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- PDB-4uhu: W229D mutant of the last common ancestor of Gram-negative bacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhu
タイトルW229D mutant of the last common ancestor of Gram-negative bacteria (GNCA) beta-lactamase class A
要素GNCA LACTAMASE W229D
キーワードHYDROLASE / PRECAMBRIAN / RESURRECTED BETA-LACTAMASE / GNCA
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.305 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: De novo active sites for resurrected Precambrian enzymes.
著者: Risso, V.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Candel, A.M. / Kruger, D.M. / Pantoja-Uceda, D. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. / Gaucher, E.A. / Kamerlin, S.C.L. / Bruix, M. / Gavira, J.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.page_first ..._citation.country / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GNCA LACTAMASE W229D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0196
ポリマ－28,7621
非ポリマー2565
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.138, 50.568, 69.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2146-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GNCA LACTAMASE W229D


分子量: 28762.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IT IS AN ANCESTRAL RECONSTRUCTED. THERE IS A MUTATION AT POSITION 229.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: COUNTERDIFFUSION METHOD: 5.0 M NAFORMATE, 0.1 M NAAC PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97779
検出器タイプ: DECTRIS HPADS / 日付: 2014年11月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→26.63 Å / Num. obs: 60121 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 12.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.31→1.31 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B88

4b88


解像度: 1.305→26.632 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1791 3043 5.1 %
Rwork0.1619 --
obs0.1628 60130 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.305→26.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1990 0 17 265 2272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1283008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.052837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3048-1.32520.3291270.30292446X-RAY DIFFRACTION94
1.3252-1.34690.26981390.27172494X-RAY DIFFRACTION97
1.3469-1.37010.26441290.26212598X-RAY DIFFRACTION99
1.3701-1.3950.28491290.2522542X-RAY DIFFRACTION98
1.395-1.42180.25221340.23172541X-RAY DIFFRACTION99
1.4218-1.45090.23861390.21312590X-RAY DIFFRACTION99
1.4509-1.48240.19051410.18392572X-RAY DIFFRACTION99
1.4824-1.51690.16751160.162590X-RAY DIFFRACTION99
1.5169-1.55480.18711400.15342557X-RAY DIFFRACTION99
1.5548-1.59690.17321630.14712567X-RAY DIFFRACTION99
1.5969-1.64380.16461290.15192529X-RAY DIFFRACTION97
1.6438-1.69690.16881340.15172625X-RAY DIFFRACTION100
1.6969-1.75750.20141410.15362607X-RAY DIFFRACTION99
1.7575-1.82790.17731310.15142610X-RAY DIFFRACTION100
1.8279-1.9110.18361350.15342641X-RAY DIFFRACTION100
1.911-2.01180.15751390.14832626X-RAY DIFFRACTION100
2.0118-2.13780.1651540.13852610X-RAY DIFFRACTION100
2.1378-2.30270.15121540.14712567X-RAY DIFFRACTION97
2.3027-2.53430.19581380.1592672X-RAY DIFFRACTION100
2.5343-2.90060.20671420.16312650X-RAY DIFFRACTION99
2.9006-3.6530.17471610.15092664X-RAY DIFFRACTION99
3.653-26.63760.14271280.15582789X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94050.0159-0.14251.0390.29310.7539-0.003-0.0715-0.18870.2515-0.02030.07010.1484-0.08270.01030.135-0.02620.00690.10220.02020.1168.3145101.829328.1427
20.65020.19860.05590.9035-0.03280.9462-0.05370.06610.0656-0.07010.0047-0.0142-0.10630.03390.04960.0907-0.0018-0.01090.11670.01530.103913.1334124.51357.4198
32.2203-0.2241-0.28881.5937-0.214.0867-0.0913-0.11530.20880.17050.0154-0.284-0.16790.34650.07170.1241-0.0322-0.05370.14780.02810.174626.2043130.385415.3524
40.7166-0.02140.01240.8276-0.32830.7647-0.0221-0.0618-0.01290.0433-0.01070.0269-0.0633-0.03120.03070.07720.0091-0.01210.08840.00230.09389.8491120.74817.9229
50.8341-0.2298-0.15921.1538-0.18581.1733-0.0140.0132-0.07430.0267-0.0452-0.09720.0730.10070.06090.06440.0025-0.00160.0756-0.00520.100517.0739107.794816.3899
62.38551.34641.34385.07062.78483.66280.11620.0264-0.2553-0.0011-0.0943-0.0850.2615-0.0277-0.01870.1820.0161-0.03890.10360.01190.139318.251297.360725.6085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 99 THROUGH 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 194 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 195 THROUGH 271 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 272 THROUGH 294 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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