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- PDB-4uj5: Crystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uj5
タイトルCrystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3
要素
  • RAB-3A-INTERACTING PROTEIN
  • RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CILIARY TARGETING COMPLEX / CILIUM / VESICU TRANSPORT / MEMBRANE TRAFFICKING / RABIN8 / RAB11 / FIP3
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body-plasma membrane docking / protein localization to motile cilium / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of filopodium assembly / protein localization to organelle / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization ...ciliary basal body-plasma membrane docking / protein localization to motile cilium / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of filopodium assembly / protein localization to organelle / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / melanosome transport / VxPx cargo-targeting to cilium / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / proximal dendrite / myosin V binding / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of cilium assembly / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / establishment of protein localization to membrane / syntaxin binding / protein localization to cell surface / protein targeting to membrane / TBC/RABGAPs / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / cilium assembly / mitotic spindle assembly / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / endocytic vesicle membrane / protein transport / lamellipodium / G protein activity / GTPase binding / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / vesicle / ciliary basal body / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-11A / Rab-3A-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Vetter, M. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of Rab11-Fip3-Rabin8 Reveals Simultaneous Binding of Fip3 and Rabin8 Effectors to Rab11.
著者: Vetter, M. / Stehle, R. / Basquin, C. / Lorentzen, E.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
C: RAB-3A-INTERACTING PROTEIN
D: RAB-3A-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3139
ポリマ－86,1244
非ポリマー1,1895
水2,864159
1
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
C: RAB-3A-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7045
ポリマ－43,0622
非ポリマー6433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-8.4 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PQS
2
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
D: RAB-3A-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6084
ポリマ－43,0622
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-8.3 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.683, 108.202, 75.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A / RAB-11 / YL8 / RAB-11 / YL8 / RAB11A


分子量: 20844.451 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPASE DOMAIN, RESIDUES 6-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 RAB-3A-INTERACTING PROTEIN / RAB3A-INTERACTING PROTEIN / RABIN-3 / SSX2-INTERACTING PROTEIN / RAB3A-INTERACTING PROTEIN / RABIN- ...RAB3A-INTERACTING PROTEIN / RABIN-3 / SSX2-INTERACTING PROTEIN / RAB3A-INTERACTING PROTEIN / RABIN-3 / SSX2-INTERACTING PROTEIN / RABIN8


分子量: 22217.479 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 286-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96QF0

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非ポリマー , 4種, 164分子

#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Q70L POINT MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1M HEPES PH 7.0, 0.2M LITHIUM SULFATE AND 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 24951 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 69.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.53→2.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YZK

1yzk


解像度: 2.604→43.642 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 34.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 2270 5 %
Rwork0.2146 --
obs0.2174 24374 92.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→43.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5111 0 71 159 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0727223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0651857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6035-2.66010.41261370.38872551X-RAY DIFFRACTION88
2.6601-2.7220.39951460.36932718X-RAY DIFFRACTION92
2.722-2.79010.43291400.36682591X-RAY DIFFRACTION91
2.7901-2.86550.36011370.34992628X-RAY DIFFRACTION89
2.8655-2.94980.42331350.33282579X-RAY DIFFRACTION90
2.9498-3.0450.37071460.29732749X-RAY DIFFRACTION93
3.045-3.15380.30691480.25962798X-RAY DIFFRACTION96
3.1538-3.280.27741480.23552766X-RAY DIFFRACTION95
3.28-3.42920.30411470.2382761X-RAY DIFFRACTION95
3.4292-3.60990.27821440.21512734X-RAY DIFFRACTION94
3.6099-3.8360.25661430.20062689X-RAY DIFFRACTION93
3.836-4.1320.27231440.20082646X-RAY DIFFRACTION90
4.132-4.54740.26171290.17432651X-RAY DIFFRACTION91
4.5474-5.20450.24351390.18032672X-RAY DIFFRACTION92
5.2045-6.55350.25871490.20852729X-RAY DIFFRACTION94
6.5535-43.64810.19681380.16662639X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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