- PDB-4uxh: Leishmania major Thymidine Kinase in complex with AP5dT -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4uxh
タイトル
Leishmania major Thymidine Kinase in complex with AP5dT
要素
THYMIDINE KINASE
キーワード
TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報
thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.4→45.84 Å / Num. obs: 16728 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0049
精密化
MOSFLM
データ削減
Aimless
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→55.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 15.622 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25694
829
5 %
RANDOM
Rwork
0.19546
-
-
-
obs
0.19839
15762
99.59 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK