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- PDB-4uqf: CRYSTAL STRUCTURE OF LISTERIA MONOCYTOGENES GTP CYCLOHYDROLASE I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LISTERIA MONOCYTOGENES GTP CYCLOHYDROLASE I
要素GTP cyclohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / FOLIC ACID BIOSYNTHESIS / ALLOSTERIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / GTP binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 ...GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP cyclohydrolase 1 / GTP cyclohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schuessler, S. / Perbandt, M. / Fischer, M. / Graewert, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structure of GTP cyclohydrolase I from Listeria monocytogenes, a potential anti-infective drug target.
著者: Schussler, S. / Haase, I. / Perbandt, M. / Illarionov, B. / Siemens, A. / Richter, K. / Bacher, A. / Fischer, M. / Grawert, T.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase 1
B: GTP cyclohydrolase 1
C: GTP cyclohydrolase 1
D: GTP cyclohydrolase 1
E: GTP cyclohydrolase 1
F: GTP cyclohydrolase 1
G: GTP cyclohydrolase 1
H: GTP cyclohydrolase 1
I: GTP cyclohydrolase 1
J: GTP cyclohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,16510
ポリマ－229,16510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44150 Å2
ΔGint-274.8 kcal/mol
Surface area60140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.249, 141.847, 90.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GTP cyclohydrolase 1 / GTP cyclohydrolase I / GTP-CH-I


分子量: 22916.459 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE BOND BETWEEN S78 AND S150
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
解説: ATCC, LGC STANDARDS GMBH, WESEL, GERMANY / 遺伝子: folE, B4Y57_10615, D3B94_12135, FORC68_1988 / プラスミド: PNCO113 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1BLUE
参照: UniProt: A0A1D2IZD1, UniProt: Q8Y5X1*PLUS, GTP cyclohydrolase I
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.3 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.3, 1.33 M SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月8日 / 詳細: KB-MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SILICON (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 74531 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FB1

1fb1


解像度: 2.4→87.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 23.046 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.5 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22593 3752 5 %RANDOM
Rwork0.19245 ---
obs0.19415 70754 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.08 Å20 Å2-3.5 Å2
2---2.66 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→87.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14475 0 0 0 14475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01914718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0214707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.97319854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.839333825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99151850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34423.788631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.325152768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.66615119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02116273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9362.8717430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9322.8717429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.924.3019270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9153.5467288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 281 -
Rwork0.309 5214 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5239-0.1346-0.22720.42830.05150.59320.04220.0350.06490.0324-0.00330.00880.0684-0.0109-0.03890.0333-0.00340.05070.180200.134323.19120.6521.628
22.25051.57260.88641.82270.61240.5279-0.03310.1427-0.0085-0.14840.0048-0.11660.04860.09990.02830.05260.02950.06540.21150.02940.150540.07915.49-23.994
32.6305-1.93440.38341.7697-0.30750.34530.0407-0.0743-0.0307-0.0340.00980.09560.081-0.1043-0.05050.0413-0.02430.0390.2173-0.03450.153612.09713.925-22.739
40.56580.13861.06790.76171.21343.6624-0.05620.02430.0388-0.07920.0577-0.1194-0.1790.1141-0.00150.0469-0.01170.08210.1980.00480.195249.25343.287-35.041
51.7091-1.46430.48731.822-0.50290.59920.0216-0.0962-0.00350.09920.00730.0750.0292-0.1546-0.02890.05-0.02770.07240.2168-0.02420.174821.35851.5495.843
60.7723-0.59021.35811.4944-1.59893.2129-0.0539-0.05990.08820.0367-0.00460.1166-0.0855-0.14850.05860.0306-0.00140.06120.2182-0.03480.21590.81336.865-4.798
72.97240.5249-0.51820.3512-0.16260.55360.02790.0575-0.0501-0.11340.03430.03320.1249-0.0151-0.06220.1143-0.01090.0410.2133-0.00160.156228.43627.293-45.522
80.3072-0.16110.92360.7483-0.93373.4595-0.03510.01240.0592-0.0559-0.00930.0182-0.02830.0230.04440.0402-0.00850.04240.16440.00240.183537.46965.385-16.459
90.5897-0.0270.63780.48481.02293.8694-0.03290.03390.1847-0.05110.03260.0659-0.2096-0.1410.00030.06670.0240.03350.21920.05050.268210.45564.236-17.267
102.14822.09461.11632.81260.77171.1411-0.10350.1873-0.0901-0.33530.0741-0.0557-0.05110.13010.02930.11890.03460.03840.19210.03610.192427.42458.209-42.187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7G3 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9I3 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10J3 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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