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万見
- PDB-4uz0: Crystal Structure of apoptosis repressor with CARD (ARC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uz0
タイトルCrystal Structure of apoptosis repressor with CARD (ARC)
要素NUCLEOLAR PROTEIN 3
キーワードAPOPTOSIS / ARC / NECROSIS / TNF
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle atrophy / negative regulation of programmed necrotic cell death / : / negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / death effector domain binding / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / caspase binding / mRNA splice site recognition ...negative regulation of muscle atrophy / negative regulation of programmed necrotic cell death / : / negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / death effector domain binding / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / caspase binding / mRNA splice site recognition / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / death receptor binding / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein complex oligomerization / blood vessel remodeling / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway / RNA splicing / sarcoplasmic reticulum / response to ischemia / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of gene expression / response to hypoxia / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleolar protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Kim, S.H. / Jeong, J.H. / Jang, T.H. / Kim, Y.G. / Park, H.H.
引用
ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Caspase Recruiting Domain (Card) of Apoptosis Repressor with Card (Arc) and its Implication in Inhibition of Apoptosis.
著者: Jang, T. / Kim, S.H. / Jeong, J. / Kim, S. / Kim, Y.G. / Park, H.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of the Card Domain of Apoptosis Repressor with Card (Arc).
著者: Kim, S.H. / Park, H.H.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOLAR PROTEIN 3
B: NUCLEOLAR PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5264
ポリマ－21,3422
非ポリマー1842
水19811
1
A: NUCLEOLAR PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8553
ポリマ－10,6711
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NUCLEOLAR PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6711
ポリマ－10,6711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.351, 99.351, 51.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOLAR PROTEIN 3 / APOPTOSIS REPRESSOR WITH CARD / MUSCLE-ENRICHED CYTOPLASMIC PROTEIN / MYP / NUCLEOLAR PROTEIN OF 30 ...APOPTOSIS REPRESSOR WITH CARD / MUSCLE-ENRICHED CYTOPLASMIC PROTEIN / MYP / NUCLEOLAR PROTEIN OF 30 KDA / NOP30 / APOPTOSIS REPRESSO


分子量: 10670.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O60936
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.2 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.2, 0.6 M DIAMMONIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 11384 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 47.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 45.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.399→27.436 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 1116 9.9 %
Rwork0.1702 --
obs0.1731 11259 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→27.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 12 11 1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0111793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.444525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3991-2.50820.26031330.1971221X-RAY DIFFRACTION95
2.5082-2.64040.21621380.18231253X-RAY DIFFRACTION98
2.6404-2.80570.21161370.18491258X-RAY DIFFRACTION99
2.8057-3.0220.2221410.19091281X-RAY DIFFRACTION99
3.022-3.32570.22881390.20421259X-RAY DIFFRACTION99
3.3257-3.80580.21461400.17081253X-RAY DIFFRACTION98
3.8058-4.79080.17151420.14641291X-RAY DIFFRACTION100
4.7908-27.43770.1831460.16261327X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2877 Å / Origin y: 41.8666 Å / Origin z: 37.03 Å
111213212223313233
T0.3369 Å20.024 Å2-0.0443 Å2-0.3787 Å20.0053 Å2--0.3063 Å2
L2.3265 °2-1.5295 °20.2547 °2-1.745 °2-0.5442 °2--0.2105 °2
S-0.066 Å °-0.1053 Å °0.0826 Å °0.2455 Å °0.0061 Å °-0.067 Å °0.0196 Å °-0.0217 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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