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- PDB-4uzb: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain mutant bound to LBS1 DNA (R10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uzb
タイトルKSHV LANA (ORF73) C-terminal domain mutant bound to LBS1 DNA (R1039Q, R1040Q, K1055E, K1109A, D1110A, A1121E, K1138S, K1140D, K1141D)
要素
  • (LANA BINDING SITE 1 DNA) x 2
  • ORF 73
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING DOMAIN / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN / HHV-8 / GAMMAHERPESVIRUS / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE / TUMOR VIRUS / CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / viral life cycle / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Protein LANA1-like, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / ORF 73 / Protein LANA1
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.865 Å
データ登録者Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The 3D Structure of Kaposi Sarcoma Herpesvirus Lana C-Terminal Domain Bound to DNA.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Lunsdorf, H. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization, Room-Temperature X-Ray Diffraction and Preliminary Analysis of Kaposi'S Sarcoma Herpesvirus Lana Bound to DNA.
著者: Hellert, J. / Krausze, J. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Data collection / Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: entity / exptl_crystal_grow ...entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol
Item: _entity.pdbx_mutation / _exptl_crystal_grow.method ..._entity.pdbx_mutation / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 73
B: ORF 73
C: LANA BINDING SITE 1 DNA
D: LANA BINDING SITE 1 DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0684
ポリマ－44,0684
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-61.4 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.840, 177.840, 177.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.14212, 0.53378, 0.83359), (0.52853, -0.67112, 0.51986), (0.83693, 0.51446, -0.18674)
ベクター: 21.95846, 33.56675, -43.61832)

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要素

#1: タンパク質 ORF 73 / LATENCY-ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / KSHV LANA


分子量: 15896.087 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1008-1146
変異: R1039Q, R1040Q, K1055E, K1109A, D1110A, A1121E, K1138S, K1140D, K1141D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: PET-BASED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0, UniProt: Q9QR71*PLUS
#2: DNA鎖 LANA BINDING SITE 1 DNA


分子量: 6137.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
参照: GenBank: 1841835
#3: DNA鎖 LANA BINDING SITE 1 DNA


分子量: 6137.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
参照: GenBank: 1841835
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.9 UL OF 1.60 MM LANA(1008-1146) MUTANT, 0.96 MM DSDNA, 10 MM BISTRIS PH 6.5, 0.9 M NACL, AND 5 MM DTT WERE ADDED TO 0.9 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 6.6, 27% PEG4000, ...詳細: 0.9 UL OF 1.60 MM LANA(1008-1146) MUTANT, 0.96 MM DSDNA, 10 MM BISTRIS PH 6.5, 0.9 M NACL, AND 5 MM DTT WERE ADDED TO 0.9 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 6.6, 27% PEG4000, AND 0.3 M AMMONIUM ACETATE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW WITHIN FIVE DAYS AT 24 DEGREES CENTIGRADE.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.00004
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→47.53 Å / Num. obs: 21605 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 79.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.65
反射 シェル解像度: 2.87→3.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXPHASER-MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YPY

