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Yorodumi- PDB-6nfd: beta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nfd | |||||||||
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Title | beta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044 | |||||||||
Components | beta-lactamase SHV-11 | |||||||||
Keywords | LIGASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.17 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: to be published Title: beta-lactamase SHV-11 from Klebsiella pneumoniae strain NTUH-K2044 Authors: Osipiuk, J. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nfd.cif.gz | 142.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nfd.ent.gz | 110.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nfd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nfd_validation.pdf.gz | 432.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6nfd_full_validation.pdf.gz | 432.1 KB | Display | |
Data in XML | 6nfd_validation.xml.gz | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6nfd_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nfd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mbfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29652.398 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Mutation S32R, F147L relative to GB BAH63300. SER and ASN at N-terminal are expression tags Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (bacteria) Strain: NTUH-K2044 / Gene: blaSHV-11 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A4P1LYI7*PLUS |
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 25% PEG 1500, 0.1 M SPG buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.17→43.88 Å / Num. obs: 128222 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.83 / Net I/av σ(I): 30.9 / Net I/σ(I): 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4mbf Resolution: 1.17→43.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.681 / SU ML: 0.014 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.75 Å2 / Biso mean: 14.62 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.17→43.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.168→1.198 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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