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- PDB-4ume: Crystal structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ume
タイトルCrystal structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Moraxella catarrhalis in complex with Magnesium ion and KDO molecule
要素3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
キーワードHYDROLASE / HAD SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC / :
類似検索 - 構成要素
生物種MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Dhindwal, S. / Tomar, S. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Ligand-Bound Structures of 3-Deoxy-D-Manno-Octulosonate 8-Phosphate Phosphatase from Moraxella Catarrhalis Reveal a Water Channel Connecting to the Active Site for the Second Step of Catalysis
著者: Dhindwal, S. / Priyadarshini, P. / Patil, D.N. / Tapas, S. / Kumar, P. / Tomar, S. / Kumar, P.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4206
ポリマ－21,0851
非ポリマー3355
水1,54986
1
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,68124
ポリマ－84,3404
非ポリマー1,34220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-92.1 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.610, 86.610, 41.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1176-

MG

21A-1177-

MG

31A-1178-

MG

41A-2025-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC / 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE


分子量: 21084.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F1X4B5, UniProt: A0A0J9X241*PLUS, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 糖 ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O8
識別子タイププログラム
DKdopaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-KdopIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdoSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 100 MM MG FORMATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE (PH 5.0), 28% W/V PEG 3350, KDO, NA PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→43.31 Å / Num. obs: 9166 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N1U

3n1u


解像度: 2.09→37.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 6.014 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25844 431 4.7 %RANDOM
Rwork0.19015 ---
obs0.19314 8733 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1322 0 20 86 1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9771825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01425.34558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.62315245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.816156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.798695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.122.691867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9351.992659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.087→2.141 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 25 -
Rwork0.32 588 -
obs--92.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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