2ypy


解像度: 2.865→47.53 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1547 1074 5 %
Rwork0.1218 --
obs0.1234 21618 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.865→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 814 0 105 3107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0594498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7351240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8654-2.99580.35631280.29442563X-RAY DIFFRACTION100
2.9958-3.15370.23681330.20492524X-RAY DIFFRACTION100
3.1537-3.35130.19321350.15362561X-RAY DIFFRACTION100
3.3513-3.60990.16541330.11752527X-RAY DIFFRACTION100
3.6099-3.9730.15741350.11382571X-RAY DIFFRACTION100
3.973-4.54760.1361350.09622566X-RAY DIFFRACTION100
4.5476-5.72790.11931360.10422587X-RAY DIFFRACTION100
5.7279-47.53630.13741390.11142645X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.42963.1765-1.86652.0489-0.92933.80120.27512.0364-0.4414-0.9226-0.9131.46830.5098-0.71120.4460.82560.2507-0.25861.104-0.62881.34324.92067.4117-23.4673
28.46925.5735-1.05245.90671.60096.56970.1360.9034-0.8474-1.0447-0.73113.0131-0.0318-0.88180.67930.79080.2932-0.3011.0784-0.45951.56084.097320.6353-16.7637
35.0004-6.7531-1.97089.10272.52925.7019-0.49913.02081.0167-0.149-1.08230.08170.0446-0.671.32471.36990.6007-0.16061.4826-0.19381.196-3.696536.0175-22.6341
48.4464-5.3964-4.48494.85626.18162.05820.40791.3195-1.0893-0.6001-2.25551.2642-0.1587-0.47471.74111.58760.5875-0.11671.25-0.1291.4269-5.237436.9698-15.4927
58.1315-3.82096.88585.6194-2.32517.5456-0.11272.9894-0.9688-0.8661-0.64390.98780.11360.41520.78011.01710.379-0.31921.6744-0.43151.35394.207422.8538-23.549
62.6009-3.6844-4.79948.56436.97948.4925-0.75710.7899-1.28011.1214-0.27860.73041.4877-0.54471.13821.08520.2867-0.14711.0946-0.53571.606317.71579.7136-18.0633
72.33180.9923-4.08964.75560.44288.2915-0.96091.6861-1.7626-0.4118-0.56411.67841.118-0.67381.53831.03470.2891-0.01431.3605-0.62811.408832.81261.3362-27.4821
82.431-6.54050.61644.46030.11653.986-0.426-0.5014-1.03650.25040.32531.40850.3257-0.51740.05740.74210.04230.06640.7916-0.11971.481417.472210.8542-7.3208
94.64873.1724.72488.35744.46584.86240.3371-0.1089-1.17340.4301-0.2879-0.10180.9541-0.1378-0.03870.56990.07270.12730.6254-0.08110.884333.9085.9623-3.4278
106.9382.6562-0.97579.0063-5.29085.9886-0.4986-1.8758-0.06742.50820.41750.2466-0.2579-1.0991-0.01611.31870.16860.14051.3004-0.04630.721328.286117.883910.1095
114.7284-1.0711.38625.6728-1.13930.86690.07950.4686-0.7185-0.3674-0.11470.3175-0.2054-0.2133-0.00050.55010.1220.05470.6469-0.17880.648229.08816.4296-9.2916
122.9849-0.5475-1.8284.98546.44328.74120.1773.61491.0067-3.6536-0.17751.396-1.77862.31920.06041.45750.1424-0.09671.48820.20450.905628.630830.5957-22.9217
135.3143-2.420.47848.24781.52474.74770.1356-0.1172-0.28180.0258-0.1441-0.0237-0.21380.1283-0.02730.41930.01240.04730.5393-0.03570.521234.687718.4241-4.7053
147.7214-5.7848-0.6144.27050.59210.13960.9541.35370.0849-2.6368-0.4785-0.6836-0.3849-0.3615-0.2941.38470.44610.01441.1695-0.08120.834218.621531.0588-22.9311
153.38533.91983.92117.31982.69366.0070.36240.54221.4644-0.1817-0.47510.5191-0.8344-0.40410.14050.95960.30630.17010.7436-0.06170.891217.318645.7438-12.0377
162.2468-0.72921.3725.0251-5.06255.25230.36360.79871.9657-0.374-0.9152-1.8878-1.07621.32550.75411.0798-0.00460.31130.94320.10281.449935.644841.6989-12.5902
173.1899-0.99860.81836.61690.03663.59390.34720.2969-0.0182-0.3015-0.25950.4125-0.5633-0.5893-0.10660.67540.15980.08590.6894-0.14580.698318.685633.0899-9.1352
184.87220.54394.24558.4395-3.05295.26281.3383-2.3583-2.7390.5878-0.44842.30853.3271-0.8203-0.90591.3623-0.08390.00481.05410.17211.40515.601916.15840.1049
192.952-1.63770.67156.21620.86582.95710.29090.0540.19510.0358-0.17840.2973-0.5935-0.3192-0.0860.68270.10260.16740.5779-0.11460.595119.886638.2138-3.1052
202.9257-1.60480.17764.47523.744.06660.26690.9141-0.2354-1.17750.2048-0.9343-1.73071.3081-0.16040.94430.01970.24140.8537-0.05990.839736.370931.2782-10.6701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'C' AND (RESID 12 THROUGH 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'C' AND (RESID 17 THROUGH 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'D' AND (RESID -21 THROUGH -17 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'D' AND (RESID -16 THROUGH -12 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID -11 THROUGH -7 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID -6 THROUGH -2 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 1010 THROUGH 1028 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 1029 THROUGH 1046 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 1047 THROUGH 1055 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 1056 THROUGH 1087 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'A' AND (RESID 1088 THROUGH 1099 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'A' AND (RESID 1100 THROUGH 1146 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 1010 THROUGH 1028 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 1029 THROUGH 1046 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 1047 THROUGH 1055 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 1056 THROUGH 1087 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 1088 THROUGH 1099 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'B' AND (RESID 1100 THROUGH 1138 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'B' AND (RESID 1139 THROUGH 1146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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