[日本語] English
万見
- PDB-4uwd: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) D315E VARIANT in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uwd
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) D315E VARIANT in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/UN9)
要素EGL NINE HOMOLOG 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ ASPARTYL HYDROXYLASE / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / ANKYRIN REPEAT DOMAIN / ARD / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / S-NITROSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation ...hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. ...: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-UN9 / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.721 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Tarhonskaya, H. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Investigating the Contribution of the Active Site Environment to the Slow Reaction of Hypoxia-Inducible Factor Prolyl Hydroxylase Domain 2 with Oxygen.
著者: Tarhonskaya, H. / Chowdhury, R. / Leung, I.K.H. / Loik, N.D. / Mccullagh, J.S.O. / Claridge, T.D.W. / Schofield, C.J. / Flashman, E.
#1: ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Selective Small Molecule Probes for the Hypoxia Inducible Factor (Hif) Prolyl Hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y. / Mcdonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / ...著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y. / Mcdonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / Kawamura, A. / Lee, M.K. / Van Eeden, F. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Atomic model / Other
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EGL NINE HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4473
ポリマ－28,1111
非ポリマー3362
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.520, 110.520, 39.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 EGL NINE HOMOLOG 1 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2 / HIF-PH2 / HIF -PROLYL HYDROXYLASE 2 / HPH-2 / ...HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2 / HIF-PH2 / HIF -PROLYL HYDROXYLASE 2 / HPH-2 / PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / PHD2 / SM-20 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2


分子量: 28110.967 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 181-426 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GZT9, procollagen-proline 4-dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9GZT9, procollagen-proline 4-dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸


分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClN2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH6.5, 1.7M AMMONIUM SULFATE, 1% DIOXANE, 0.002M MNCL2, SITTING DROP, 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→47.86 Å / Num. obs: 29428 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 29.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.72→1.77 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BQY

4bqy


解像度: 1.721→47.857 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1735 1497 5.1 %
Rwork0.1495 --
obs0.1507 29416 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.721→47.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1684 0 20 146 1850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2162572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.787690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7214-1.7770.27821280.22832524X-RAY DIFFRACTION100
1.777-1.84050.21481230.19262504X-RAY DIFFRACTION100
1.8405-1.91420.20561360.17952526X-RAY DIFFRACTION100
1.9142-2.00130.17621350.17032513X-RAY DIFFRACTION100
2.0013-2.10680.16611600.15422497X-RAY DIFFRACTION100
2.1068-2.23880.15921290.14792524X-RAY DIFFRACTION100
2.2388-2.41170.16741260.14552547X-RAY DIFFRACTION100
2.4117-2.65440.18161330.15512554X-RAY DIFFRACTION100
2.6544-3.03840.17951600.15542521X-RAY DIFFRACTION100
3.0384-3.82780.16651260.14082573X-RAY DIFFRACTION100
3.8278-47.8750.16611410.13882636X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6593-0.4622-0.71492.61490.44230.31210.12950.31640.037-0.2562-0.18440.664-0.1168-0.5230.01540.33790.0436-0.10550.40960.03670.388122.22428.1569-0.7477
23.54570.284-0.72823.54830.68171.9407-0.0195-0.0571-0.6772-0.2870.0632-0.22320.2698-0.0104-0.03040.361-0.0313-0.02310.3137-0.00840.340842.21499.0801-4.9451
33.1932-0.017-0.42662.784-0.18944.4891-0.01740.1179-0.2928-0.3345-0.3195-0.53090.47650.4650.25630.34760.01340.01630.32940.04230.354946.297313.489-5.2201
44.2404-2.3121-1.77997.39562.06272.5570.27770.69340.1402-1.1857-0.2980.3602-0.0242-0.6535-0.01280.45560.0371-0.11520.46810.05620.277731.142526.0266-12.0176
51.66190.0596-0.75073.1952-0.10541.42540.0290.00950.21080.112-0.0613-0.1606-0.1291-0.01580.02670.2407-0.0168-0.07560.25090.03480.263138.168525.68541.3951
63.68520.1802-0.63094.12110.32173.99050.0392-0.3513-0.09650.5306-0.08920.63020.2777-0.61140.09490.3029-0.051-0.01670.34880.07150.309230.204615.47359.6131
72.3017-0.2292-0.76952.43020.40751.3922-0.0137-0.06940.01820.1505-0.01830.11110.1094-0.18340.02610.2652-0.0286-0.06730.26380.03330.233733.815920.23894.0822
82.6453-0.0056-2.45650.36380.39182.9196-0.14110.0358-0.6983-0.02350.2763-0.2497-0.10610.4057-0.16690.3607-0.02880.02770.3184-0.01050.521649.462440.3077-2.8747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 188 THROUGH 215 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 216 THROUGH 246 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 247 THROUGH 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 267 THROUGH 282 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 283 THROUGH 329 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 330 THROUGH 353 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 354 THROUGH 391 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 392 THROUGH 409 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る