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万見
- PDB-4uv6: Crystal structure of apical membrane antigen 1 from Plasmodium kn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uv6
タイトルCrystal structure of apical membrane antigen 1 from Plasmodium knowlesi
要素APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1
キーワードCELL INVASION / MALARIA / VACCINE CANDIDATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM KNOWLESI (カニクイザルマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Plasmodium Knowlesi Apical Membrane Antigen 1 and its Complex with an Invasion-Inhibitory Monoclonal Antibody.
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Faber, B.W. / Saul, F.A. / Van Der Eijk, M. / Thomas, A.W. / Singh, B. / Kocken, C.H.M. / Bentley, G.A.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1
B: APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0232
ポリマ－85,0232
非ポリマー00
水6,954386
1
A: APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5111
ポリマ－42,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5111
ポリマ－42,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.320, 105.700, 104.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.95306, 0.04609, -0.29926), (-0.04128, -0.9989, -0.02239), (-0.29996, -0.00899, 0.95391)
ベクター: 51.59998, 60.96933, -44.41268)

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要素

#1: タンパク質 APICAL MEROZOITE ANTIGEN 1 / AMA1


分子量: 42511.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 43-387 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM KNOWLESI (カニクイザルマラリア原虫)
株: H / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3L5E1, UniProt: A0A384KGX8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.4 / 詳細: 0.86M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES PH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.09 Å / Num. obs: 34848 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 42.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W81

1w81


解像度: 2.45→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9181 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8668 / SU R Cruickshank DPI: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 843 2.42 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.172 34846 97.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1418 Å20 Å23.2451 Å2
2---6.0957 Å20 Å2
3---15.2375 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.281 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5407 0 0 386 5793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.157501HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1969SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes787HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5554HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion696SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6649SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3018 78 2.75 %
Rwork0.2525 2755 -
all0.2538 2833 -
obs--97.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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