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- PDB-4ump: Structure of MELK in complex with inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ump
タイトルStructure of MELK in complex with inhibitors
要素MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein autophosphorylation / cell cortex / cell population proliferation / non-specific serine/threonine protein kinase ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein autophosphorylation / cell cortex / cell population proliferation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / lipid binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(isoquinolin-7-yl)prop-2-yn-1-ol / Maternal embryonic leucine zipper kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / McMenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, ...著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / Mcmenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2388
ポリマ－163,5054
非ポリマー7334
水10,160564
1
A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1194
ポリマ－81,7532
非ポリマー3662
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
2
B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1194
ポリマ－81,7532
非ポリマー3662
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-7.9 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.822, 74.968, 77.088
Angle α, β, γ (deg.)86.47, 70.06, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / MELK


分子量: 40876.273 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-5QM / 3-(isoquinolin-7-yl)prop-2-yn-1-ol


分子量: 183.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細POINT MUTATIONS EXIST IN THE SEQUENCE, IN ADDITION TO THE HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 61286 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 1.95 % / Biso Wilson estimate: 62.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→50.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8845 / SU R Cruickshank DPI: 0.467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.448 / SU Rfree Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.292
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2989 5.09 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.2378 58731 95.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4801 Å2-1.6477 Å23.8462 Å2
2---1.7019 Å2-2.8855 Å2
3----3.7782 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.424 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10268 0 56 564 10888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01110612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9414365HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3724SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes254HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1533HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it10612HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12136SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3176 232 5.48 %
Rwork0.2594 4001 -
all0.2625 4233 -
obs--95.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86430.4805-1.07450.16721.19931.3889-0.00720.00580.0115-0.0272-0.0131-0.0198-0.01250.03650.0203-0.08480.16160.02220.02360.0649-0.01058.7193-0.8056-12.2074
22.9857-0.7045-0.21570.88980.13910.2689-0.0122-0.11850.040.02170.05570.04010.0032-0.0101-0.04350.00530.13480.0538-0.00970.0454-0.129-11.28173.72855.9685
30.7762-1.74790.82260.1176-0.81810.02990.0055-0.0242-0.01750.0308-0.0133-0.00570.02120.03760.0078-0.04490.1694-0.08580.05370.092-0.017519.6279-11.7041-0.8127
40.5781-0.0654-1.32310.0666-0.34421.5158-0.0059-0.01080.0066-0.0315-0.0120.0045-0.03570.02660.018-0.09580.0308-0.02380.01590.04070.0372-2.954-33.993-20.9811
50.38650.2516-0.76560.8329-0.34541.7646-0.0076-0.02670.02760.01970.02220.0795-0.0351-0.0009-0.0146-0.12940.0968-0.033-0.09260.00060.1008-23.1342-35.124-2.7295
60.78520.03580.936-0.0513-0.7278-0.6178-0.0035-0.0213-0.00510.02150.0102-0.00030.00180.0255-0.0067-0.1037-0.0093-0.06960.08890.0770.002310.8115-40.2229-9.0877
71.4477-0.4919-0.50860.1556-0.34431.00490.0029-0.02290.00320.02670.00140.01050.0124-0.0033-0.0043-0.109-0.025-0.0258-0.0220.02330.0774-26.8451-38.5776-30.9868
81.80920.5935-0.06140.2839-0.08340.9701-0.04810.1501-0.0811-0.0210.0923-0.0133-0.0214-0.0324-0.0442-0.03510.0521-0.0418-0.0732-0.03380.0128-6.6808-32.6362-48.6724
91.01151.89181.23260.24541.1555-0.2528-0.00350.0236-0.0087-0.0186-0.01210.01650.0141-0.01580.0156-0.0845-0.1999-0.14190.0282-0.08140.0181-37.511-48.4995-42.7702
100.7614-0.6507-1.30750.04150.30091.01080.0034-0.01370.01720.0546-0.0263-0.0062-0.0245-0.06870.0229-0.11440.04680.05380.1246-0.0226-0.0551-14.85534.253-22.672
111.22360.5434-0.70681.3624-0.14312.4182-0.0274-0.00440.0391-0.05580.0412-0.0165-0.09970.0891-0.0138-0.11020.0381-0.0027-0.0040.024-0.06345.16773.1355-40.6802
120.8767-0.11160.69930.06510.2259-0.1093-0.0007-0.00390.0026-0.0123-0.0020.00270.0053-0.0070.0028-0.07650.0228-0.040.0951-0.0545-0.0234-28.4658-2.0591-34.078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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