PDB-4usg: Crystal structure of PC4 W89Y mutant complex with DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4usg

タイトル

Crystal structure of PC4 W89Y mutant complex with DNA

要素

5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA metabolic process / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.973 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Liu, J.

引用

ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Substitution of Tryptophan 89 with Tyrosine Switches the DNA Binding Mode of Pc4.
著者: Huang, J. / Zhao, Y. / Liu, H. / Huang, D. / Cheng, X. / Zhao, W. / Taylor, I.A. / Liu, J. / Peng, Y.L.

履歴

登録	2014年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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類似性 (1)

登録構造単位

A: ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15

B: ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15

C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*TP*G)-3'

21.6 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.660, 67.660, 120.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15 / POSITIVE COFACTOR 4 / PC4 / SUB1 HOMOLOG / P14 分子量: 7760.988 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 63-217 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53999
#2: DNA鎖	5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP TPTPTPTPTPG)-3' / DT19G1 分子量: 6063.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MUTATION AT 89,FROM W TO Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.85 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→47.8 Å / Num. obs: 20387 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6.8 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.01

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.973→47.843 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.62 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	3691	9.8 %
R_work	0.1853	-	-
obs	0.1879	20386	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.973→47.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1086	280	0	128	1494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	1942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.483	582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.973-1.999	0.2993	139	0.2361	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.999-2.0264	0.2213	140	0.2247	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0264-2.0553	0.2363	140	0.1876	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0553-2.086	0.258	135	0.1881	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.1186	0.2303	149	0.1957	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1186-2.1533	0.1897	143	0.179	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1533-2.1905	0.211	150	0.1675	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1905-2.2303	0.1725	145	0.1604	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2303-2.2732	0.205	146	0.1708	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2732-2.3196	0.177	143	0.1839	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3196-2.37	0.2205	140	0.1796	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4252	0.2051	138	0.1802	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4252-2.4858	0.2102	144	0.1819	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.553	0.2418	140	0.1881	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.553-2.6281	0.2462	143	0.197	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6281-2.7129	0.2496	142	0.1831	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7129-2.8099	0.2224	137	0.1942	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8099-2.9224	0.242	138	0.1894	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9224-3.0554	0.2238	139	0.1966	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0554-3.2164	0.1864	137	0.1878	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2164-3.4179	0.1994	146	0.1663	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4179-3.6817	0.2059	139	0.165	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6817-4.052	0.1686	141	0.1655	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
4.052-4.6379	0.1664	147	0.1645	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6379-5.8417	0.203	143	0.2029	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8417-47.8569	0.2905	147	0.2381	1302	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4655	1.1783	1.802	3.2589	0.1007	0.9773	-0.0132	0.1685	0.1001	-0.2202	-0.0397	-0.2538	-0.1785	-0.0106	-0.0556	0.2154	-0.0129	0.0326	0.1344	-0.0133	0.1545	-19.1568	18.7444	6.1739
2	6.3488	4.6046	2.7529	4.4221	2.9698	2.7619	0.0415	0.0156	-0.009	-0.1042	0.1503	-0.7536	-0.1523	-0.0045	-0.1624	0.2112	0.0301	0.0923	0.1059	-0.0588	0.2573	-12.7009	20.5381	9.879
3	8.0171	-1.3006	-5.2167	2.8013	0.2732	5.5783	-0.2018	0.0039	-0.3843	-0.0409	0.1162	0.2685	0.3229	-0.327	0.0894	0.1785	-0.0244	0.0015	0.1469	0.0103	0.1427	-33.719	8.2871	13.8375
4	4.19	0.5422	0.69	4.0028	0.3482	4.5004	0.134	-0.537	-0.0654	0.2985	-0.0264	-0.1307	-0.1593	0.1165	-0.0632	0.2215	-0.0139	0.0359	0.1542	-0.0141	0.1577	-25.923	6.5191	20.2261
5	6.2502	-4.7249	1.0653	8.6359	0.291	1.3445	-0.0973	-0.2133	0.1379	0.6097	0.0641	-0.4698	0.0125	-0.1291	0.0263	0.2123	-0.024	-0.0057	0.1402	-0.022	0.1358	-19.1319	6.7889	21.0216
6	6.0772	1.2182	2.8287	1.8456	1.2596	2.6911	0.015	-0.2319	0.5921	-0.3099	0.0565	0.0858	-0.3915	-0.5085	0.1904	0.2404	0.0475	0.0366	0.1755	-0.0233	0.2452	-31.823	20.173	12.9486
7	7.5172	-2.0801	-3.8874	3.1867	2.9011	3.2889	0.0855	0.4993	0.2505	-0.2968	-0.1079	0.0064	-0.5068	-0.5385	-0.0021	0.3002	0.0292	-0.0482	0.2373	-0.0023	0.2056	-29.844	15.3119	-2.1216
8	2.4345	1.0615	0.8311	4.2714	-1.9325	4.518	-0.2942	-0.2519	-0.3582	0.0513	-0.0016	-0.6359	-0.3072	0.3364	0.2232	0.4489	0.0045	-0.0178	0.3257	-0.0702	0.5782	-13.6033	12.9056	15.9931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 62 THROUGH 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 91 THROUGH 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 107 THROUGH 127 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 62 THROUGH 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 80 THROUGH 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 117 THROUGH 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 5 THROUGH 22 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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