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- PDB-4uno: Crystal structure of the ETS domain of human ETV5 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uno
タイトルCrystal structure of the ETS domain of human ETV5 in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
  • 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP)-3'
  • ETS TRANSLOCATION VARIANT 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity ...male germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ETS translocation variant 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Cooper, C.D.O. / Pinkas, D.M. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Tallant, C. / von Delft, F. ...Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Cooper, C.D.O. / Pinkas, D.M. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Tallant, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ets Domains of Transcription Factors Etv1, Etv4, Etv5 and Fev: Determinants of DNA Binding and Redox Regulation by Disulfide Bond Formation.
著者: Cooper, C.D.O. / Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Allerston, C.K. / Gileadi, O.
履歴
登録2014年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETS TRANSLOCATION VARIANT 5
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9745
ポリマ－17,8943
非ポリマー802
水1,802100
1
A: ETS TRANSLOCATION VARIANT 5
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子

A: ETS TRANSLOCATION VARIANT 5
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,94710
ポリマ－35,7876
非ポリマー1604
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area6960 Å2
ΔGint-58.8 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.022, 58.022, 84.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 ETS TRANSLOCATION VARIANT 5 / ETS-RELATED PROTEIN ERM


分子量: 11803.574 Da / 分子数: 1 / 断片: ETS DOMAIN, RESIDUES 365-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41161
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST 2 RESIDUES REMAIN AFTER TAG CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 40% PEG 300, 0.2M CALCIUM ACETATE, 0.1M CACODYLATE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.52 Å / Num. obs: 12146 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BNC

4bnc


解像度: 1.95→19.515 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 598 4.9 %
Rwork0.1729 --
obs0.1746 12119 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数793 404 2 100 1299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1261824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.728504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.1460.25231430.21262857X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.4560.22651480.19632849X-RAY DIFFRACTION100
2.456-3.09240.28561410.19962883X-RAY DIFFRACTION100
3.0924-19.51630.16711660.14992932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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