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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4urh | ||||||
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タイトル | High-resolution structure of partially oxidized D. fructosovorans NiFe-hydrogenase | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / NIFE-SITE / NI-SU STATE / SULFENATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å | ||||||
データ登録者 | Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / DeLacey, A.L. / Liebgott, P.P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2015 タイトル: Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states. 著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / De Lacey, A.L. / Liebgott, P.P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. #1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structural Differences between the Ready and Unready Oxidized States of [Nife] Hydrogenases. 著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P.J. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "RZ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "RZ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 5-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4urh.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4urh.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4urh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4urh_validation.pdf.gz | 545.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4urh_full_validation.pdf.gz | 566 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4urh_validation.xml.gz | 107.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4urh_validation.cif.gz | 170.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4urh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4urh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Dom-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS
#1: タンパク質 | 分子量: 28418.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase #2: タンパク質 | 分子量: 61199.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase |
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-非ポリマー , 7種, 2046分子
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MG / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | N-TERMINAL STREP-TAG IN LARGE SUBUNIT ACTIVE SITE DETAILS: THE STRUCTURE PROBABLY CONTAINS 50% OF ...N-TERMINAL STREP-TAG IN LARGE SUBUNIT ACTIVE SITE DETAILS: THE STRUCTURE PROBABLY CONTAINS 50% OF THE UNREADY DIAMAGNETI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: VAPOR DIFFUSION, GLOVE BOX, 298K, PEG6000, MES, HEPES, DTT, DITHIONITE, PH 6.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97939 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→29.8 Å / Num. obs: 400635 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.39 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.53 Å / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YQW 解像度: 1.44→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.703 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY. TWO OVERLAPPING MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTIONS WERE FOUND FOR ONE OF THE THREE HYDROGENASE HETERODIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, CONSISTING OF SUBUNITS B ...詳細: U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY. TWO OVERLAPPING MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTIONS WERE FOUND FOR ONE OF THE THREE HYDROGENASE HETERODIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, CONSISTING OF SUBUNITS B AND R. THESE WERE REFINED WITH TIGHT NON -CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS AND WITH OCCUPANCIES OF 0.50 EACH. THE SECOND SOLUTION IS INCLUDED AS ALTERNATE CONFORMERS LABELLED X AND Y
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→25 Å
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拘束条件 |
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