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- PDB-4usf: Human SLK with SB-440719 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4usf
タイトルHuman SLK with SB-440719
要素STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / cell leading edge / RHOA GTPase cycle / cytoplasmic microtubule organization / regulation of cell migration / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / cell leading edge / RHOA GTPase cycle / cytoplasmic microtubule organization / regulation of cell migration / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polo kinase kinase / Polo kinase kinase / UVR domain / UVR domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Polo kinase kinase / Polo kinase kinase / UVR domain / UVR domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6UI / STE20-like serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Salah, E. / Szklarz, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2016
タイトル: Comprehensive Characterization of the Published Kinase Inhibitor Set.
著者: Elkins, J.M. / Fedele, V. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Salah, E. / Mikolajczyk, J. / Romanov, S. / Sepetov, N. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Al Haj Zen, A. / Fourches, D. / Muratov, E. ...著者: Elkins, J.M. / Fedele, V. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Salah, E. / Mikolajczyk, J. / Romanov, S. / Sepetov, N. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Al Haj Zen, A. / Fourches, D. / Muratov, E. / Tropsha, A. / Morris, J. / Teicher, B.A. / Kunkel, M. / Polley, E. / Lackey, K.E. / Atkinson, F.L. / Overington, J.P. / Bamborough, P. / Moller, S. / Price, D.J. / Willson, T.M. / Drewry, D.H. / Knapp, S. / Zuercher, W.J.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
B: STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9834
ポリマ－69,3812
非ポリマー6032
水9,152508
1
A: STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9922
ポリマ－34,6901
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9922
ポリマ－34,6901
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.940, 75.300, 189.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2188-

HOH

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要素

#1: タンパク質 STE20-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / STE20-LIKE KINASE / HSLK / CTCL TUMOR ANTIGEN SE20-9 / STE20-RELATED SERINE/THREONINE-PROTEIN ...STE20-LIKE KINASE / HSLK / CTCL TUMOR ANTIGEN SE20-9 / STE20-RELATED SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / STE20-RELATED KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 2 / SLK


分子量: 34690.406 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 19-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9H2G2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6UI / 4-[4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyridine / SB-440719


分子量: 301.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 20% PEG6000, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M MES PH 6.0, 0.1 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器日付: 2014年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.4 Å / Num. obs: 72706 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→94.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.283 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22815 2839 4 %RANDOM
Rwork0.19685 ---
obs0.19812 68544 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→94.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 46 508 5002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9766347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9913.00210143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2795577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92925.619210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63215802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5911514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.5782263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0611.5762262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8042.3542825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3271.7212394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 185 -
Rwork0.301 5105 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2269-1.1070.97481.5704-1.03811.19710.09410.1546-0.2288-0.1189-0.00250.19140.2057-0.1337-0.09160.0722-0.0242-0.00010.1171-0.04740.0661-18.8756-26.339923.7422
23.0263-0.29140.12121.9426-0.33452.60560.0610.47680.0963-0.2165-0.01330.0603-0.0273-0.0105-0.04760.03140.0052-0.00830.1707-0.02230.02560.5384-18.262610.3762
33.4005-0.67361.95750.6936-1.28572.64830.1083-0.2312-0.2057-0.11120.01470.08540.2672-0.1904-0.1230.0809-0.06150.02360.1377-0.07540.1168-9.44045.399251.5913
42.9324-0.5316-0.02291.46110.20642.43190.04270.3388-0.1039-0.1282-0.01540.11750.0946-0.1365-0.02730.01850.0014-0.02210.0751-0.04230.061410.09824.31436.3331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4B111 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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