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万見
- PDB-4v1u: Heterocyclase in complex with substrate and Cofactor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1u
タイトルHeterocyclase in complex with substrate and Cofactor
要素
  • LYND
  • PATE
キーワードHYDROLASE / HETEROCYCLASE / CYANOBACTINS
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF5837) / : / Family of unknown function (DUF5837) / Winged Helix-turn-helix domain / Microcyclamide/patellamide bacteriocin family, leader peptide / Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Patellamide protein / YcaO domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種LYNGBYA AESTUARII (バクテリア)
UNCULTURED PROCHLORON SP. (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Koehnke, J. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Leader Peptide Binding Enables Leader-Free Cyanobactin Processing.
著者: Koehnke, J. / Mann, G. / Bent, A.F. / Ludewig, H. / Shirran, S. / Botting, C. / Lebl, T. / Houssen, W.E. / Jaspars, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32015年8月5日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYND
B: LYND
C: PATE
D: PATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,27612
ポリマ－186,2914
非ポリマー9868
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11520 Å2
ΔGint-108.1 kcal/mol
Surface area60870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.800, 152.810, 182.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 LYND


分子量: 86145.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LYNGBYA AESTUARII (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0YXD2
#2: タンパク質 PATE


分子量: 6999.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) UNCULTURED PROCHLORON SP. (環境試料)
株: PROCHLORON SP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0MHA3*PLUS

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非ポリマー , 4種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→76.4 Å / Num. obs: 42149 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.86→2.93 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BS9

4bs9


解像度: 2.86→76.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 40.95 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25122 2131 5.1 %RANDOM
Rwork0.20096 ---
obs0.2035 40018 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.49 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→76.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11884 0 52 19 11955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01912211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9131.9716657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.011326781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.20751501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94524.428551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21152000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6291574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.21893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0016.4556040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0026.4556039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7479.6637529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7479.6637530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6686.7326171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6696.7326172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.369.9529129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.92651.11913529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92651.1213529
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.985323843
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.511511
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.617523576
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.934 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 156 -
Rwork0.335 2906 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52970.47640.32890.43730.21382.7771-0.1313-0.11460.0067-0.0939-0.10690.0110.0011-0.12690.23830.16760.04090.01330.0384-0.03070.08044.3216-24.38289.0132
20.0511-0.04770.02470.0512-0.02990.01940.00150.02640.01110.0026-0.0141-0.01660.00620.00210.01260.2304-0.0039-0.0040.03730.01580.0575-2.4616-13.230750.8869
30.1344-0.1095-0.03110.128-0.06160.28170.004-0.005-0.00450.0114-0.0157-0.01280.00720.01460.01170.19520.001-0.00360.02250.01580.03627.496916.211232.1359
40.8988-0.8581-0.26171.0563-0.60143.14190.07870.05030.0201-0.0971-0.0411-0.01130.0927-0.0222-0.03760.1664-0.0177-0.00280.0286-0.01540.04513.174-28.051823.6165
50.5323-0.37270.10780.2646-0.11220.5419-0.01610.02410.04790.0198-0.0191-0.02930.0039-0.00350.03520.2161-0.0304-0.01170.0065-0.00550.06823.3165-28.357961.6567
60.08730.0627-0.05860.13360.03610.16640.02990.02810.016-0.0359-0.02490.02820.013-0.0584-0.00510.20130.0264-0.00340.0383-0.00320.031233.88078.871578.217
77.29293.361-8.750829.861-2.368610.5988-0.1966-0.0292-0.06490.49450.1179-0.11750.26110.04460.07870.1155-0.0088-0.05820.1285-0.02340.06016.9536-13.5103104.2481
80.4134-0.213.26040.57440.330234.16620.1239-0.1007-0.051-0.3310.30140.0289-0.19590.2383-0.42530.2582-0.10920.01150.22050.03380.091310.0536-12.119190.2449
90.40310.29542.1730.22951.665512.3248-0.16940.2149-0.0394-0.16720.18220.0023-1.3021.1623-0.01290.3163-0.0739-0.0850.23920.0170.195916.9333-19.30559.5451
105.38522.52072.43771.48590.88871.31290.195-0.3058-0.31570.1459-0.1758-0.29030.047-0.1265-0.01920.1102-0.0138-0.01320.2076-0.06090.162515.3978-15.211523.6397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2A112 - 377
3X-RAY DIFFRACTION3A378 - 775
4X-RAY DIFFRACTION4B6 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5B96 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6B307 - 775
7X-RAY DIFFRACTION7C23 - 28
8X-RAY DIFFRACTION8C29 - 34
9X-RAY DIFFRACTION9D23 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10D29 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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