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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4unw | |||||||||
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タイトル | Structure of the A_Equine_Newmarket_2_93 H3 haemagglutinin | |||||||||
要素 | (H3 HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Recent Evolution of Equine Influenza and the Origin of Canine Influenza. 著者: Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4unw.cif.gz | 635.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4unw.ent.gz | 536.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4unw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4unw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4unw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4unxC 4unyC 4unzC 4uo0C 4uo1C 4uo2C 4uo3C 4uo4C 4uo5C 4uo6C 4uo7C 4uo8C 4uo9C 4uoaC 3ztjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-H3 HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 35867.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/EQ/NEWMARKET/93/(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス) 解説: ANIMAL HEALTH TRUST, NEWMARKET, UNITED KINGDOM / プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q82847 #2: タンパク質 | 分子量: 19968.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/EQ/NEWMARKET/93/(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス) 解説: ANIMAL HEALTH TRUST, NEWMARKET, UNITED KINGDOM / プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) |
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-糖 , 6種, 20分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 562分子
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→49.17 Å / Num. obs: 73772 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZTJ 解像度: 2.6→114.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 17.54 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.833 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→114.74 Å
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拘束条件 |
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