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- PDB-6nfd: beta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfd
タイトルbeta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044
要素beta-lactamase SHV-11
キーワードLIGASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: beta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044
著者: Osipiuk, J. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase SHV-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8093
ポリマ－29,6521
非ポリマー1572
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.158, 123.543, 124.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-846-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 beta-lactamase SHV-11


分子量: 29652.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mutation S32R, F147L relative to GB BAH63300. SER and ASN at N-terminal are expression tags
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
株: NTUH-K2044 / 遺伝子: blaSHV-11 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4P1LYI7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M SPG buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→43.88 Å / Num. obs: 128222 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.83 / Net I/av σ(I): 30.9 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.17-1.193.20.6781.3351660.6810.3810.7850.8180
1.19-1.214.80.68758390.7710.3130.7590.80890.7
1.21-1.247.70.6362480.9070.2190.6690.87496.4
1.24-1.2690.58964380.8980.1920.6210.90599.4
1.26-1.299.60.52864730.9170.170.5550.94799.9
1.29-1.32100.46264470.9440.1470.4850.9799.7
1.32-1.359.60.43464540.9420.1430.4570.98599.8
1.35-1.3910.10.37464770.960.1190.3931.04299.8
1.39-1.4310.80.33165010.9690.1020.3471.12599.8
1.43-1.4710.70.27664940.9740.0860.291.25699.9
1.47-1.5310.50.2464430.9790.0760.2521.43599.8
1.53-1.599.70.2165030.9830.0690.2221.58799.9
1.59-1.6610.90.18365030.9870.0560.1911.85799.9
1.66-1.75110.16565100.9910.050.1732.005100
1.75-1.8610.90.14665610.9910.0450.1522.237100
1.86-2100.12465100.9930.040.1312.60799.8
2-2.211.50.10565580.9950.0320.112.739100
2.2-2.5211.20.09365920.9960.0280.0972.955100
2.52-3.1810.50.07966420.9970.0250.0833.28999.8
3.18-43.8810.80.06168630.9980.0190.0643.5999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mbf

4mbf


解像度: 1.17→43.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.681 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1349 6285 4.9 %RANDOM
Rwork0.118 ---
obs0.1188 121889 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.75 Å2 / Biso mean: 14.62 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.17→43.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 9 412 2461
Biso mean--16.61 32.79 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.6543114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5451.5785126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4525317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.21219.928139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97815395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9051531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.50234482
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.4415265
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.84354572
LS精密化 シェル解像度: 1.168→1.198 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 383 -
Rwork0.316 7258 -
all-7641 -
obs--79.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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