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- PDB-4uw7: Structure of the carboxy-terminal domain of the bacteriophage T5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uw7
タイトルStructure of the carboxy-terminal domain of the bacteriophage T5 L- shaped tail fiber without its intra-molecular chaperone domain
要素L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIAL VIRUSES / CAUDOVIRALES / SIPHOVIRIDAE / INFECTION.
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide-mediated virion attachment to host cell / virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Side tail fiber protein pb1 / L-shaped tail fiber protein pb1
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE T5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Garcia-Doval, C. / Luque, D. / Caston, J.R. / Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Boulanger, P. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: Viruses / 年: 2015
タイトル: Structure of the Receptor-Binding Carboxy-Terminal Domain of the Bacteriophage T5 L-Shaped Tail Fibre with and without Its Intra-Molecular Chaperone.
著者: Garcia-Doval, C. / Caston, J.R. / Luque, D. / Granell, M. / Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Renouard, M. / Boulanger, P. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization of the C-Terminal Domain of the Bacteriophage T5 L-Shaped Fibre.
著者: Garcia-Doval, C. / Luque, D. / Caston, J.R. / Boulanger, P. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN
B: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN
C: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5126
ポリマ－93,2363
非ポリマー2763
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39640 Å2
ΔGint-284.5 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)227.430, 58.180, 69.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-991-

PHE

21B-2003-

HOH

31C-2001-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A990 - 1262
2010B990 - 1262
1020A990 - 1262
2020C990 - 1262
1030B989 - 1262
2030C989 - 1262

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN / L-SHAPED TAIL FIBRES


分子量: 31078.691 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 970-1263 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T5 (ファージ)
プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: Q5DMH0, UniProt: P13390*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 17.5% (W/V) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9797
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→56.2 Å / Num. obs: 30585 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.52→2.59 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.52→56.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.622 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.75 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26607 2035 6.7 %THIN SHELLS
Rwork0.21339 ---
obs0.21704 28484 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å21.05 Å2
2--3.67 Å20 Å2
3----4.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→56.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6120 0 18 109 6247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9468590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971313355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.26284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.23100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23520
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0250.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8584.8823303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8594.8823302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6657.3194125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9295.2513009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0457.7274462
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A13484
12B13484
21A13486
22C13486
31B13537
32C13537
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.656 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 201 -
Rwork0.325 4242 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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