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- PDB-4usn: The structure of the immature HIV-1 capsid in intact virus partic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4usn
タイトルThe structure of the immature HIV-1 capsid in intact virus particles at sub-nm resolution
要素P24
キーワードVIRAL PROTEIN / RETROVIRUS / MATURATION / GAG
機能・相同性: / gag protein p24 N-terminal domain / viral process / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / viral capsid / p24
機能・相同性情報
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Schur, F.K.M. / Hagen, W.J.H. / Rumlova, M. / Ruml, T. / Mueller, B. / Kraeusslich, H.-G. / Briggs, J.A.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of the immature HIV-1 capsid in intact virus particles at 8.8 Å resolution.
著者: Florian K M Schur / Wim J H Hagen / Michaela Rumlová / Tomáš Ruml / Barbara Müller / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) assembly proceeds in two stages. First, the 55 kilodalton viral Gag polyprotein assembles into a hexameric protein lattice at the plasma membrane of the ...Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) assembly proceeds in two stages. First, the 55 kilodalton viral Gag polyprotein assembles into a hexameric protein lattice at the plasma membrane of the infected cell, inducing budding and release of an immature particle. Second, Gag is cleaved by the viral protease, leading to internal rearrangement of the virus into the mature, infectious form. Immature and mature HIV-1 particles are heterogeneous in size and morphology, preventing high-resolution analysis of their protein arrangement in situ by conventional structural biology methods. Here we apply cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging methods to resolve the structure of the capsid lattice within intact immature HIV-1 particles at subnanometre resolution, allowing unambiguous positioning of all α-helices. The resulting model reveals tertiary and quaternary structural interactions that mediate HIV-1 assembly. Strikingly, these interactions differ from those predicted by the current model based on in vitro-assembled arrays of Gag-derived proteins from Mason-Pfizer monkey virus. To validate this difference, we solve the structure of the capsid lattice within intact immature Mason-Pfizer monkey virus particles. Comparison with the immature HIV-1 structure reveals that retroviral capsid proteins, while having conserved tertiary structures, adopt different quaternary arrangements during virus assembly. The approach demonstrated here should be applicable to determine structures of other proteins at subnanometre resolution within heterogeneous environments.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2706
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P24
B: P24
C: P24
D: P24
E: P24
F: P24
G: P24
H: P24
I: P24
J: P24
K: P24
L: P24
M: P24
N: P24
O: P24
P: P24
Q: P24
R: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,70218
ポリマ－421,70218
非ポリマー00
水00
1
A: P24
B: P24
C: P24
D: P24
E: P24
F: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5676
ポリマ－140,5676
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: P24
H: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: P24
J: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
K: P24
L: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
M: P24
N: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
O: P24
P: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
Q: P24
R: P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8562
ポリマ－46,8562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: タンパク質
P24


分子量: 23427.887 Da / 分子数: 18 / 断片: IMMATURE HIV-1 CAPSID, RESIDUES 4-213 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9IVM8
配列の詳細ONLY PARTS OF THE CAPSID (P24) SEQUENCE ARE USED

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: INTACT HIV-1 PARTICLES TREATED WITH THE PROTEASE INHIBITOR AMPRENAVIR
タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 25MM MES PH 6.5, 150MM NACL / pH: 6.5 / 詳細: 25MM MES PH 6.5, 150MM NACL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- DEGASSED C-FLAT 2- 2-2C GRIDS WERE GLOW DISCHARGED FOR 30 SECONDS AT 20 MA. VIRUS SOLUTION WAS ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- DEGASSED C-FLAT 2- 2-2C GRIDS WERE GLOW DISCHARGED FOR 30 SECONDS AT 20 MA. VIRUS SOLUTION WAS DILUTED IN PBS CONTAINING 10NM COLLOIDAL GOLD. 2 UL OF THIS MIXTURE WAS APPLIED TO A GRID. BLOTTING TIME 2 SECONDS,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年8月13日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -45 °
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3AV3３次元再構成
4TOM Toolbox３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING OF INDIVIDUAL TILTS
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 8.8 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.025 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.025 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2706. (DEPOSITION ID: 12684).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY,NMR
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11L6N

1l6n

11L6N1PDBexperimental model
23DS2

3ds2

13DS22PDBexperimental model
精密化最高解像度: 8.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15120 0 0 0 15120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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