314, -0.9969, 0.07112), (-0.02206, -0.07187, -0.9972)
ベクター: 1.244, 3.077, -44.2)

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要素

#1: タンパク質 AT3G17980 / CAR4


分子量: 19926.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVH4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 6K, 0.1 MES PH6, 0.2 M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.28 Å / Num. obs: 84856 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→46.3 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 4291 5.06 %
Rwork0.1942 --
obs0.1955 84856 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.186 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å20 Å2
2---2.5558 Å20 Å2
3----1.3242 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 4 386 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0923586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4821022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.29981260.2462518X-RAY DIFFRACTION93
1.6182-1.63720.28111480.25712540X-RAY DIFFRACTION95
1.6372-1.65720.31611240.25022710X-RAY DIFFRACTION97
1.6572-1.67820.27551360.23832622X-RAY DIFFRACTION99
1.6782-1.70030.24621610.21982702X-RAY DIFFRACTION100
1.7003-1.72360.25641290.21112696X-RAY DIFFRACTION100
1.7236-1.74820.24891430.21782742X-RAY DIFFRACTION100
1.7482-1.77430.24741540.22132650X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.8020.26091600.21672664X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.83160.27971350.21732744X-RAY DIFFRACTION100
1.8316-1.86310.23441270.19662719X-RAY DIFFRACTION100
1.8631-1.8970.21841380.20862712X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.93350.26241670.20522728X-RAY DIFFRACTION100
1.9335-1.9730.24351470.20142631X-RAY DIFFRACTION100
1.973-2.01590.24261240.19562736X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.06280.24481510.20512711X-RAY DIFFRACTION100
2.0628-2.11440.2171450.19682671X-RAY DIFFRACTION100
2.1144-2.17150.20681620.19022712X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.23540.20491550.18992650X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.30760.25141350.19262734X-RAY DIFFRACTION100
2.3076-2.390.1911490.19072695X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.48570.24321450.20052731X-RAY DIFFRACTION100
2.4857-2.59880.20851390.19942682X-RAY DIFFRACTION100
2.5988-2.73590.21981210.19872725X-RAY DIFFRACTION100
2.7359-2.90720.25641470.19882733X-RAY DIFFRACTION100
2.9072-3.13170.22831300.19772701X-RAY DIFFRACTION100
3.1317-3.44670.19141500.18062688X-RAY DIFFRACTION100
3.4467-3.94520.16191390.1692697X-RAY DIFFRACTION100
3.9452-4.96970.16241440.15392720X-RAY DIFFRACTION100
4.9697-46.29930.221600.20132601X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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