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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v1b | ||||||
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タイトル | Structure of a novel carbohydrate binding module from glycoside hydrolase family 5 glucanase from Ruminococcus flavefaciens FD-1 collected at the Zn edge | ||||||
![]() | CARBOHYDRATE BINDING MODULE | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME | ||||||
機能・相同性 | Carbohydrate binding module![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Venditto, I. / Centeno, M.S.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Expression, Purification and Crystallization of a Novel Carbohydrate-Binding Module from the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome. 著者: Venditto, I. / Centeno, M.S.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d3lC ![]() 4v17C ![]() 4v18SC ![]() 4v1iC ![]() 4v1kC ![]() 4v1lC ![]() 5aosC ![]() 5aotC ![]() 5fu2C ![]() 5fu3C ![]() 5fu4C ![]() 5fu5C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17273.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: FD-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GB WP009983134 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.2 M K2SO4, 20% PEG 3350. CRYO 30% GLYCEROL IN THE ABOVE CONDITION, PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2855 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→66.13 Å / Num. obs: 9947 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.76 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4V18 解像度: 2.69→66.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 27.482 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.285 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.606 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→66.13 Å
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拘束条件 |
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