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- PDB-4uzg: Crystal structure of group B streptococcus pilus 2b backbone prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uzg
タイトルCrystal structure of group B streptococcus pilus 2b backbone protein SAK_1440
要素SURFACE PROTEIN SPB1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PILI / SORTASES / ISOPEPTIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


Large cysteine-rich periplasmic protein OmcB-like, DUF11 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface protein spb1 / :
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS AGALACTIAE A909 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Malito, E. / Cozzi, R. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2015
タイトル: Structure and assembly of group B streptococcus pilus 2b backbone protein.
著者: Cozzi, R. / Malito, E. / Lazzarin, M. / Nuccitelli, A. / Castagnetti, A. / Bottomley, M.J. / Margarit, I. / Maione, D. / Rinaudo, C.D.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.32024年6月5日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SURFACE PROTEIN SPB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6916
ポリマ－31,4461
非ポリマー2445
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.640, 53.920, 54.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SURFACE PROTEIN SPB1 / GROUP B STREPTOCOCCUS PILUS 2B BACKBONE PROTEIN


分子量: 31446.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ISOPEPTIDE BONDS BETWEEN RESIDUES ASN 330 AND LYS 187, AND BETWEEN ASN 462 AND LYS 358
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS AGALACTIAE A909 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3K0A5, UniProt: A0A0M3KKY8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2M CALCIUM ACETATE, 20% PEG 3350, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月24日
放射モノクロメーター: DIAMOND (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→47.63 Å / Num. obs: 119342 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.06→1.09 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3ICH, 3QDH, 2H9G

3ich

3qdh

2h9g


解像度: 1.06→47.633 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 12.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1422 9674 5 %
Rwork0.1247 --
obs0.1256 119340 78.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→47.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 11 494 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4163025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.396807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0601-1.07210.2532500.20774491X-RAY DIFFRACTION58
1.0721-1.08470.18613070.1875520X-RAY DIFFRACTION71
1.0847-1.0980.22032920.17195568X-RAY DIFFRACTION71
1.098-1.11190.17143090.16255584X-RAY DIFFRACTION72
1.1119-1.12650.15942950.14945606X-RAY DIFFRACTION72
1.1265-1.14190.14443030.13995660X-RAY DIFFRACTION72
1.1419-1.15820.15622930.1365726X-RAY DIFFRACTION73
1.1582-1.17550.15973220.12895695X-RAY DIFFRACTION73
1.1755-1.19390.14982970.12475781X-RAY DIFFRACTION73
1.1939-1.21350.15133160.12595765X-RAY DIFFRACTION74
1.2135-1.23440.14233320.12275767X-RAY DIFFRACTION74
1.2344-1.25690.15473330.11885872X-RAY DIFFRACTION75
1.2569-1.2810.14182860.11225888X-RAY DIFFRACTION75
1.281-1.30720.13342960.11285902X-RAY DIFFRACTION75
1.3072-1.33560.13162750.11045950X-RAY DIFFRACTION76
1.3356-1.36670.13753500.10695905X-RAY DIFFRACTION76
1.3667-1.40090.13853400.1076028X-RAY DIFFRACTION77
1.4009-1.43870.13612900.10466002X-RAY DIFFRACTION77
1.4387-1.48110.13383110.10186078X-RAY DIFFRACTION77
1.4811-1.52890.12453210.10076071X-RAY DIFFRACTION78
1.5289-1.58350.11292780.09886122X-RAY DIFFRACTION78
1.5835-1.64690.12333290.10516167X-RAY DIFFRACTION79
1.6469-1.72190.123190.10716136X-RAY DIFFRACTION78
1.7219-1.81270.12343640.11356153X-RAY DIFFRACTION79
1.8127-1.92630.12363120.11156188X-RAY DIFFRACTION79
1.9263-2.0750.12173530.10786897X-RAY DIFFRACTION88
2.075-2.28380.12753820.11337792X-RAY DIFFRACTION99
2.2838-2.61420.13523760.12677839X-RAY DIFFRACTION100
2.6142-3.29360.14324050.13947818X-RAY DIFFRACTION100
3.2936-47.68140.16474380.14337809X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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