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- PDB-4usm: WcbL complex with glycerol bound to sugar site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4usm
タイトルWcbL complex with glycerol bound to sugar site
要素PUTATIVE SUGAR KINASE
キーワードTRANSFERASE / CAPSULAR POLYSACCHARIDE / DRUG DISCOVERY / HEPTOPYRANOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


fucokinase activity / GDP-L-fucose salvage / ATP binding
類似検索 - 分子機能
D,D-heptose 7-phosphate kinase / : / Galactokinase/homoserine kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...D,D-heptose 7-phosphate kinase / : / Galactokinase/homoserine kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Vivoli, M. / Isupov, M.N. / Nicholas, R. / Hill, A. / Scott, A. / Kosma, P. / Prior, J. / Harmer, N.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Unraveling the B.Pseudomallei Heptokinase Wcbl: From Structure to Drug Discovery.
著者: Vivoli, M. / Isupov, M.N. / Nicholas, R. / Hill, A. / Scott, A.E. / Kosma, P. / Prior, J.L. / Harmer, N.J.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SUGAR KINASE
B: PUTATIVE SUGAR KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,51112
ポリマ－76,0432
非ポリマー46810
水16,502916
1
B: PUTATIVE SUGAR KINASE
ヘテロ分子

B: PUTATIVE SUGAR KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,51112
ポリマ－76,0432
非ポリマー46810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4550 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE SUGAR KINASE
ヘテロ分子

A: PUTATIVE SUGAR KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,51112
ポリマ－76,0432
非ポリマー46810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4630 Å2
ΔGint-106.6 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.050, 115.890, 167.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2142-

HOH

21B-2063-

HOH

31B-2387-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 346 / Label seq-ID: 2 - 346

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.00018, 0.00299), (0.00018, -1, -0.00053), (0.00299, -0.00053, 1)
ベクター: -0.12479, -39.46323, -0.00712)

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE SUGAR KINASE / WCBL / D-GLYCERO-BETA-D-MANNO-HEPTOSE-7-PHOSPHATE KINASE


分子量: 38021.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: H7C745, EC: 2.7.1.167
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.5 M NACL, 10 MM HEPES PH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→76.16 Å / Num. obs: 87041 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
ARP/wARP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.82→76.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22872 4345 5 %RANDOM
Rwork0.18994 ---
obs0.19187 82652 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→76.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5330 0 20 916 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9598302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3635855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92123.758298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.749151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9631554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8145.9372940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0239.9193717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9556.973101
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 468 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.821→1.868 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 274 -
Rwork0.348 5738 -
obs--93.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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