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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uus | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / HOMEODOMAIN / HOX PROTEIN / PBC PROTEIN / DNA PROTEIN COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax ...dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / open tracheal system development / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / muscle cell fate specification / polytene chromosome band / endoderm formation / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / cell fate determination / anterior/posterior pattern specification / midgut development / transcription factor binding / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / protein-DNA complex / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Foos, N. / Mate, M.J. / Ortiz-Lombardia, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: A Flexible Extension of the Drosophila Ultrabithorax Homeodomain Defines a Novel Hox/Pbc Interaction Mode. 著者: Foos, N. / Maurel-Zaffran, C. / Mate, M.J. / Vincentelli, R. / Hainaut, M. / Berenger, H. / Pradel, J. / Saurin, A.J. / Ortiz-Lombardia, M. / Graba, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uus.cif.gz | 194 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uus.ent.gz | 153 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uus.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4uus_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4uus_full_validation.pdf.gz | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4uus_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4uus_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/4uus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/4uus | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9591.063 Da / 分子数: 2 / 断片: HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P83949 #2: タンパク質 | 分子量: 8857.946 Da / 分子数: 2 / 断片: HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: EXD2 PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P40427 #3: DNA鎖 | 分子量: 4537.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: UBX-EXD CONSENSUS BINDING SITE 由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) #4: DNA鎖 | 分子量: 4640.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: UBX-EXD CONSENSUS BINDING SITE 由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST G FROM FUSION TAG AFTER CLEAVAGE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→38.55 Å / Num. obs: 18169 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 57.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1B8I 解像度: 2.55→38.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9291 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→38.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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