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万見
- PDB-4uxx: Structure of delta4-DgkA with AMPPCP in 9.9 MAG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uxx
タイトルStructure of delta4-DgkA with AMPPCP in 9.9 MAG
要素DIACYLGLYCEROL KINASE
キーワードTRANSFERASE / ATP ANALOGUE / DGKA / DIACYLGLYEROL KINASE / IN MESO CRYSTALLIZATION / LIPID CUBIC PHASE / LIPIDIC CUBIC PHASE / LIPID MESOPHASE / LIPIDIC MESOPHASE / MEMBRANE PROTEIN / 9.9 MAG / MONOACYLGLYCEROL / NON- HYDROLYZABLE ATP ANALOGUE / NUCLEOTIDE ANALOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / lipid kinase activity / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3610 / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ACETATE ION / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Li, D. / Vogeley, L. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Ternary Structure Reveals Mechanism of a Membrane Diacylglycerol Kinase.
著者: Li, D. / Stansfeld, P.J. / Sansom, M.S.P. / Keogh, A. / Vogeley, L. / Howe, N. / Lyons, J.A. / Aragao, D. / Fromme, P. / Fromme, R. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Kupitz, C. / Rendek, K. / ...著者: Li, D. / Stansfeld, P.J. / Sansom, M.S.P. / Keogh, A. / Vogeley, L. / Howe, N. / Lyons, J.A. / Aragao, D. / Fromme, P. / Fromme, R. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Kupitz, C. / Rendek, K. / Weierstall, U. / Zatsepin, N.A. / Cherezov, V. / Liu, W. / Bandaru, S. / English, N.J. / Gati, C. / Barty, A. / Yefanov, O. / Chapman, H.N. / Diederichs, K. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Marvin Seibert, M. / Caffrey, M.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _atom_site.occupancy / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,89720
ポリマ－42,7223
非ポリマー3,17517
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10560 Å2
ΔGint-83.7 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.940, 72.940, 195.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1126-

NA

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK


分子量: 14240.527 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PTRCHISB-DGKA-DELTA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

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非ポリマー , 8種, 30分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE PROTEIN CONTAINS AN N-TERMINAL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN ...THE PROTEIN CONTAINS AN N-TERMINAL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN HAS FOUR MUTATIONS. THEY ARE I53V, I70L, M96L AND V107D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 %
解説: FOUR CRYSTALS WERE USED FOR THE NATIVE DATA SET. A SINGLE CRYSTAL WAS USED FOR THE ZN-ANOMALOUS DATA SET.
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 7-10 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPID CUBIC PHASE) METHOD AT 4 ...詳細: 7-10 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPID CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREES CELCIUS WITH THE 9.9 MONOACYLGLYCEROL (MONOOLEIN, 9.9 MAG) AS THE HOSTING LIPID.CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5-10 MM AMPPCP, 60 MM ZINC ACETATE BEFORE HARVESTING.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03320, 1.28238
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21.282381
反射解像度: 2.7→53.07 Å / Num. obs: 17218 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 68.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZE5

3ze5


解像度: 2.701→53.075 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE THREE NCS-RELATED MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT BUT NCS GLOBAL RESTRAINTS WERE NOT USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 850 4.9 %
Rwork0.2191 --
obs0.2212 17165 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→53.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 207 13 2796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7493810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0271044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7009-2.87010.34031270.2782620X-RAY DIFFRACTION97
2.8701-3.09170.30271260.25242682X-RAY DIFFRACTION100
3.0917-3.40270.25521510.24162667X-RAY DIFFRACTION100
3.4027-3.8950.25691550.21412712X-RAY DIFFRACTION100
3.895-4.90670.20211550.18622755X-RAY DIFFRACTION100
4.9067-53.08520.28651360.22562879X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0517-0.5384-3.02525.08421.44673.90870.31080.13250.3732-0.26040.2931-0.11110.0270.5119-0.58630.65970.1736-0.09370.6592-0.12080.554659.0327-15.339624.6987
24.571-0.784-2.14054.3061.73351.8698-0.12870.71020.1641-0.31180.1710.0672-1.265-0.16930.10490.79510.1557-0.00430.5098-0.00530.459348.5967-16.75116.3047
33.0171-1.1638-0.86843.32430.30238.2956-0.0243-0.0081-0.00320.0345-0.27670.1411-0.2178-0.21890.37950.71370.25920.00350.4931-0.04370.591541.3466-14.326629.479
44.80161.9331-3.59063.2199-0.33135.3797-0.4171.46910.5888-0.8560.1671-0.09951.0242-0.81780.1091.10990.0607-0.07890.9255-0.0410.281539.8532-38.971513.0505
52.4553-0.72621.50083.4661-1.27091.1231-0.2339-0.0404-0.04530.170.0174-0.06660.80490.0340.33960.91930.32420.06730.5659-0.0190.455351.7071-33.051724.1616
65.156-0.5581-0.42393.41551.99755.990.0663-0.131-0.00240.45310.1744-0.23630.24390.6955-0.1690.44230.22020.01280.4246-0.05250.535857.0297-24.514322.2502
74.1454.9559-4.0486.9092-5.87165.0481-0.32540.7815-0.3064-0.91271.20070.4934-1.0937-1.5862-1.21451.12880.30440.06011.1618-0.09090.821531.8101-15.244814.6023
82.9057-0.02322.37543.4274-1.39384.6922-0.2885-0.7511-0.0880.78180.98840.2534-0.5368-1.5314-0.44011.14680.45380.18051.18570.0810.837230.136-24.261931.7308
92.3988-0.1049-0.96332.04971.67542.00050.11460.2820.05770.1452-0.07310.3141-0.3687-1.78-0.05350.59480.25530.00410.62280.01580.500239.5808-23.423821.006
104.6521-0.2365-1.71164.75241.27988.9088-0.25610.334-0.10780.55210.06360.38450.573-1.35420.23640.69720.04080.06680.5265-0.07120.673640.5818-33.100520.6706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 7 THROUGH 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 52 THROUGH 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 92 THROUGH 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 28 THROUGH 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 84 THROUGH 121 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESID 16 THROUGH 28 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 29 THROUGH 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 52 THROUGH 82 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 83 THROUGH 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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