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- PDB-4uy9: Structure of MLK1 kinase domain with leucine zipper 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uy9
タイトルStructure of MLK1 kinase domain with leucine zipper 1
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9
キーワードTRANSFERASE / MLK FAMILY / MLK1 AND MLK3 SUBTYPE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase activity / molecular function activator activity / protein autophosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase activity / molecular function activator activity / protein autophosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MLK1-3, SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase, MLK1-4 / Variant SH3 domain / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...MLK1-3, SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase, MLK1-4 / Variant SH3 domain / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Read, J.A. / Brassington, C. / Pollard, H.K. / Phillips, C. / Green, I. / Overmann, R. / Collier, M.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2016
タイトル: Recurrent Mlk4 Loss-of-Function Mutations Suppress Jnk Signaling to Promote Colon Tumorigenesis.
著者: Marusiak, A.A. / Stephenson, N.L. / Baik, H. / Trotter, E.W. / Li, Y. / Blyth, K. / Mason, S. / Chapman, P. / Puto, L.A. / Read, J.A. / Brassington, C. / Pollard, H.K. / Phillips, C. / Green, ...著者: Marusiak, A.A. / Stephenson, N.L. / Baik, H. / Trotter, E.W. / Li, Y. / Blyth, K. / Mason, S. / Chapman, P. / Puto, L.A. / Read, J.A. / Brassington, C. / Pollard, H.K. / Phillips, C. / Green, I. / Overman, R. / Collier, M. / Testoni, E. / Miller, C. / Hunter, T. / Sansom, O.J. / Brognard, J.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9
B: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2322
ポリマ－73,2322
非ポリマー00
水3,045169
1
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9
B: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9

A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9
B: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4654
ポリマ－146,4654
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area6210 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area51860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.930, 96.930, 416.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 9 / MIXED LINEAGE KINASE 1 / MLK1 KINASE DOMAIN WITH LEUCINE ZIPP


分子量: 36616.129 Da / 分子数: 2
断片: KINASE DOMAIN WITH N-TERMINAL LEUCINE ZIPPER 1, RESIDUES 135-456
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN DEPHOSPHORYLATED / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P80192, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→78 Å / Num. obs: 29688 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 91.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DTC

3dtc


解像度: 2.81→77.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9405 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9212 / SU R Cruickshank DPI: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.415 / SU Rfree Blow DPI: 0.267 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.262
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1494 5.06 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1889 29528 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.543 Å20 Å20 Å2
2--0.543 Å20 Å2
3----1.086 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→77.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 0 169 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014917HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1622SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes727HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4917HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion654SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5395SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 154 5.43 %
Rwork0.2289 2681 -
all0.2316 2835 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8208-1.2252-0.18132.03360.25862.35890.1307-0.05480.0256-0.2072-0.02740.1656-0.5313-0.3222-0.10330.10560.08810.0341-0.2298-0.0626-0.1921-25.519817.77049.3309
22.1715-0.1617-0.92022.20020.25233.2870.32640.0614-0.1437-0.4357-0.20410.2930.2175-0.0452-0.12230.13080.1868-0.1155-0.2899-0.0923-0.2059-57.107456.42830.0557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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