PDB-4v1r: Structure of a selenomethionine derivative of the GH76 alpha- man...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v1r

タイトル

Structure of a selenomethionine derivative of the GH76 alpha- mannanase BT2949 Bacteroides thetaiotaomicron

要素

ALPHA-1,6-MANNANASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH76 / CAZY / BACTEROIDES / POLYSACCHARIDE UTILISATION / ENZYME-CARBOHYDRATE INTERACTION

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Thompson, A.J. / Cuskin, F. / Spears, R.J. / Dabin, J. / Turkenburg, J.P. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the Gh76 Alpha-Mannanase Homolog, Bt2949, from the Gut Symbiont Bacteroides Thetaiotaomicron
著者: Thompson, A.J. / Cuskin, F. / Spears, R.J. / Dabin, J. / Turkenburg, J.P. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2014年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v1r.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v1r.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v1r_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v1r_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	4v1r_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	4v1r_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v1sC 4v27 4v28 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qxf-2 3qxf-1 3qxq-4 4v1s-1 1v5c-d 3qxq-3 4mu9-2 3qxq-2 4e94-2 1v5d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.695, 120.743, 126.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2166- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.00015, 0.00036), (0.000146, -0.9999, -0.01185), (0.000362, -0.01185, 0.9999)
ベクター: 122.5, 1.557, -8.216)

#1: タンパク質	ALPHA-1,6-MANNANASE 分子量: 45769.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 株: VPI-5482 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8A3K5, mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.29 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.2 / 詳細: 1.5 M AMMONIUM TARTRATE PH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97926
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.5 Å / Num. obs: 115956 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX	CDE PIPELINE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→126.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.701 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16814	5813	5 %	RANDOM
R_work	0.14768	-	-	-
obs	0.14872	110076	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→126.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5801	0	38	1017	6856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.94	8409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3	12729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.504	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.353	24.702	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.413	15	936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.081	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.379	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.111	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.089	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.312	1.942	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.31	1.94	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.932	2.9	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.189	2.177	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.43	3.173	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	445	-
R_work	0.207	8009	-
obs	-	-	99.94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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