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万見
- PDB-4unt: Induced monomer of the Mcg variable domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4unt
タイトルInduced monomer of the Mcg variable domain
要素IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
キーワードIMMUNE SYSTEM / BENCE-JONES / LIGHT CHAINS / IMMUNOGLOBULIN / AMYLOID
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda variable 2-8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Landau, M. / Ryan, C.M. / Whitelegge, J.P. / Phillips, M.L. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Formation of Amyloid Fibers by Monomeric Light-Chain Variable Domains.
著者: Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Landau, M. / Ryan, C.M. / Whitelegge, J.P. / Phillips, M.L. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
B: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
C: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
D: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
E: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
F: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
G: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
H: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,74721
ポリマ－91,4988
非ポリマー1,24913
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25530 Å2
ΔGint-109.4 kcal/mol
Surface area43740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.130, 90.350, 99.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体
IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC / MCG-MONOMER


分子量: 11437.292 Da / 分子数: 8 / 断片: LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01709
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.5M LICL, 1.65M (NH4)2SO4, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979
検出器タイプ: PILATUS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→65 Å / Num. obs: 20681 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MCG

3mcg


解像度: 2.7→63.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.815 / SU B: 15.968 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28925 1089 5 %RANDOM
Rwork0.24328 ---
obs0.24557 20681 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20.57 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→63.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6206 0 65 57 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.968766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.274312986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5055863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18425.72243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.69415924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9643.1263478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9643.1253477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2164.6824333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1223.272949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 80 -
Rwork0.314 1522 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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