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- PDB-4ujd: mammalian 80S HCV-IRES initiation complex with eIF5B PRE-like state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ujd
タイトルmammalian 80S HCV-IRES initiation complex with eIF5B PRE-like state
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 33
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 42
  • 18S Ribosomal RNA
  • 28S Ribosomal RNA
  • 5.8S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • EIF5B
  • HCV-IRES
  • TRNA
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION INITIATION / HEPATITIS C VIRUS INTERNAL RIBOSOME ENTRY SITE / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 5B
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Yamamoto, H. / Unbehaun, A. / Loerke, J. / Behrmann, E. / Marianne, C. / Burger, J. / Mielke, T. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian 80S initiation complex with initiation factor 5B on HCV-IRES RNA.
著者: Hiroshi Yamamoto / Anett Unbehaun / Justus Loerke / Elmar Behrmann / Marianne Collier / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn /
要旨: The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the ...The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the internal ribosomal entry site (IRES) of hepatitis C virus (HCV) RNA. eIF5B promotes joining of 60S ribosomal subunits to 40S ribosomal subunits bound by initiator tRNA (Met-tRNAi(Met)). However, the exact molecular mechanism by which eIF5B acts has not been established. Here we present cryo-EM reconstructions of the mammalian 80S-HCV-IRES-Met-tRNAi(Met)-eIF5B-GMPPNP complex. We obtained two substates distinguished by the rotational state of the ribosomal subunits and the configuration of initiator tRNA in the peptidyl (P) site. Accordingly, a combination of conformational changes in the 80S ribosome and in initiator tRNA facilitates binding of the Met-tRNAi(Met) to the 60S P site and redefines the role of eIF5B as a tRNA-reorientation factor.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4UPW, 4UPX, 4UPY, 4UQ5 / 詳細: supersedes the associated split entries
改定 1.12016年6月8日Group: Other / Source and taxonomy
改定 2.02017年8月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_image_scans ...atom_site / em_image_scans / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.image_processing_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2682
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A2: 28S Ribosomal RNA
A3: 5.8S Ribosomal RNA
A4: 5S Ribosomal RNA
AA: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8
AB: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
AC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4
AD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
AE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6
AF: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
AG: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A
AH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
AI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
AJ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
AL: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13
AM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14
AN: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15
AO: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
AP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17
AQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18
AR: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
AS: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A
AT: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
AU: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22
AV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
AW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24
AX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A
AY: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26
AZ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27
Aa: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
Ab: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29
Ac: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
Ad: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
Ae: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
Af: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A
Ag: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34
Ah: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
Ai: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
Aj: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37
Ak: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38
Al: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
Am: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
An: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41
Ao: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
Ap: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A
At: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28
Au: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A
BA: TRNA
BB: EIF5B
BC: HCV-IRES
C1: 18S Ribosomal RNA
CA: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US2
CB: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES1
CC: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US5
CD: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US3
CE: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES4
CF: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US7
CG: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES6
CH: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES7
CI: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES8
CJ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US4
CK: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES10
CL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US17
CM: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES12
CN: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES15
CO: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES11
CP: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US19
CQ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US9
CR: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES17
CS: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US13
CT: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES19
CU: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US10
CV: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES21
CW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US8
CX: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US12
CY: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES24
CZ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES25
Ca: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES26
Cb: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES27
Cc: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES28
Cd: 40S RIBOSOMAL PROTEIN US14
Ce: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES30
Cf: 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES31
Cg: 40S RIBOSOMAL PROTEIN RACK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,044,60385
ポリマ－4,044,05683
非ポリマー5472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 A2A3A4BABCC1

#1: RNA鎖 28S Ribosomal RNA


分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#2: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA


分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#3: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#47: RNA鎖 TRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#49: RNA鎖 HCV-IRES


分子量: 162190.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
#50: RNA鎖 18S Ribosomal RNA


分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAe...

#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#5: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / HIV-1 TAR RNA-BINDING PROTEIN B / TARBP-B / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#6: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L1 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#7: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#8: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEMENT-BINDING PROTEIN 107 / TAXREB107 / ...NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEMENT-BINDING PROTEIN 107 / TAXREB107 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6


分子量: 18219.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#9: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#10: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A / PLA-X POLYPEPTIDE / SURFEIT LOCUS PROTEIN 3 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL8


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#11: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#12: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / LAMININ RECEPTOR HOMOLOG / PROTEIN QM / TUMOR SUPPRESSOR QM / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL16


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#13: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / CLL-ASSOCIATED ANTIGEN KW-12 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#14: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / BREAST BASIC CONSERVED PROTEIN 1 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#15: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14 / CAG-ISL 7 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#16: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#17: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A / 23 KDA HIGHLY BASIC PROTEIN / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#18: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / PD-1 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL22


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#19: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#20: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#21: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#22: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#23: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22 / EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA-ASSOCIATED PROTEIN / HEPARIN-BINDING ...EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA-ASSOCIATED PROTEIN / HEPARIN-BINDING PROTEIN HBP15 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#24: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#25: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#26: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#27: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#28: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#29: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#30: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / CELL SURFACE HEPARIN-BINDING PROTEIN HIP / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#31: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#32: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#33: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#34: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 33 PROTEIN / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#35: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#36: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#38: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#39: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#42: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41 / HG12


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 15 PROTEIN / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 6 PROTEIN


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#44: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#45: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#46: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A


分子量: 23174.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AmBB

#41: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / CEP52 / UBIQUITIN A-52 RESIDUE RIBOSOMAL PROTEIN FUSION PRODUCT 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#48: タンパク質 EIF5B


分子量: 70788.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRL5

+
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 33種, 33分子 CACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCNCOCPCQCRCSCTCUCVCWCXCYCZCaCbCcCd...

#51: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#52: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#53: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#54: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#55: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES4


分子量: 29512.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#56: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#57: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#58: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#59: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#60: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#61: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#62: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#63: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#64: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#65: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#66: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#67: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#68: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#69: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#70: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#71: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#72: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#73: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#74: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#75: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#76: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#77: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#78: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#79: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#80: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN US14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#81: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#82: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES31


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#83: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#84: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#85: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN 2 1-5025 GB M11167 1-5025 CHAIN 3 1-181 GB CR749662 1-181 CHAIN 4 1-121 GB X51545 274-394

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HCV-IRES 80S INITIATION COMPLEX WITH EIF5B PRE- LIKE STATE
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20MM TRIS-HCL, 5MM MGCL2, 100MM KCL, 0.2MM SPERMIDINE, 2MM DTT
pH: 7.6
詳細: 20MM TRIS-HCL, 5MM MGCL2, 100MM KCL, 0.2MM SPERMIDINE, 2MM DTT
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 93, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT FOR 2-4 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年12月22日 / 詳細: AUTOMATED DATA COLLECTION USING LEGINON
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 115000 X / 倍率（補正後）: 194805 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SPARX３次元再構成
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND3
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.9 Å / 粒子像の数: 541570 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.37 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.37 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2682. (DEPOSITION ID: 12562).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 4CXC

4cxc
PDB 未公開エントリ


Accession code: 4CXC / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 8.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 83360 0 0 83360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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